想驗(yàn)證miRNA與靶基因的作用? --雙螢光素酶報(bào)告基因檢測(cè) 文章中經(jīng)??吹?、研究中經(jīng)常用到、平時(shí)經(jīng)常聽到。。。不過很多小伙伴有時(shí)還會(huì)一臉懵,今天我們就來詳細(xì)說說雙螢光素酶報(bào)告基因檢測(cè)實(shí)驗(yàn)。 Dual-Luciferase?雙螢光素酶報(bào)告基因檢測(cè)系統(tǒng):在細(xì)胞中同時(shí)表達(dá)螢火蟲螢光素酶(Firefly?Luciferase簡(jiǎn)稱F-Luc)和海腎螢光素酶(Renilla?Luciferase簡(jiǎn)稱R-Luc),其中F-Luc作為報(bào)告基因反應(yīng)目的基因表達(dá)的改變,R-Luc作為內(nèi)參基因,為實(shí)驗(yàn)提供統(tǒng)一基準(zhǔn)線(減少內(nèi)在變化因素如培養(yǎng)細(xì)胞的數(shù)目,細(xì)胞轉(zhuǎn)染和裂解的效率對(duì)實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)確性的影響)。所構(gòu)成的報(bào)告系統(tǒng)廣泛用于基因調(diào)控、非編碼RNA靶向互作等研究領(lǐng)域。? F-Luc表達(dá)框的上游啟動(dòng)子區(qū)域插入不同功能序列,通過轉(zhuǎn)錄起始條件改變?cè)斐善鋱?bào)告螢光的變化。F-Luc的3’UTR區(qū)域替換成靶基因的3’UTR,過表達(dá)microRNA(降解mRNA或者翻譯抑制),可以反映是否存在靶向互作。 2.1 miRNA靶基因驗(yàn)證 實(shí)驗(yàn)原理 miRNA主要通過作用于靶基因的3’UTR起作用(降解或抑制翻譯),將目的基因3’UTR(野生型和結(jié)合位點(diǎn)突變型)序列構(gòu)建至載體中報(bào)告基因F-Luc的3’端,通過比較過表達(dá)miRNA后,報(bào)告基因表達(dá)的改變(螢光素酶的活性下降還是不變),來確定miRNA與靶基因3’UTR的作用位點(diǎn)。 案列介紹 題目: Tumor-derived exosomal miR-1247-3p induces cancer-associated fibroblast activation to foster lung metastasis of liver cancer 期刊: Nature Communications 小結(jié):驗(yàn)證B4GALT3(β-1,4-半乳糖基轉(zhuǎn)移酶III)基因具有miR-1247-3p的靶向結(jié)合位點(diǎn)。將B4GALT3預(yù)測(cè)結(jié)合位點(diǎn)的序列克隆到報(bào)告基因載體,同時(shí)構(gòu)建靶位點(diǎn)突變的載體,分別共轉(zhuǎn)miR-1247-3p mimics及NC mimics,結(jié)果顯示轉(zhuǎn)染miR-1247-3p 的WT組相對(duì)熒光值降低,MUT組不變,提示存在靶向結(jié)合。 Tian Fang et al.,Nature communications,2018 相關(guān)實(shí)驗(yàn):miRNA同lncRNA/circRNA靶向互作 2.2 啟動(dòng)子活性驗(yàn)證 實(shí)驗(yàn)原理 轉(zhuǎn)錄因子主要通過作用于靶基因的啟動(dòng)子起作用,將目的基因啟動(dòng)子區(qū)序列替換報(bào)告基因F-Luc的啟動(dòng)子,通過共表達(dá)轉(zhuǎn)錄因子后,報(bào)告基因表達(dá)的改變,來確定轉(zhuǎn)錄因子與靶基因啟動(dòng)子結(jié)合位點(diǎn)及對(duì)靶基因的作用。 案列介紹 題目:Invasion of white matter tracts by glioma stem cells is regulated by a NOTCH1-SOX2 positive-feedback loop 期刊:Nature Neuroscience 小結(jié):驗(yàn)證Sox9在Sox2啟動(dòng)子區(qū)有多個(gè)結(jié)合位點(diǎn),構(gòu)建不同的啟動(dòng)子片段到報(bào)告基因載體中,共表達(dá)Sox9,顯示插入片段的縮短和推測(cè)結(jié)合位點(diǎn)的減少,熒光素酶活性也隨之下調(diào)。 Jun Wang et al.,Nature neuroscience,2018 根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康脑O(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)方案—預(yù)測(cè)結(jié)合位點(diǎn)--構(gòu)建野生/突變報(bào)告基因載體系統(tǒng)---共轉(zhuǎn)染細(xì)胞---檢測(cè)酶活 常用靶基因結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)網(wǎng)址: http://www./ http://genie./pubs/mir07/mir07_dyn_data.html http://www./ 常用轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)網(wǎng)址: http://jaspardev./ http://www./ http://alggen.lsi. (1)驗(yàn)證miRNA同mRNA靶向互作。將靶mRNA的3’UTR序列插入報(bào)告基因載體,再共轉(zhuǎn)入該miRNA,如果螢光素酶活性下降,則提示為其靶序列。? (2)?驗(yàn)證miRNA同circRNA靶向互作。將circRNA序列插入報(bào)告基因載體中F-Luc的3’UTR區(qū)域,檢測(cè)螢光素酶活性。? (3)?驗(yàn)證miRNA同lncRNA靶向互作。將lncRNA序列插入報(bào)告基因載體中F-Luc的3’UTR區(qū)域,檢測(cè)螢光素酶活性。 (4)啟動(dòng)子活性分析。將啟動(dòng)子區(qū)域序列進(jìn)行分段截短,再分別構(gòu)建入報(bào)告基因載體,檢測(cè)其啟動(dòng)子活性。 (5)?驗(yàn)證特定轉(zhuǎn)錄因子同啟動(dòng)子的作用。將啟動(dòng)子區(qū)域插入報(bào)告基因載體,同時(shí)在實(shí)驗(yàn)細(xì)胞中共轉(zhuǎn)該轉(zhuǎn)錄因子,分析轉(zhuǎn)錄因子過表達(dá)是否提高螢光素酶活性。? (6)分析信號(hào)通路是否激活。將該信號(hào)通路的下游響應(yīng)原件序列構(gòu)建入報(bào)告基因載體,在不同上游信號(hào)條件下,螢光素酶活性代表了通路的下游響應(yīng)。 雙螢光素酶檢測(cè)作為機(jī)制研究的利器,在研究中應(yīng)用的越來越廣泛,現(xiàn)在和元上海隆重推出雙螢光素酶促銷活動(dòng),并提供一站式服務(wù),助力基礎(chǔ)科學(xué)研究! 本內(nèi)容版權(quán)歸和元上海所有 |
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