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最好有管理員權(quán)限，沒權(quán)限找管理員幫忙。用Docker運行所有流程的成功率高，幾乎是萬能的，簡單高效，不存在環(huán)境變量污染和版本沖突的問題，是復(fù)雜分析項目非常好的解決方案。 Docker 基本使用安裝Docker# 安裝Docker
sudo apt-get install docker.io
# 啟動Docker服務(wù)
service docker start # select 1, using passwd yyf......
# 關(guān)閉Docker服務(wù)
service docker stop
# 配置權(quán)限，添加用戶至docker組即可
user=test # 設(shè)置用戶名為yongxin
groupadd docker
sudo usermod -aG docker ${USER}
# 查看docker運行信息
docker info下載鏡像# 搜索鏡像：鏡像的名字通常由用戶名/鏡像名構(gòu)成,無用戶名的為官方認證鏡像
docker search ubuntu
# 獲取鏡像
docker pull ubuntu # ubuntu latest 16.04
# 查看本機Docker中存在的鏡像
docker images
# 查看鏡像的歷史編輯信息
docker history ubuntu運行鏡像# 可以查看這個命令的參數(shù)
docker run --help
# 創(chuàng)建容器，命名容器名ubuntu，互動標(biāo)準(zhǔn)輸入i和分配新命令行t。i: --interactive Keep STDIN open even if not attached; t: --tty Allocate a pseudo-TTY
docker run --name=ubuntu -it ubuntu
apt-get update
apt-get install less
apt-get install htop
bash --version # 4.3.48
perl -v # 5.22.1
apt-get install r-base # depended on python
R --version # 3.2.3 (2015-12-10)
python --version # 2.7.12
# 內(nèi)部退出容器
exit # 或Ctrl+D
# 查看容器列表
docker ps -a|less -S # 查看所有container
# 啟動退出容器(ID/Names)
docker start ubuntu
# 進入運行容器
docker attach ubuntu
exit # 退出終端和容器
# 保存容器至鏡像
## a作者,m描述(am可不添)，容器，鏡像(用戶/鏡像:版本)
docker commit -a liuyongxin -m 'Add r-base' ubuntu liuyongxin/ubuntu16:0.01
# 導(dǎo)出容器至文件
docker export ubuntu -o ubuntu.tar
# 導(dǎo)入容器文件為鏡像
docker import ubuntu.tar liuyongxin/ubuntu16:latest
# 刪除退出容器及掛載目錄鏈接
docker rm -v ubuntu
# 后臺運行images
docker run --name=ubuntu -itd liuyongxin/ubuntu16 /bin/bash
# 外部退出容器
docker stop ubuntu
# 批量退出容器
docker stop $(docker ps -a -q)
# 批量刪除退出的容器
docker rm -v $(docker ps -a -q -f status=exited)
# 移除鏡像
docker rmi liuyongxin/ubuntu16
# 移除全部鏡像
docker rmi $(docker images -q)
# 只對某目錄數(shù)據(jù)處理：打開鏡像并掛載目錄工作，退出自動刪除容器
# rm退出刪除容器,v掛載yongxing至home，容器名，打開命令行
docker run --rm -v /mnt/bai/yongxin:/home --name=ubuntu -it liuyongxin/ubuntu16:0.01上傳鏡像我們需要現(xiàn)在Docker hub注冊賬號 docker login # 按提示輸入用戶名、密碼。登錄成功會返回Login Succeeded
docker push liuyongxin/ubuntu16
docker rmi liuyongxin/ubuntu16 # 如果本地不再使用且想清理空間，可移除鏡像使用別人配置的QIIME docker# 在docker庫中檢索
docker search qiime
# 下載需要的docker
docker pull yoshikiv/basespace-qiime-191-dev
# 查看本地的qiime docker
docker images|grep 'qiime'
# 運行docker，加載工作目錄，退出自動移除
docker run --rm -v /mnt/bai/yongxin:/home --name=qiime -it yoshikiv/basespace-qiime-191-dev增強docker qiime的高級繪圖功能，選用# install ggplot2 ggtree for R
R
source("https:///biocLite.R")
biocLite(c("ggtree","ggplot2","colorspace"))實例：使用docker中的QIIME繪制alpha rarefraction曲線docker run --rm -v `pwd`:/home --name=qiime yoshikiv/basespace-qiime-191-dev make_rarefaction_plots.py -i home/${result}/a_collated/ -m home/doc/design_rare.txt -o home/resultReference |
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