之前我寫過一篇文章群體遺傳分析分層校正，該選用多少個PCA?，里面提到可以通過EIGENSTRAT軟件確定顯著的主成分，后續(xù)就可以將顯著的主成分加入?yún)f(xié)變量中。

這篇文章主要是講如何通過EIGENSTRAT軟件確定顯著的主成分。

1 下載安裝EIGENSTRAT

1.1 下載

下載地址：

https://data./alkesgroup/EIGENSOFT/EIG-6.1.4.tar.gz

wget https://data./alkesgroup/EIGENSOFT/EIG-6.1.4.tar.gz

1.2 安裝

tar zxvf EIG-6.1.4.tar.gz

2 PCA計算

可以用plink計算PCA，也可以用EIGENSTRAT。

PLINK計算PCA比較簡便，個人比較推薦PLINK。

之前已經(jīng)介紹過怎么用PLINK計算PCA了，這里就不再贅述。

3 確定顯著PCA數(shù)量

下面講一下怎么用EIGENSTRAT確定多少個PCA被納入?yún)f(xié)變量中。

3.1 如果是用EIGENSTRAT計算得到的PCA

用EIGENSTRAT計算得到后綴為.eval的文件后，使用如下命令：

/bin/twstats -t twtable -i pca.eval -o eigenvaltw.out

3.2 如果是用PLINK計算得到的PCA

用PLINK計算的PCA得到后綴為.eigenval的文件后，使用如下命令：

/bin/twstats -t twtable -i pca.eigenval -o eigenvaltw.out

3.3 結(jié)果解讀

假定生成的eigenvaltw.out如下：

這張圖里前三個PCA的P值小于0.05，說明做關(guān)聯(lián)分析的時候要把前三個PCA加入?yún)f(xié)變量中。