一，常平站（Changping Railway Station）位于中國廣東省東莞市，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的客貨二等站，是常平鐵路樞紐的重要組成部分，也是廣九鐵路、廣深鐵路和廣梅汕鐵路的樞紐站之一。清宣統(tǒng)三年（1911年），常平站建成使用；于1997年12月31日更名為東莞站；[1]于2013年6月20日復(fù)名常平站。

二，東莞站（Dongguan Railway Station）位于中國廣東省東莞市，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的客運(yùn)二等站，是廣九鐵路和廣深鐵路的中間站之一。清宣統(tǒng)三年（1911年），廣九鐵路的常平站建成通車；1997年12月31日，常平站改名為東莞站；2013年，原東莞站更名為常平站；2014年1月8日，遷址新建的東莞站正式投入使用。

三，東莞東站（Dongguandong Railway Station）位于中國廣東省東莞市常平鎮(zhèn)，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的客貨二等站，東莞東站始建于1990年；于1991建成運(yùn)營，初稱常平東站；1997年更名為東莞東站；2012年至2014年進(jìn)行擴(kuò)建改造；2015年1月8日，新站房投入使用

四，虎門站（Humen Railway Station）位于中國廣東省東莞市，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的車站，虎門站始建于2009年；2010年，虎門站主體工程完工；2011年12月26日，虎門站投入運(yùn)營

五，樟木頭站位于中國廣東省東莞市樟木頭鎮(zhèn)，為廣深鐵路及京九鐵路的客貨運(yùn)三等站。由廣州鐵路集團(tuán)廣深鐵路股份有限公司管轄，來往廣州和深圳的廣深城際列車“和諧號(hào)”動(dòng)車組的大部分班次均會(huì)?？空聊绢^站，現(xiàn)時(shí)日均辦理旅客列車約70列，但樟木頭站沒有任何始發(fā)車次。2008年10月18日，開始對站前廣場進(jìn)行大改造，2009年1月1日，新廣場正式投入使用

六，石龍站（Shilong Railway Station）位于中國廣東省東莞市，隸屬于中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司，為貨運(yùn)三等站。2014年1月8日停辦客運(yùn)業(yè)務(wù)，保留貨運(yùn)功能。

七，長安站（Chang'an Railway Station），規(guī)劃時(shí)稱長安金沙站，位于中國廣東省東莞市長安鎮(zhèn)，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司（廣州鐵路局）管轄的鐵路車站，途經(jīng)該車站的是穗深城際鐵路。2019年12月15日，長安站正式開通運(yùn)營。

八，長安西站（Chang'anxi Railway Station），規(guī)劃時(shí)稱長安廈邊站[1]，位于中國廣東省東莞市長安鎮(zhèn)，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司（廣州鐵路局）管轄的鐵路車站，途經(jīng)該車站的是穗深城際鐵路。2019年12月15日，長安西站正式開通運(yùn)營。

九，常平東站（Changpingdong Railway Station）位于中國廣東省東莞市常平鎮(zhèn)東部，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的城際客運(yùn)站，新常平東站于2009年開工建設(shè)，2016年3月30日投入運(yùn)營

十，常平南站（Changpingnan Railway Station）位于中國廣東省東莞市，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的三等站，是廣惠城際鐵路的中間站之一；2017年12月28日，常平南站投入運(yùn)營

十一，大朗鎮(zhèn)站位于中國廣東省東莞市大朗鎮(zhèn)東北部，是隸屬中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的客運(yùn)站，為廣惠城際鐵路的中間站之一2017年12月28日，大朗鎮(zhèn)站投入使用

十二，道滘站位于中國廣東省東莞市，隸屬中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的客運(yùn)四等站，于2017年12月28日投入使用

十三，東城南站位于中國廣東省東莞市，隸屬于中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司，為廣惠城際鐵路的中間站，于2017年12月28日投入使用。

十四，東莞港站（Dongguangang Railway Station），規(guī)劃時(shí)稱沙田站，位于中國廣東省東莞市沙田鎮(zhèn)，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的鐵路車站，途經(jīng)該車站的是穗深城際鐵路。2019年12月15日，東莞港站正式開通運(yùn)營。

十五，東莞西站（Dongguanxi Railway Station）位于中國廣東省東莞市，隸屬于中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司，為廣惠城際鐵路和穗深城際鐵路的客運(yùn)樞紐站，2019年12月15日，穗深城際鐵路開通運(yùn)營，東莞西站開通客運(yùn)服務(wù)

十六，橫瀝站，位于廣東省東莞市，是廣州鐵路（集團(tuán)）公司廣深鐵路股份有限公司管轄的四等站，建于1911年。2001年，當(dāng)廣深線上最后一列慢車停運(yùn)，這四站長達(dá)九十年的客運(yùn)史也隨即宣告終結(jié)。截止2019年，這四站仍作為四等站，僅有限度地維持行李、包裹托運(yùn)等服務(wù)

十七，洪梅站位于中國廣東省東莞市，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的客運(yùn)站，是穗深城際鐵路的中間站于2019年12月15日建成使用。

十八，厚街站（Houjie Railway Station），位于中國廣東省東莞市厚街鎮(zhèn)，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司（廣州鐵路局）管轄的鐵路車站，途經(jīng)該車站的是穗深城際鐵路。

2019年12月15日，厚街站正式開通運(yùn)營。

十九，虎門北站（Humenbei Railway Station；規(guī)劃建設(shè)時(shí)稱白沙站，位于中國廣東省東莞市虎門鎮(zhèn)，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司（廣州鐵路局）管轄的鐵路車站，途經(jīng)該車站的是穗深城際鐵路。

2019年12月15日，虎門北站正式開通運(yùn)營。

二十，虎門東站（Humendong Railway Station），位于中國廣東省東莞市虎門鎮(zhèn)，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司（廣州鐵路局）管轄的鐵路車站，途經(jīng)該車站的是穗深城際鐵路。

2019年12月15日，虎門東站正式開通運(yùn)營。

二十一，寮步站（Liaobu Railway Station）位于中國廣東省東莞市，是隸屬中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的客運(yùn)站，為廣惠城際鐵路的中間站之一于2017年12月28日建成使用。

二十二，松山湖北站（Songshanhubei Railway Station）位于中國廣東省東莞市松山湖高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)東北部，是隸屬中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的客運(yùn)站，為廣惠城際鐵路的中間站之一，松山湖北站始建于2009年，時(shí)稱松山湖站；2015年，在建的松山湖站改名為松山湖北站；2017年12月28日，松山湖北站投入使用。

二十三，塘頭廈火車站位于中國廣東省東莞市塘廈鎮(zhèn)東深公路塘廈大道南西側(cè)，是廣深鐵路及京九鐵路的四等站，由廣州鐵路集團(tuán)廣深鐵路股份有限公司管轄。于2006年暫停使用

二十四，望牛墩站（Wangniudun Railway Station），位于中國廣東省東莞市望牛墩鎮(zhèn)，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司（廣州鐵路局）管轄的車站，途經(jīng)該車站的是穗深城際鐵路。

2019年12月15日，望牛墩站正式開通運(yùn)營。

二十五，西平西站（Xipingxi Railway Station）位于中國廣東省東莞市，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的客運(yùn)三等站，是廣惠城際鐵路的中間站之一，西平西站始建于2010年，時(shí)稱新城中心站；2015年，新城中心站改名西平西站；2017年12月28日，西平西站投入運(yùn)營。

二十六，銀瓶站位于中國廣東省東莞市謝崗鎮(zhèn)東部片區(qū)，隸屬于中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司，為廣惠城際鐵路的客運(yùn)站，也是東莞市境內(nèi)的城郊站點(diǎn)之一，銀瓶站于2009年動(dòng)工建設(shè)，時(shí)稱謝崗站；于2015年改名銀瓶站；于2016年3月30日竣工運(yùn)營。

二十七，樟木頭東站（Zhangmutoudong Railway Station）位于中國廣東省東莞市，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的客運(yùn)四等站，是廣惠城際鐵路的中間站之一。2011年7月10日，樟木頭東站開工建設(shè)；2016年3月30日，樟木頭東站投入運(yùn)營。

二十八，中堂站（Zhongtang Railway Station），位于中國廣東省東莞市中堂鎮(zhèn)，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司（廣州鐵路局）管轄的車站，是該線路自廣州進(jìn)入東莞的第一站，為新建的高架車站，2019年12月15日，中堂站正式開通運(yùn)營