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      「生信基礎課」初學者入門Linux最少必要的知識點

       yjt2004us 2019-08-07

      這是我在嗶哩嗶哩上課程的文字稿版本。我有點完美主義的傾向,所以為了避免自己因為覺得自己某個部分的說話不利索,不清楚,所以總是會寫稿子。

      仍有不足,但是完成比完美重要

      視頻地址是:https://www.bilibili.com/video/av62588575/ 

      這次課程的主題是生信入門必須學習的幾個Linux操作。

      為什么要學習Linux

      如果你要學習生物信息學,那么你一定要學會使用Linux。這是因為,絕大部分的生信軟件都需要運行在Linux平臺,并且有些時候,你會要用到服務器去處理大量的數據,而這些服務器幾乎都是Linux環(huán)境。

      當然,你可以說,我可以用云平臺呀,畢竟現(xiàn)在很多公司都開發(fā)了云平臺,我們拖拖拽拽就可以搞分析了呀。是的,現(xiàn)在的云平臺也來越成熟,使用體驗也很棒,我也很喜歡。不過我還是建議大家學Linux,因為當你學會Linux之后,你會變得更加自由,不再受限于別人的平臺,而且能讓日常工作變得高效起來。

      如何學習Linux

      那么如何學習呢?通常你問別人如何學Linux的時候,對方十有八九會給你推薦鳥哥的書,這沒啥毛病,因為我也是靠鳥哥的書入門的,那本書已經被我翻成了這副模樣。

      學習沒有捷徑,但是可以少走幾步路。我們不需要精通Linux,成為Linux大牛,靠Linux吃飯,我們只需要掌握一些基本操作,搞得定日?;静僮骶托?。就像絕大部分人用Windows的時候,也不知道如何配置Windows里的環(huán)境變量,但是一點不妨礙基本使用呀。

      通過我對自己平時操作的總結,我認為學Linux起碼要掌握下面這三方面內容。

      • 操作遷移,就是把Windows上的常見操作都在Linux里找到對應的操作

      • TAB補全,不但可以讓你的操作更快,而且還能讓你避免大部分的報錯

      • 環(huán)境變量,學習Linux一定要理解環(huán)境變量,否則你就裝不好軟件。

      不過,最重要的是,你得先有一個Linux環(huán)境。我在嗶哩嗶哩上錄制了兩個視頻,教大家如何在Windows平臺上配置你的Linux環(huán)境,如何在Mac上配置Linux環(huán)境。

      先看Vim視頻:

      • https://www.bilibili.com/video/av58673256
        再配置Linux環(huán)境:

      • Windows10/Linux: https://www.bilibili.com/video/av58541835

      • MacOS: https://www.bilibili.com/video/av58541835

      本次視頻的操作雖然是在mac上錄制,但是適用于大部分的Linux環(huán)境,包括Ubuntu和CentOS,如果有什么問題,歡迎在留言區(qū)提問交流。

      TAB補全

      在演示Linux操作之前,我一定要先強調下tab補全的重要性,它是我認為最重要的一個操作。

      初學者在學習Linux的時候,最常見的狀態(tài)就是,按照教程內容,一個一個字符的敲。由于剛學習,敲代碼還不熟練,因此,十有八九會出現(xiàn)敲錯的情況,那么結果就是代碼運行失敗。運行失敗怎么辦?可能也不會去看報錯,然后檢查自己的輸入,估計就是截圖或者拍照發(fā)到群里提問了。

      因此,在正式開始敲代碼之前,大家先在鍵盤上找到tab,多敲幾次,感受到它的存在。

      后面,我還會不斷強調它,直到它刻在你的腦子里。

      操作遷移

      接下來,我們來講講這次課程的主要內容,操作遷移。

      我們在Windows上最常做的操作是什么呢?我覺得,最常見的操作應該是下面這些吧

      • 瀏覽目錄

      • 切換目錄

      • 新建文件夾/刪除文件夾

      • 新建文件/刪除文件

      • 查看文本

      • 了解資源使用情況

      • 數據下載

      • 安裝軟件

      那么這些操作在Linux里的對應命令是什么呢?我們先瀏覽一下命令,然后通過一個模擬的項目來一個個了解他們。

      • 瀏覽目錄: ls

      • 切換目錄: cd, pwd

      • 新建文件夾/刪除文件夾: mkdir / rmdir / rm -r

      • 新建文件/刪除文件: vim / rm

      • 查看文本: less, head, tail, cat

      • 了解資源使用情況: top

      • 數據下載: wget / curl

      • 安裝軟件: apt-get/yum/conda

      那么這些命令應該怎么用呢?其實很簡單,就是輸入命令名,后面的參數,看情況加。強調一點,如果要用到參數,那么命令名和參數之間是需要空格分隔的。

      我們以一個項目為例,去學習使用最常見的Linux命令。這個任務內容如下

      1, 在家目錄下創(chuàng)建文件夾,名為 abc

      2, 將abc重命名為 study

      3, 下載擬南芥的注釋GFF文件, 解壓縮

      4, 使用less查看文件內容

      5, 刪除gff 文件

      6, 刪除 study文件夾

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