今天介紹蛋白互作網(wǎng)絡分析Cytoscape-String APP，給文章增加亮點。

A 可展示更大的網(wǎng)絡系統(tǒng)；

B 數(shù)據(jù)導入分析，可視化更靈活；

C 可與Cytoscape軟件中的其他功能插件結合使用，同一數(shù)據(jù)多層次分析；

D 可集成String數(shù)據(jù)庫創(chuàng)建一個工作流；

E 免費使用；

1.安裝string APP：打開Cytoscape，安裝該插件。

2. 導入互作網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫：選擇菜單欄中的File--Import--Network--Public database。

3. 屬性選擇：彈出的屬性選擇框中，Data Source = String:protein query，輸入要分析的蛋白/基因名。根據(jù)需要選擇Confidence Score,代表蛋白間相互作用強弱的值，Cut-off值設定默認0.4（medium）。這樣就會得到一個初步的蛋白網(wǎng)絡互作圖。

4. 個性化調(diào)整：string style工具欄進行個性化調(diào)整。

5. 內(nèi)容更改：對網(wǎng)絡圖的內(nèi)容進行更改，點擊菜單欄Apps--String下修改。

6. 通路富集分析：值得推薦的是KEGG通路富集功能，在菜單欄Apps下還有一個被自動安裝的STRING Enrichment插件，該插件的功能主要是對互作網(wǎng)絡圖中蛋白進行通路富集分析。設定FDR value cutoff值后（默認為0.05），即可得到目標蛋白/基因的KEGG富集分析結果。

接著，我們可以選中自己感興趣的一條通路，網(wǎng)絡圖中顯示黃色的點就是該通路的蛋白。然后就可以對這條通路下的蛋白顯示風格進行個性化調(diào)整，如形狀、顏色、大小等。