在蒙古宮廷斗爭中，傳說窩闊臺更是嚴酷、刻毒。 因為四弟拖雷一直是窩闊臺穩(wěn)固汗位的隱患，他掌有蒙古軍隊的百分之八十，具有堅實的軍事實力，在攻金的戰(zhàn)役中，拖雷更表現(xiàn)出他卓越的軍事才能，這不能不引起窩闊臺的忌恨。 因此在消滅金國后班師北還的途中，窩闊臺就裝神弄鬼，假裝病得奄奄一息，讓拖雷在他身邊侍奉。 薩滿巫師念著咒文，將窩闊臺的疾病滌除在一只木杯中。 托雷出于對兄長非常愛戴，拿起杯子喝下這杯滌除疾病的水。 托雷所飲的咒水其實已經(jīng)被窩闊臺投放了毒藥。 于是窩闊臺就病愈了，而幾天后托雷就死去了。 窩闊臺借助于這樣的迷信儀式除去了他最大的政敵。

1240年冬，身染重病的窩闊臺下詔命貴由等班師返回蒙古本土。1241年12月11日，窩闊臺去世。窩闊臺一生有個最喜歡的人和一個最不喜歡的人。窩闊臺他最喜歡的人，是他的六皇后脫列哥那，脫列哥那就是昭慈皇后乃馬真氏，史稱乃馬真后。窩闊臺在位期間，幾乎所有的政事都要和乃馬真氏商量。在晚年的時候，他甚至干脆把政事完全交給乃馬真氏，自己專心一意喝酒嬉樂。他最不喜歡的人，就是他與乃馬真氏生的長子貴由。所以，他把王儲之位給了他第三個兒子闊出（闊出的母親在歷史上沒有記載），而不是長子貴由。在西征的時候，他把統(tǒng)帥之位給術赤的兒子拔都，副統(tǒng)帥之位給了老將軍速不臺，就是不給貴由；當闊出在南宋戰(zhàn)場上戰(zhàn)死后，他又說要把汗位給闊出的兒子、他的孫子失烈門（那時候失烈門還是個小孩子），就是不給貴由。一般都是“母以子貴”，或者“子以母貴”。像窩闊臺這種，最喜歡母親，卻最不喜歡兒子的，在歷史上是絕無僅有的。

窩闊臺為什么不喜歡貴由？史料上并沒有記載。根據(jù)史料進行分析，大約有三個原因：一是貴由長得比較瘦弱，不大像個強悍的蒙古男人。二是貴由有拘攣病?！熬袛仭本褪羌∪獠挥勺灾鞯厥湛s，關節(jié)經(jīng)常不能自由活動。三是貴由有些意氣用事，不夠大氣。

窩闊臺突然病死于行獵之中，還沒來得及立詔。所以，當貴由還在西征途中的時候，乃馬真皇后便召相國耶律楚材商議立汗之事。乃馬真皇后欲立自己的兒子貴由為汗，但由于未有大汗遺囑，故將相國找來商議。乃馬真皇后對耶律楚材道：“先帝在時，曾意讓皇孫失烈門為嗣，然皇孫年幼，長子貴由，又西征未歸，你看現(xiàn)在如何是好？”楚材道：“先帝既有意向，就應立即讓皇太孫即汗位?！蹦笋R真皇后聽后心中不悅，沉默不語，正在這時，乃馬真心腹奧都剌合蠻進言道：“皇孫年幼，長子未歸，何不請皇后稱制？”楚材忙道：“這事還要慎重考慮?！蹦笋R真皇后笑道：“暫時稱制，諒也無妨?！背挠龠M言，但見奧都剌合蠻對其怒目而視，也就不再言語。

乃馬真皇后稱制，實際上是一個緩兵之計，耶律楚材因不滿乃馬真皇后之舉，遂稱病不朝。在此期間，東道諸王之一的鐵木哥斡赤斤也領兵趕到和林，欲奪汗位，但此時貴由已到達葉密立（今新疆額敏縣）并直赴和林，使斡赤斤未能得逞。乃馬真皇后稱制后，為了給兒子創(chuàng)造繼承汗位的條件，不僅大肆賞賜諸王、大臣，還賜予他們各項特權，以此來獲取他們的擁護。與此同時，乃馬真皇后還加緊清洗窩闊臺時期的重臣，并換上一批雖然不學無術，但卻無比忠誠于自己的親信。而脫列哥那的貼身女仆法提瑪、佞臣奧都剌合蠻則得到重用。法提瑪本是波斯徒思人，是西域的女俘，被俘虜?shù)焦莺土趾蠼?jīng)常接近乃馬真后的斡耳朵（蒙古包即宮殿）。因此當乃馬真后稱制后她也權傾朝野，包括封疆大臣所辦的軍國大事都要通過法提瑪做中介，她曾與乃馬真皇后合謀逮捕中書右丞相鎮(zhèn)海和燕京行臺斷事官牙老瓦赤，造成老瓦赤等重臣人紛紛逃亡，大商人奧都剌合蠻卻被派往中原，接替牙老瓦赤的職務。因屢彈劾皇后寵信之奧都剌合蠻，耶律楚才漸被排擠。（1244年）五月十四日（6月20日），耶律楚材悲憤而死，享年五十五歲。耶律楚材死后，乃馬真后遵照其遺愿，將他的遺體運回燕京故里，安葬在耶律楚材生前非常眷戀的玉泉山下的甕山泊（今昆明湖）之濱，與先于他去世的夫人合葬。

正由于以上種種措施，在乃馬真皇后（脫列哥那）執(zhí)政的5年時間里，蒙古帝國的局勢真可以用“糟糕透頂”四個字來形容。對諸王濫行賞賜、賜予特權的舉動，不僅造成帝國上下號令不一、各自為政的亂象，而且使得國庫支出浩大，很快便陷入入不敷出的局面。

此時，蒙古境內(nèi)又遭遇多年難見大旱災，以至于出現(xiàn)“河水盡涸，野草自焚，牛馬十死八九”的慘景。然而面對災情，乃馬真皇后非但沒有進行賑災，反而授意奧都剌合蠻肆意搜刮民間財產(chǎn)，意在解決財政危機。乃馬真皇后的舉動令國內(nèi)怨聲四起，反抗運動此起彼伏，讓蒙古朝廷疲于應命。毫不夸張地講，若乃馬真皇后再多執(zhí)政幾年，蒙古帝國必然會走向崩亡。

按照成吉思汗生前規(guī)定，大汗的繼承人必須經(jīng)過忽里勒臺，也就是蒙古諸王大會，多用于推舉大汗、決定征戰(zhàn)等大事。自認為時機成熟的乃馬真皇后，決定于1246年8月26日舉行大會，要求諸王擁戴貴由為大汗。在諸王當中，術赤系諸王首領拔都威望最高，但因為他跟貴由關系不和，便以患病為由婉拒出席。而其他諸王則因屢受乃馬真皇后的籠絡，自然樂意推舉貴由為大汗。就這樣，在淳祐六年(1246年)8月，貴由被推舉為大汗。