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http://www./class/Home/Index/singlev?id=2 問(wèn)1：轉(zhuǎn)錄因子指的是蛋白質(zhì)？ 答：是的。
答：MEME、weblogo都可以。 Weblogo:http://weblogo./create.cgi 如果想要得到更好看的圖片，可以試試LATEX 問(wèn)3：轉(zhuǎn)錄因子怎么預(yù)測(cè)靶基因？ 答：轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合到什么區(qū)域具有保守性的，如果已經(jīng)知道轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的序列是什么特點(diǎn)，可以在基因上游2K區(qū)域找這段序列，如果可以找到，那么這段序列就是潛在的能夠被該轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合。 問(wèn)4：轉(zhuǎn)錄因子怎么找啟動(dòng)子序列? 答：首先，啟動(dòng)子序列沒(méi)有很嚴(yán)格的定義，通常認(rèn)為定義基因上游2K左右為潛在的啟動(dòng)子區(qū)，而到底轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合到什么區(qū)域，要具體做靶基因預(yù)測(cè)。 問(wèn)5：怎么知道是序列是轉(zhuǎn)錄因子？ 答：使用序列在轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行blast 比對(duì)。 問(wèn)6：請(qǐng)問(wèn)JASPAR能分析細(xì)菌的轉(zhuǎn)錄因子么? 答：JASPAR數(shù)據(jù)庫(kù)是由開(kāi)發(fā)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)（TFBS）數(shù)據(jù)庫(kù) 鏈接：http://jaspar.binf./ 對(duì)于JASPAR數(shù)據(jù)庫(kù)，包括脊椎動(dòng)物，線蟲(chóng)綱，昆蟲(chóng)，植物，真菌，TF結(jié)構(gòu)分類。 問(wèn)7：JASPAR結(jié)果 strand 有正有負(fù)怎么取舍？ 答：為什么要取舍呢，轉(zhuǎn)錄的時(shí)候，其實(shí)兩條鏈都可以轉(zhuǎn)錄的。 問(wèn)8：請(qǐng)問(wèn)用什么方法可以在尋找已知蛋白的結(jié)合蛋白時(shí)，假陽(yáng)性最??？是blast比對(duì)嗎？ 答：是的。蛋白與蛋白的相互作用應(yīng)該是PPI的相互作用。 問(wèn)9：PPI的結(jié)果是預(yù)測(cè)的嗎？可信度多高？ 答：是預(yù)測(cè)的，可信度問(wèn)題無(wú)法很好定義，所以后續(xù)要做酵母雙雜交或免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證；預(yù)測(cè)是無(wú)法解決問(wèn)題的，只是給我們提供一些篩選結(jié)果，縮小驗(yàn)證范圍。 問(wèn)10：轉(zhuǎn)錄因子找到的靶基因的啟動(dòng)子結(jié)合位點(diǎn)，是不是我們研究基因的啟動(dòng)子？ 答：不一定，預(yù)測(cè)的結(jié)果還是需要驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)來(lái)證實(shí)。而且一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子可能有多個(gè)靶基因啟動(dòng)子結(jié)合位點(diǎn)。 問(wèn)11：如果一個(gè)基因序列沒(méi)有2000bp，會(huì)有啟動(dòng)子區(qū)嗎？ 答：這里可能混淆了兩個(gè)概念，通常說(shuō)的啟動(dòng)子序列2K不算在基因序列里面。而基因序列通常是從轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)開(kāi)始算的；啟動(dòng)子序列是從轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游開(kāi)始算的，但同時(shí)這也是一種經(jīng)驗(yàn)性、保守的說(shuō)法，也有可能一些轉(zhuǎn)錄因子的啟動(dòng)子序列不是2K,或者是更遠(yuǎn)的基因上游部分，2K通常囊括了大部分的啟動(dòng)子序列。 問(wèn)12：在RNA-seq的差異表達(dá)的list里面有幾個(gè)TF，有沒(méi)有比較好的方式把TF的target形成的網(wǎng)絡(luò)搞出來(lái)？ 答： RNA-seq結(jié)果可以2個(gè)有用信息。 第一，如果TF在jasper數(shù)據(jù)庫(kù)已經(jīng)有人報(bào)道了有這個(gè)model，那么就可以利用靶基因預(yù)測(cè)的方法去找TF的target基因。 第二，如果你的RNA-seq樣本比較多，比如10個(gè)、8個(gè)，那么TF的target基因可能是很多的， 這時(shí)需要過(guò)濾一下。可以計(jì)算潛在target與TF表達(dá)的相關(guān)系數(shù)，如果存在潛在的正相關(guān)，就可以判定可能是被調(diào)控的。這樣過(guò)濾完，一個(gè)TF剩下的target可能就幾十個(gè)。接下來(lái)，把結(jié)果導(dǎo)入到cytoscape里面進(jìn)行可視化，那么調(diào)控網(wǎng)絡(luò)就可以做出來(lái)了。 問(wèn)13：請(qǐng)問(wèn)一下在細(xì)菌里，已知一段啟動(dòng)子序列，怎么尋找可以與之結(jié)合的潛在轉(zhuǎn)錄因子呢？ 答：在JASPAR數(shù)據(jù)庫(kù)里面，將報(bào)道過(guò)的該啟動(dòng)子序列把他拿出來(lái)，包含的motif，全部預(yù)測(cè)一遍，就可以找到轉(zhuǎn)錄因子。 問(wèn)14：組蛋白修飾的啟動(dòng)子區(qū)域有沒(méi)有特定的序列？ 答：沒(méi)有特定的序列。因?yàn)榻M蛋白修飾染色體的某個(gè)狀態(tài)，他是沒(méi)有特定的規(guī)律的，比如H3K4三甲基化，他有時(shí)是可以轉(zhuǎn)化成一甲基化的，或者不甲基化，或者乙?；＿@是說(shuō)規(guī)律是可以調(diào)整的，所以組蛋白修飾更多是一個(gè)表觀調(diào)控的一部分，他并沒(méi)有非要什么樣的序列來(lái)說(shuō)被修飾的。 問(wèn)15：為什么啟動(dòng)子區(qū)一定要三甲基化呢？ 答：這是因?yàn)槿谆旧|(zhì)的結(jié)構(gòu)是不一樣的，但因?yàn)槿旧w結(jié)構(gòu)不一樣，意味著空間結(jié)構(gòu)不一樣；打個(gè)比方，一個(gè)轉(zhuǎn)錄復(fù)合物結(jié)合到的區(qū)域就相當(dāng)于一個(gè)停車位一樣的，所以組蛋白修飾狀態(tài)不一樣，它的復(fù)合物結(jié)合不上去。所以如果是一甲基化的，復(fù)合物結(jié)合不上去，自然就不可能是一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。 問(wèn)16：增強(qiáng)子結(jié)合區(qū)域是1甲基化，但是增強(qiáng)子也屬于TF，那么3甲基化也不是肯定的么？ 答：增強(qiáng)子未必是轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域，比如enhancer RNA，結(jié)合的蛋白類型更轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的區(qū)域還是有區(qū)別的，兩者是不一樣的。 問(wèn)17：正義鏈和反義鏈?zhǔn)鞘裁匆馑迹繂?dòng)子區(qū)域在不同鏈怎么找？ 答：比如人類基因組里面，正義鏈已經(jīng)被人為定義好了，某一條鏈?zhǔn)钦?，某一條即為反鏈。那具體到基因的話，我們知道RNA的轉(zhuǎn)錄是單鏈轉(zhuǎn)錄的，轉(zhuǎn)錄有可能轉(zhuǎn)錄正義鏈也有可能轉(zhuǎn)錄反義鏈，所以啟動(dòng)子肯定是跟你的轉(zhuǎn)錄鏈在同一條鏈的。所以啟動(dòng)子不可能在反義鏈上，這里的得反義鏈?zhǔn)荄NA的反義鏈，但你的轉(zhuǎn)錄本就在反義鏈上所以啟動(dòng)子區(qū)域通常跟你的轉(zhuǎn)錄連在同一條鏈上。 問(wèn)18：正向轉(zhuǎn)錄和反向轉(zhuǎn)錄找啟動(dòng)子區(qū)域有什么不同呢？ 答：沒(méi)有什么不同。 問(wèn)19：染色體的正負(fù)鏈，跟 DNA模板的正負(fù)鏈不一樣嗎？ 答：正向的話，位于我們?nèi)旧w位置信息中數(shù)字比較小減去2K；反向的話，在染色體位置信息中數(shù)字比較大的加上2K。 問(wèn)：可以舉個(gè)例子嗎？ 答：轉(zhuǎn)錄因子是結(jié)合啟動(dòng)子區(qū)域，起始轉(zhuǎn)錄；而小RNA一般是靶向拮抗轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)。 問(wèn)20：預(yù)測(cè)某個(gè)基因的啟動(dòng)子序列，應(yīng)該使用正義鏈的序列（與mRNA一致）吧？ 答：是的。 問(wèn)21：轉(zhuǎn)錄因子為什么允許錯(cuò)配呢？ 答：轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合規(guī)律類似于microRNA跟靶基因的結(jié)合。就是說(shuō)這些結(jié)合本身有一種互補(bǔ)配對(duì)能量的問(wèn)題，就是吉布斯自由能。如果一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子蛋白的某些序列，因?yàn)榈鞍仔蛄杏心承┨匦?，就是說(shuō)跟正靶向結(jié)合時(shí)候，他的結(jié)合能力是下降的。在任何一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，他可能一兩個(gè)模型，可能允許錯(cuò)配2個(gè)地方， 有可能錯(cuò)配3個(gè)地方，這些模型允許錯(cuò)配，我們就來(lái)統(tǒng)計(jì)這些基因存在哪些錯(cuò)位位點(diǎn)，所以，我們就可以把轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合模型總結(jié)出來(lái)。 你再給一條序列，那么可以根據(jù)這個(gè)完美模型來(lái)判定這個(gè)錯(cuò)配會(huì)導(dǎo)致能量下降多少，如果能量為100%的話，我們認(rèn)為能量講到80%的時(shí)候就能結(jié)合了，但這80%也是人為定的標(biāo)準(zhǔn)，比如你覺(jué)得80%太嚴(yán)了，你可以降到70%也許是OK的。但這也是一種經(jīng)驗(yàn)性的標(biāo)準(zhǔn)。 問(wèn)22：promo網(wǎng)站輸入啟動(dòng)子序列，就會(huì)顯示能夠結(jié)合的位點(diǎn)以及相應(yīng)的轉(zhuǎn)錄因子，跟JASPAR網(wǎng)站方法什么區(qū)別？ 答：建議看下promo網(wǎng)站的方法學(xué)文章，無(wú)論是什么數(shù)據(jù)庫(kù)，大部分轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)的都是用這種方法的?？赡芊椒ㄓ袃?yōu)化但不會(huì)相差太多。 問(wèn)23：我用人的序列去比對(duì)另一物種的基因組，然后用genewise去預(yù)測(cè)ORF，得到的預(yù)測(cè)結(jié)果中發(fā)現(xiàn)同一條人的query序列對(duì)應(yīng)上了另一物種多個(gè)scaffold，但是score值不同，這些score值怎么處理？ 答：比對(duì)劫到多個(gè)地方這種情況是正常的，比如如果基因存在基因家族，然后一個(gè)基因也不一定在基因組上就一個(gè)拷貝，所以就能比對(duì)到多個(gè)scaffold，所以導(dǎo)致score不同。 問(wèn)24：轉(zhuǎn)錄因子和小RNA的作用方式有什么區(qū)別？他們都是起到調(diào)控作用？ 答：轉(zhuǎn)錄因子是一個(gè)轉(zhuǎn)錄前調(diào)控，決定了這個(gè)基因能否被轉(zhuǎn)錄；小RNA是一種轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，他的轉(zhuǎn)錄已經(jīng)翻譯出來(lái)的，但是來(lái)阻止他翻譯成蛋白，比如可以利用小RNA來(lái)結(jié)合，或使RNA降解。所以轉(zhuǎn)錄因子是一個(gè)轉(zhuǎn)錄前調(diào)控，小RNA是一種轉(zhuǎn)錄后調(diào)控是否翻譯成蛋白，這是兩者的根本區(qū)別。 問(wèn)25：TFBS模型構(gòu)建有什么意義？ 答：目前TFBS大部分實(shí)驗(yàn)來(lái)源于ChIP 及傳統(tǒng)的凝膠遷移實(shí)驗(yàn)等，凝膠遷移實(shí)驗(yàn)以前傳統(tǒng)做法是獲得一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，就在體外將轉(zhuǎn)錄因子與DNA打碎結(jié)合，結(jié)合后跑電泳看看哪些DNA是跟轉(zhuǎn)錄因子蛋白一起遷移的，然后把一起遷移的DNA拿出來(lái)去測(cè)序，當(dāng)然可能會(huì)測(cè)個(gè)百八十條，這些序列都是不一樣的，但是這些序列雖然不一樣，但肯定都有轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)。所以就需要把這些結(jié)合規(guī)律找出來(lái)。比如可以統(tǒng)計(jì)每個(gè)區(qū)域剪輯的頻率，建立轉(zhuǎn)錄因子這樣一個(gè)模型。 模型構(gòu)建有什么好處呢？如果后面再獲得一個(gè)基因，想看它到底能不能跟轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合，你就可以在基因的上游去找到有沒(méi)有符合這個(gè)模型的序列，如果有這樣序列，那么就可以判斷可以與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合。 引申一點(diǎn)，我們測(cè)出來(lái)的區(qū)域二三百長(zhǎng)，但實(shí)際上結(jié)合區(qū)域只有4-10個(gè)bp，一般通過(guò)序列分析軟件比如MEME,找出最保守的區(qū)域。找出來(lái)以后再通過(guò)統(tǒng)計(jì)，把最保守的區(qū)域可視化，畫(huà)成序列l(wèi)ogo等這樣的圖片。 問(wèn)26：TF的結(jié)合能力的不同，也可視為一種表達(dá)調(diào)控嗎？ 答：結(jié)合能力只是結(jié)合的一部分，還要涉及到很多因素，如轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)量。表達(dá)量越高，調(diào)控的強(qiáng)度越大，還有轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控受到很多伴侶分子、其他跟它共調(diào)控的轉(zhuǎn)錄因子的作用。所以，轉(zhuǎn)錄調(diào)控不是單一由結(jié)合能力來(lái)決定的，還有其他一些干擾。TF本身也不是單獨(dú)發(fā)揮作用的，還有分子伴侶等的協(xié)助過(guò)程，這就是屬于一種共調(diào)控的過(guò)程。
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