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      如何選擇血液DNA提取試劑

       昵稱61226135 2019-07-15

      前,主流的血液DNA提取方法有磁珠法和硅膠膜離心柱法,這兩種方法各有利弊。磁珠法可以針對大批量樣本的處理,滿足自動化工作的需要,但是提取核酸純度低,提取得率低;硅膠膜離心柱法提取的核酸純度高,提取效率高,對目標(biāo)基因或DNA含量較低的樣本提取,具有比較明顯的優(yōu)勢,但不易自動化操作。一般來說,科研用戶的樣本量不會太多,首要的還是提高核酸純度和提取效率,因而科研用戶主要還是選擇離心柱法。大型醫(yī)療機構(gòu)樣本量較多,一般都會選擇自動化的磁珠法。但一些樣本量不太多的臨床醫(yī)院或檢測機構(gòu),出于方便和準(zhǔn)確診斷的要求,還是會選擇離心柱法。特別地,對一些低豐度樣本的檢測,最好不要用磁珠法,最好選擇離心柱法,否則可能會導(dǎo)致假陰性結(jié)果。就離心柱法來說,目前使用較多的還是商品化試劑盒,面對眾多的品牌,如何選擇適合自己實驗的提取試劑呢?

      1. 血液核酸提取的得率要高。全血中提取基因組DNA實際上就是從有核的白細(xì)胞中提取DNA,通常利用紅細(xì)胞與白細(xì)胞膜結(jié)構(gòu)的差異,先使紅細(xì)胞裂解,離心后收集白細(xì)胞;再裂解白細(xì)胞,使膜蛋白和核蛋白變性,釋放出DNA,再將DNA提取出來。血液核酸提取得率的高低,對離心柱法而言,主要取決于離心柱對核酸的吸附能力和洗脫能力以及裂解液的裂解消化能力。離心柱的硅膠膜DNA吸附性能好、裂解液消化能力強、洗脫液洗脫能力好,血液核酸提取的得率就高。如果離心柱硅膠膜吸附能力不好,裂解液和洗脫液沒有經(jīng)過很好的優(yōu)化,血液DNA提取的得率就不高。至于血液DNA提取得率的確定,我們可以使用紫外分光光度法,但是不能作為判斷得率的唯一標(biāo)準(zhǔn),最好還是要做個PCR或熒光定量。血液的量與提取的核酸量成正比,如果要提高血液核酸得率,可通過增加血液的量來實現(xiàn)。一般先提取200ul的全血,如結(jié)果不理想可考慮增加血液量。但如果增加血液量還不能得到滿意結(jié)果,應(yīng)及時考慮更換試劑盒。目前國內(nèi)常用的血液核酸提取試劑有Qiagen、Biog等。根據(jù)我們的經(jīng)驗,Qiagen試劑盒的血液DNA提取得率,一般1ml樣本在12-45ug左右,平均在30ug。Biog比Qiagen公司的血液DNA提取得率略高,1ml血液樣本在15-48ug,平均在32ug,基本上都能滿足下游PCR實驗的要求。

      二、血液核酸提取的純度要高。一般通過測定OD260/OD280比值來估計核酸純度。一般DNA 溶液OD260/OD280比值應(yīng)在1.6--1.8之間,如果提取的DNA溶液OD260/OD280比值小于1.6,通常說明有蛋白質(zhì)或酚、多糖等的污染。如果提取的DNA溶液OD260/OD280>1.9,則表明有RNA污染。不同品牌的試劑盒提取的DNA純度略有差別,Biog的血液核酸提取純度比Qiagen略低,可以直接應(yīng)用于PCR、qPCR病毒檢測、分子雜交等Qiagen的純度略高,除了以上應(yīng)用,還可用于對純度要求略高的實驗,如細(xì)胞轉(zhuǎn)染等。但是一般來講,目前的血液DNA提取主要應(yīng)用于基因檢測、PCR、qPCR、分子雜交等,國產(chǎn)試劑盒Biog都能滿足要求。

      、產(chǎn)品價格。價格也是選購產(chǎn)品的重要考量因素。對于絕大多數(shù)實驗如PCR、qPCR、基因檢測、分子雜交等,國產(chǎn)試劑盒都能滿足質(zhì)量要求。與國外知名品牌相比,國產(chǎn)試劑盒的價格較為便宜,如Biog,價格還不到國外品牌價格的30%,性價比較高。因而,對于以上實驗建議選用Biog等國產(chǎn)試劑盒。一些經(jīng)費不是很多的課題研究或樣本量較大的臨床檢測項目,特別適合選用國產(chǎn)試劑盒。有些研究對提取DNA的純度要求相對較高,如細(xì)胞轉(zhuǎn)染等,可考慮選用Qiagen等國外知名品牌。

           綜合看來,與國外知名品牌相比,國產(chǎn)試劑盒在血液DNA提取純度上略有不足,但不影響大多數(shù)實驗,特別是下游需要PCR擴(kuò)增的實驗和分子雜交類實驗。在提取得率上,國內(nèi)試劑盒與國外品牌差別不大,而在價格方面,國產(chǎn)試劑盒具有比較明顯的優(yōu)勢。如果經(jīng)費充足,DNA純度要求較高,可考慮選擇Qiagen等國外知名品牌。如果經(jīng)費不多或下游做PCR、qPCR、分子雜交等實驗,可考慮選擇性價比較高的Biog等國產(chǎn)品牌。

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