腫瘤基因組圖譜 (The Cancer Genome Atlas，TCGA) 計劃是由美國國家癌癥研究院（National Cancer Institute，NCI）和美國國家人類基因組研究所（National Human Genome Research Institute，NHGRI）于2006年聯(lián)合啟動的項目，目前共計研究33種癌癥類型。

TCGA利用大規(guī)模測序為主的基因組分析技術，從基因組、表觀遺傳組、轉錄組、蛋白質組等多個層析解析癌癥的分子機制。最終完成一套完整的與所有癌癥基因組改變相關的圖譜以提高人們對癌癥發(fā)病分子基礎的科學認識及提高我們診斷、治療和預防癌癥的能力。作為目前最大的癌癥基因信息的數(shù)據(jù)庫，TCGA蘊藏著難以想象的寶貴信息。

通過整合分析TCGA數(shù)據(jù)庫中33種癌癥的基因組、表觀遺傳組、轉錄組和蛋白質組等多組學數(shù)據(jù)，生物和醫(yī)學研究與應用的利器AIPuFu平臺（www.）為廣大用戶開發(fā)了各種相應的免費應用，能幫助用戶深度挖掘多種癌癥的多組學數(shù)據(jù)，探究腫瘤發(fā)生發(fā)展的分子機制（更多精彩請關注微信公眾號：AIPuFuBio）。


目前，AIPuFu平臺提供的TCGA數(shù)據(jù)挖掘應用有：

1、《查詢各類腫瘤不同性別、年齡、種族、臨床分期的生存曲線（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-507.html

2、《查詢各種癌癥與對照中基因的甲基化差異情況（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-504.html

3、《查詢各種癌癥與對照中基因的差異表達情況（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-503.html

4、《查詢各類腫瘤中兩個蛋白的表達水平相關性（CPTAC或TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-394.html

5、《查詢各類癌癥中不同類型基因變異情況總結（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-386.html

6、《繪制各類腫瘤中給定基因/miRNA的表達或甲基化熱圖（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-376.html

7、《查詢各類腫瘤中基因表達或甲基化水平相關性最高的前15個基因（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-374.html

8、《查詢各類腫瘤與正常組織中基因的甲基化差異情況（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-363.html

9、《查詢各類腫瘤與正常組織中基因的表達差異情況（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-362.html

10、《查詢各類腫瘤中兩個基因啟動子區(qū)域的甲基化水平相關性（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-361.html

11、《查詢各類腫瘤與對照的基因表達或miRNA表達火山圖（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-358.html

12、《查詢各類腫瘤中基因的甲基化與表達水平之間的相關性（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-357.html

13、《查詢各類腫瘤中基因突變的轉換和顛換比率情況（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-356.html

14、《查詢各類腫瘤中基因突變與病人生存時間的關系（生存曲線，TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-353.html

15、《查詢各類腫瘤中基因突變對蛋白功能域的影響（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-351.html

16、《查詢各類腫瘤中不同基因突變類型在臨床分期中的分布（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-350.html

17、《查詢各類腫瘤中突變在基因上的分布及影響（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-349.html

18、《查詢各類腫瘤中不同基因突變之間的互斥和共現(xiàn)關系（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-348.html

19、《繪制不同腫瘤中給定基因/miRNA的表達或甲基化熱圖（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-347.html

20、《查詢各類腫瘤中兩個基因/miRNA的表達或甲基化相關性（TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-345.html

21、《查詢各類腫瘤中病人生存時間與基因表達的關系（生存曲線，TCGA數(shù)據(jù)）》

地址：http://www./goods-343.html

使用示例：

《查詢各類腫瘤不同性別、年齡、種族、臨床分期的生存曲線（TCGA數(shù)據(jù)）》

一、首先可通過兩種不同方式找到如下產品：

1、首頁（www.）–>所有產品分類–>動物–>人–>TCGA-各類腫瘤數(shù)據(jù)–>查詢各類腫瘤不同性別、年齡、種族、臨床分期的生存曲線（TCGA數(shù)據(jù)）；

2、首頁（www.）–>搜索框–>輸入相關的關鍵詞“TCGA”–>查詢各類腫瘤不同性別、年齡、種族、臨床分期的生存曲線（TCGA數(shù)據(jù)）。

產品地址：****http://www./goods-507.html

二、功能和使用方法

**產品功能：****《查詢各類腫瘤不同性別、年齡、種族、臨床分期的生存曲線（TCGA數(shù)據(jù)）》**產品利用TCGA數(shù)據(jù)集中腫瘤的各種臨床信息，繪制特定腫瘤中選定屬性（如年齡、性別、種族、分期等）的生存曲線。

使用方法：

1、設置參數(shù)：

**(i)**在“TCGA腫瘤”中選擇您感興趣的一種腫瘤，有33種腫瘤可供選擇，示例中選擇了BRCA(Breast invasive carcinoma,乳腺浸潤性癌)；

**(ii)**在“標題”處輸入您想在圖中顯示的標題，示例中為BRCA；

**(iii) **在“**屬性”**中選擇您感興趣的層面，有age（年齡），gender（性別），race（人種）和stage（臨床分期）四個層面可供選擇，示例中為stage；

**(iv)在“時間單位”**處選擇一種您想要您想在圖中使用的病人生存時間單位，目前僅支持month（月），示例中選擇了month；

**(v)**在“**時間范圍(month)****”**中選擇您想在圖中顯示的病人生存時間范圍，有60，120，240和不限四種選擇，示例中選擇了120；

**(vi)**若您勾選了“發(fā)送到郵箱”，結果將會同時發(fā)送到您的郵箱。

**(vii)**單擊“立即運行”，結果圖片將在下方顯示。

具體如下圖所示：

**2、**上面的參數(shù)設置運行的結果如下圖所示，結果顯示了乳腺癌中四個臨床分期的患者的生存時間存在顯著差異（P-value=2.28e-19）。您可在右上角“下載圖片”處下載該結果的PDF文件，從而可進一步轉換為jpg、tiff、png等其他格式。