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隨著腸道菌群宏基因組研究的興起，研究者通過提取腸道全部微生物基因組DNA，構建宏基因組文庫，對菌群多樣性和功能活性、種群結構、協(xié)作關系、與腸道間關系、進化關系進行研究，可以進一步揭示人體與腸道菌群的相互關系、作用規(guī)律和與疾病的關系。宏基因組研究囊括了所有細菌、真菌的全部基因組DNA，通過克隆、測序、異源表達，篩選目的基因及其產物。 其中很重要的一步就是糞便DNA提取，一般試劑盒都是采用離心柱法進行基因組DNA提取。那么，如何選擇離心柱法糞便DNA提取試劑盒？ 一、較高的DNA提取得率。離心柱法糞便DNA提取得率的高低主要取決于三個因素：離心柱對核酸的吸附能力、洗脫液的洗脫能力、裂解液的裂解消化能力。吸附性能好、裂解消化能力強、洗脫能力好，DNA提取得率就高；反之，DNA提取得率就低。一般采用紫外分光光度法進行DNA提取得率的測定，但結果只能作為得率的參考標準，最好還是要進行PCR或熒光定量檢測。 糞便樣本量與DNA提取得率成正比，提高DNA得率可通過增加樣本量來實現(xiàn)。一般取180-220mg糞便樣本（最好不超過220mg，可以根據(jù)不同試劑盒說明操作）進行DNA提取，如結果不理想可考慮增加樣本量。如果增加樣本量還不能獲得理想結果，應及時考慮更換試劑盒。 目前國內常用的糞便DNA提取試劑有國外品牌Q，國產品牌Biog和T等。我們實驗室的經驗是，Q公司試劑盒糞便DNA提取得率，一般180-220mg糞便樣本在10-50ug，樣本個體差異以及保存條件不同使得率有所不同。Biog與Q的DNA提取得率相近，200mg糞便樣本在5-50ug之間；T公司DNA得率稍低，180-220mg糞便樣本在5-30ug，但基本都能滿足下游PCR實驗的要求。 二、DNA提取純度高。一般主要通過OD260/OD280比值來估計核酸純度，該比值的正常范圍應在1.6--1.8之間。如果該比值小于1.6，通常說明有蛋白質或酚、多糖等的污染；如果該比值大于1.9，則表明有RNA污染。 不同品牌的糞便DNA試劑盒提取的DNA純度略有差別，國產試劑盒Biog和T的DNA提取純度差不多，都可直接應用于基因檢測、PCR、qPCR、分子雜交、基因測序等。Q的純度略高，一般在1.7-1.9，除了以上應用，還可用于對純度要求略高的實驗等。 三、客戶實驗需求以及產品價格?？蛻暨x購產品一般可以結合各自實驗室的經費情況以及實驗需求。對于絕大多數(shù)實驗如PCR、qPCR、基因檢測、分子雜交等，Biog、T等國產試劑盒都能滿足質量要求，而且價格相對國外品牌便宜（國產試劑盒的價格一般只有國外品牌價格的30%），性價比高。對于經費有限的課題研究或樣本量較大的臨床檢測項目，建議選用國產試劑盒。對提取DNA的純度要求相對較高的研究如文庫構建等，可考慮Q等國外知名品牌。 綜上，在DNA提取得率上，國內試劑盒與國外品牌差別不大；在DNA提取純度上，與國外知名品牌相比，國產試劑盒略有不足，但不影響下游PCR擴增以及分子雜交類實驗；在價格方面，國產試劑盒具有比較明顯的優(yōu)勢。如果經費有限或下游做PCR、qPCR、分子雜交、測序等實驗，可考慮性價比較高的Biog、T等國產品牌；如果經費充足，DNA純度要求較高，則可考慮Q等國外知名品牌。
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