現(xiàn)代醫(yī)學(xué)源于斯賓塞等的實證主義，將哲學(xué)的任務(wù)歸結(jié)為現(xiàn)象研究，以現(xiàn)象論觀點為出發(fā)點，拒絕通過理性把握感覺材料，認為通過對現(xiàn)象的歸納就可以得到科學(xué)定律。

古代中西醫(yī)都是源于經(jīng)驗主義和古老的宗教下的巫術(shù)，說白了就是在對世界完全未知的情況下，用一套自以為能解釋的理論去解釋萬物，比方說四元素理論，五行八卦，各種神魔等。

傳統(tǒng)中西醫(yī)都是在不斷嘗試后將嘗試結(jié)果納入自己建立的體系的一種表現(xiàn)。人類有解釋一切的傾向，從小就喜歡為什么？對于解釋不了的東西就會創(chuàng)建一個虛擬的東西去解釋，比方古代用龍等解釋雨，用五行解釋人體，現(xiàn)代用外星人解釋生命起源和UFO，用神解釋起源。某種程度上這些都是哲學(xué)。

科學(xué)源于哲學(xué)但并不同于哲學(xué)，區(qū)別是哲學(xué)不可證偽，科學(xué)可證偽?？茖W(xué)要求任何理論在任何人同樣條件下可重復(fù)驗證，所謂大樣本雙盲對照實驗就是繼續(xù)可證偽的原因，在不清楚藥理的條件下，通過大數(shù)據(jù)對照去驗證藥理是否存在。傳統(tǒng)中西醫(yī)和宗教一樣都不可證偽，因為對想象出來含糊的說法，不管怎樣都能解釋，這和算命的沒有本質(zhì)區(qū)別，科學(xué)需要有的清晰的概念描述在哲學(xué)中是不存在的。

隨著對萬物理解的，一旦科學(xué)進入解釋了原來哲學(xué)解釋的領(lǐng)域，哲學(xué)就從中退出。不管是對下雨等自然界的解釋還是后來對宇宙的解釋，同樣是下雨，土著人還會相信神產(chǎn)生了雨，而對于我們則是覺得可笑。兩者交集就是那些不完全了解的領(lǐng)域中，比方說醫(yī)學(xué)。傳統(tǒng)中西醫(yī)通過經(jīng)驗主義是能總結(jié)出一些正確的結(jié)果的，不管是中醫(yī)，藏醫(yī)，還是西醫(yī)都有，但是其背后的解釋卻是錯的，而且始終認為其理論體系是從一開始就是絕對正確，就好像排他的堅持只有自己神存在的那些人，這就叫原教旨主義。

試圖去說服這些人相信科學(xué)和傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)對立是不可能的，因為目前對人體的不能深入了解，其實某種意義上大家都是通過自己臆想在對人體做出解釋，只是現(xiàn)代醫(yī)學(xué)有實證要求基礎(chǔ)比較扎實，但是大樣本雙盲對照本身就是源于對真正機理的不了解的基礎(chǔ)上，試圖用外部黑盒測試方法在不了解的情況下去實際使用和歸納結(jié)論。

恰恰相信中醫(yī)的人由于有經(jīng)驗藥方的可用性和民族主義情緒的影響拒絕認為現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的正確，因為確實現(xiàn)代醫(yī)學(xué)本身由于技術(shù)原因就不能徹底解釋所有人體現(xiàn)象。只有徹底了解人體才可能讓傳統(tǒng)中醫(yī)徹底消失，就好像現(xiàn)在沒有人相信下雨是有神明灑水一樣。