基因型(genotype)是指一個生物體內(nèi)細胞 DNA所包含的與某個性狀相關的基因類型。主要通過PCR和Southern blotting分析來鑒定基因修飾動物的基因型。PCR反應為常規(guī)方法，轉基因動物有時需要用Southern blotting驗證轉基因拷貝數(shù)。用Southern blotting還可以確定轉基因是否發(fā)生重排或刪除?；虬l(fā)生重排時，會導致酶切位點發(fā)生變化，產(chǎn)生不同的酶切圖譜。用實時定量PCR(real-time PCR,RT-PCR)可快速確定轉基因mRNA表達量。

轉基因隨機插入動物基因組，如果轉基因動物沒有異常，通常不需要確定轉基因整合位置；如需測定，可以通過熒光原位雜交(fluorescence in situ  hybridization,FISH)在顯微鏡下直接觀察整合位置和局部染色體結構。這項技術還可以用于檢測轉基因插入部位的染色體重排以及由Cre重組酶誘導的局部染色體刪除。

PCR反應基因型鑒定的原理是首先設計能與引入的外源基因結合的特異性引物，擴增原本不存在于動物基因組中的DNA序列。引物的設計很關鍵，轉基因動物基因型分析的引物通常位于轉基因內(nèi)，一般選擇特異性的DNA序列作為引物以確定轉基因是否存在。在多數(shù)情況下，轉基因的插入位點是未知的，難以設計引物以確定轉基因是否為純合子或雜合子。對于基因敲除和基因敲入動物，由于明確知道基因修飾的位置，因此，可以設計野生型和突變型的引物以確定基因型是否為純合子或雜合子。突變型引物對：一個引物位于同源重組短臂外；另一個位于引入的外源基因，如Neo基因內(nèi)。野生型引物通常位于要敲除的DNA序列。突變型和野生型PCR產(chǎn)物的大小應不同，在100～700bp之間，足以用凝膠電泳區(qū)別鑒定。引物的GC比例約為50％(40％～60％)?；蛐头治鰰r還要注意設立對照組。PCR反應陽性對照：可選內(nèi)源性看家基因如β-actin，以確定DNA質量和正確的擴增反應體系。每個DNA樣本的PCR反應都應為陽性。陰性對照：通常指用水代替DNA模板的對照組，以排除污染和假陽性。

實驗過程：提取基因修飾動物的DNA、用PCR反應擴增靶序列、瓊脂糖凝膠電泳、檢測DNA片段的有無和大小以確定基因型。從活體組織中分離基因組DNA，小鼠的活體解剖組織可以是一小片尾或耳組織。轉基因小鼠的基因型鑒定可以只用一對特異性引物進行分析，結果為陽性(+)或陰性(-)：陽性表示有轉基因，陰性表示沒有轉基因。基因敲除或基因敲入小鼠的基因型鑒定通常需要設計兩對引物。一對引物擴增野生型，另一對引物擴增突變型?；蛐丸b定結果有三種情況：野生型用+表示，突變型用-表示。+/-為基因敲除雜合子，+/+為野生型小鼠，-/-為基因敲除純合子。

鑒定基因的表達水平：轉基因動物模型，通過各種方法(如PCR、蛋白質印跡法、流式細胞分析等)測定轉基因的轉錄或蛋白表達水平。基因敲除或敲入模型需觀察目標基因是否被敲除以及基因是否表達。轉錄水平分析可以通過Northern blotting、核糖核酸酶(RNase)保護分析以及不定量RT-PCR來實現(xiàn)。如果需要定量，可用RT-PCR來測定，該方法使用方便、定量精準度高，已成為分析基因表達的常用技術。原位雜交技術也可以用于測定組織和細胞的mRNA表達水平。最后，鑒定應該包括蛋白質產(chǎn)物及其表達水平的分析，它們會與任何一種動物模型表現(xiàn)出來的表型相關。大部分蛋白質分析方法需要使用針對基因產(chǎn)物的特異性抗體。這些技術包括蛋白印跡法、酶聯(lián)免疫吸附分析(EUSA)、放射免疫檢定法(RIA)以及免疫組織化學染色法。