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      CNV解讀,你了解多少?

       OnceApple 2019-09-04

      下圖是CNV數(shù)據(jù)分析的流程,供分析參考:(圖片來源于劉維強老師和盧建老師課件)

      在分析解讀過程中,一般來說:

      1. 缺失重復區(qū)域包含的基因及數(shù)目,基因越多越可能致病,包含的基因功能越重要,越可能致??;

      2. 缺失重復區(qū)域證據(jù)收集,相關數(shù)據(jù)庫(DGV,DECIPHER等)以及文獻查詢,正常人檢出率越低和/或患者檢出率越高,致病性可能性越高;

      3. 缺失比重復更可能具有致病性;

      4. 新發(fā)(de novo)變異比遺傳的變異更可能具有致病性。

      依據(jù)ACMG指南,建議將CNV分成三大類5級,分類的基本原則如下:

      (1)致病性CNV:一段缺失或重復與一個已報道的微缺失/微重復綜合征致病區(qū)域在位置和大小上匹配,或缺失中包含因單倍劑量不足而致病的基因或基因的一部分,或重復中包含三倍劑量敏感基因的全部(有關單倍劑量不足和三倍劑量敏感基因可查詢ClinGen網站。另外涉及多個基因的大片段缺失(通常遠大于1 Mb)或重復也為致病性,特別是新發(fā)變異。因不完全外顯、表現(xiàn)多樣等原因,相同致病類CNV并不一定導致相同的臨床表型。

      (2)可能致病性CNV(90%致病可能):一段缺失或重復與一個已報道的致病性缺失或重復有部分重疊,或涉及可疑但并未在疾病致病機制中證實的基因,或涉及的基因雖有支持單倍劑量不足或三倍劑量敏感的證據(jù),但不足以得出肯定結論。

      (3)臨床意義不明性CNV(VUS):此類變異不符合致病條件也不符合良性條件,文獻報道中的結論尚未一致,暫沒有足夠的證據(jù)做肯定的分類。

      (4)可能良性CNV:含有基因的變異在正常人群中多次發(fā)生,但發(fā)生率未達1%。

      (5)良性CNV:涉及的CNV在DGV數(shù)據(jù)庫或內部數(shù)據(jù)庫中的發(fā)生率>1%;或該CNV已在多個同行審議的出版物或經審校的數(shù)據(jù)庫(如ClinVar)中報告為良性;或正常人群中有發(fā)生,但不到1%的發(fā)生率,CNV不包含任何基因或重要的基因組成部分。


      在看檢測報告的時候,因檢測結果大多是術語縮寫,不夠直觀明了,例如:arr[hg19]3q28(188465893-189665334)X1 ,以下列出的常見符號和術語縮寫,有助于看檢測結果:

      add額外未知起源的染色體片段
      方括號[ ]描述細胞數(shù)目或采用的基因組版本號
      cen著絲粒
      chr染色體
      dic雙著絲粒體
      del缺失
      der衍生染色體
      dn(de novo)新發(fā)染色體畸變
      dup重復
      h異染色質
      hmz純合的,純合性
      htz雜合的,雜合度
      inh遺傳性的
      ins插入
      inv倒位
      mar標記染色體
      mat母方起源
      — (減號)丟失
      mos嵌合體
      p染色體短臂
      pat父親起源
      +(加號)獲得
      q染色體長臂
      qs染色體長臂上的隨體
      qter長臂末端
      ?(問號)對某一染色或染色體結構的疑問
      r環(huán)狀染色體
      rob羅賓遜易位
      s隨體
      t易位
      ter末端(染色體末端)
      upd單親二體

      案例1

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