1. 基因轉(zhuǎn)錄本亞型

        蛋白質(zhì)亞型或“蛋白質(zhì)變體“是一組高度相似的蛋白質(zhì)成員，這些成員來源于單個(gè)基因或基因家族，是遺傳差異造成的結(jié)果。雖然許多具有相同或相似的生物學(xué)作用，但一些亞型具有獨(dú)特的功能。這些高度相似的蛋白質(zhì)亞型可以由可變剪切（圖1）、可變啟動(dòng)子或單基因的其他轉(zhuǎn)錄后修飾形成，通常不考慮翻譯后修飾。通過RNA剪切機(jī)制，mRNA具有從基因中選擇不同蛋白質(zhì)編碼區(qū)（外顯子）的能力，甚至是從RNA中選擇外顯子的不同部分以形成不同的mRNA序列，每個(gè)獨(dú)特的mRNA序列產(chǎn)生獨(dú)特的蛋白質(zhì)。

圖1 可變剪切產(chǎn)生不同的轉(zhuǎn)錄本和蛋白質(zhì)

        1.1 可變剪切

　　可變剪切依據(jù)外顯子之間連接位置的不同，又可以具體細(xì)分為如下（圖2）幾種剪切方式：

• • 組成型拼接
  • 外顯子跳躍拼接
  • 內(nèi)含子保留拼接
  • 相互排斥的外顯子拼接
  • 替代5’端剪切
  • 替代3'端剪切

圖2 不同的RNA剪切機(jī)制

        2. 基因所有亞型外顯子區(qū)域獲取

　　　　樓主想研究一個(gè)基因所有外顯子區(qū)域，而不是單獨(dú)一個(gè)轉(zhuǎn)錄本的外顯子區(qū)域，因此需要獲取該基因的所有轉(zhuǎn)錄本信息，這里備選三個(gè)數(shù)據(jù)庫（NCBI、Ensembl和UCSC）供使用，以BRCA1為例。

　　2.1 使用NCBI數(shù)據(jù)庫獲取BRCA1基因的所有外顯子區(qū)域

　　　　2.1.1 選擇“Gene”數(shù)據(jù)庫，輸入基因名（例如，“BRCA1”），點(diǎn)“Search”按鈕搜索

　　　　2.1.2 根據(jù)物種（例如，“human”），點(diǎn)擊相應(yīng)基因鏈接

　　　　2.1.3 查看轉(zhuǎn)錄本個(gè)數(shù)，點(diǎn)擊“GenBank”進(jìn)入詳情

　　　　2.1.4 點(diǎn)擊“Send to”，按下圖所示選擇相應(yīng)的項(xiàng)，點(diǎn)擊“Create File”創(chuàng)建“gff3”格式文件

　　
　　如圖所示，得到BRCA1基因區(qū)域所有“feature”的物理位置，包括外顯子。

　　2.2 使用Ensembl數(shù)據(jù)庫獲取BRCA1基因的所有外顯子區(qū)域

　　　　2.2.1 物種選擇“Human”數(shù)據(jù)庫，輸入基因名（例如，“BRCA1”），點(diǎn)“Go”按鈕搜索

　　　　2.2.2 選擇“BRCA1”鏈接，查看詳細(xì)

 　　　　2.2.3 如圖所示，“BRCA1”共有33個(gè)轉(zhuǎn)錄本，點(diǎn)擊“Export data”按鈕，配置相關(guān)參數(shù)導(dǎo)出數(shù)據(jù)

 　　　　2.2.4 選擇輸出格式為“gff3”，輸出內(nèi)容只選擇“exon”，然后點(diǎn)擊“next”，如下圖所示

　　2.3 使用UCSC數(shù)據(jù)庫獲取BRCA1基因的所有外顯子區(qū)域

　　使用UCSC數(shù)據(jù)庫，需要安裝MySQL客戶端鏈接UCSC數(shù)據(jù)庫（不建議使用）

　　　　2.3.1 鏈接UCSC數(shù)據(jù)庫

 　　2.3.2 查詢基因“BRCA1”，共有6個(gè)記錄

         3. 小結(jié)

        NCBI、Ensembl和UCSC均可以對(duì)基因的轉(zhuǎn)錄本的所有外顯子進(jìn)行查詢，推薦使用Ensembl數(shù)據(jù)庫，其次NCBI數(shù)據(jù)庫，最后UCSC數(shù)據(jù)庫。

參考資料

NCBI

Ensembl

UCSC