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      不需要懂得編程,但卻可以使用ggplot2畫出論文級(jí)別的圖?

       生物_醫(yī)藥_科研 2019-07-10

      你有沒有遇到過這樣的煩惱,你需要畫一些論文級(jí)別的圖,并且你知道R中的ggplot2是一個(gè)很好的選擇,可以畫出符合你要求的圖。但是由于你不熟悉ggplot2的使用,你需要上網(wǎng)倒弄一番,了解與你圖相關(guān)的代碼,有時(shí)候花了很長(zhǎng)時(shí)間確還是沒有弄得很滿意。嗯嗯,這一幕幕肯定很熟悉吧。

      最近有一款新的軟件,可以交互式地通過操作界面進(jìn)行g(shù)gplot2畫圖,可以拯救陷于刀山火海的我們。有沒有聽起來很吸引人,那么就讓我一起來了解認(rèn)識(shí)一下這款軟件esquisse。

      軟件下載與安裝

      該軟件是基于R的一個(gè)插件,可以直接在R的界面中下載:

      1. install.packages('esquisse')

      也可以直接下載developer的版本:

      1. remotes::install_github('dreamRs/esquisse')

      使用示例

      啟動(dòng)插件

      在RStudio中,您可以使用Addins菜單:

      或者在R中:

      1. esquisser()

      選擇數(shù)據(jù)

      如果在沒有默認(rèn)數(shù)據(jù)的情況下啟動(dòng)addin,則會(huì)出現(xiàn)一個(gè)窗口,用于data.frame從Global環(huán)境中選擇一個(gè)窗口(如果當(dāng)前環(huán)境下沒有任何的 data.frame存在,將使用來自 ggplot2內(nèi)置的數(shù)據(jù)集):

      選擇好數(shù)據(jù)框后,單擊底部按鈕以啟動(dòng)繪圖部分。

      開始畫圖

      畫圖是插件的主要界面和最有趣實(shí)用的部分,在下面的示例中,我們使用 diamonds來自 ggplot2內(nèi)置的數(shù)據(jù)集進(jìn)行演示:

      這個(gè)工具會(huì)根據(jù)你數(shù)據(jù)框的特點(diǎn)自動(dòng)幫你選取最合適你這個(gè)數(shù)據(jù)的圖,然后將對(duì)應(yīng)變量拖進(jìn)與畫圖相關(guān)的元素的框框中(X,Y,Group等等)。

      當(dāng)然如果你要畫的圖的類型不是它自動(dòng)幫你選的,你可以去畫圖類型按鈕那里選擇自己需要的圖。

      控制版面

      控制版面的功能也相當(dāng)強(qiáng)大,可以允許你設(shè)置標(biāo)題,表頭,也能讓你過濾你想要的數(shù)據(jù),并且生成畫圖的代碼,一系列非常實(shí)用的功能。下面簡(jiǎn)單講解一下每一個(gè)控制版面所對(duì)應(yīng)的功能。

      繪圖選項(xiàng)在這里你可以修改繪圖外觀和參數(shù),菜單中可用的選項(xiàng)取決于繪圖類型:

      數(shù)據(jù)過濾用于交互式過濾繪圖中使用的數(shù)據(jù)的小部件:

      代碼的輸出在此菜單中,您可以檢索用于生成該繪圖的代碼(包含了用于過濾數(shù)據(jù)的代碼),并將繪圖導(dǎo)出到PNG或PowerPoint。你可以將代碼復(fù)制到剪貼板,或?qū)⑵洳迦氘?dāng)前腳本中。

      插件選項(xiàng)

      默認(rèn)情況下,esquisse將啟動(dòng)到對(duì)話框窗口(如果在RStudio中),您可以選擇使用瀏覽器(如果您喜歡)或查看器來實(shí)用該插件,可以這樣:

      1. esquisser(viewer = 'browser')

      2. esquisser(viewer = 'pane')

      介紹就到這里啦,相信大家也領(lǐng)略到了該工具的強(qiáng)大及其好用,下一步當(dāng)然是你們自己親自實(shí)踐,摸索一下這款工具。另外如果進(jìn)行分析結(jié)果可視化是咱們搞科研搞生信的一個(gè)很重要的內(nèi)容,如果小伙伴們也有其它相關(guān)的軟件介紹,可以在留言區(qū)留言哦,讓大家受益更多。

      工具鏈接:

      https://github.com/dreamRs/esquisse


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