ImageJ（https://imagej./ij/）是免費開源的圖像處理軟件，在生物、醫(yī)學領(lǐng)域中廣泛使用。本次使用的ImageJ版本是Fiji（Fijiis just ImageJ首字母縮寫），預裝了諸多生物醫(yī)學分析的常用插件，其下載鏈接為：https:///Fiji/Downloads。大家可以根據(jù)電腦操作系統(tǒng)（如Windows、mac OS、Linux）選擇下載版本。

準備兩個文件夾，例如Input（存放待處理原始圖片）和Output（保存已處理圖片）。

1. 打開Fiji軟件，Process -> Batch -> Macro進入批處理設(shè)置Batch Process窗口。

   

2. Input：選擇原始圖片存放位置；

3. Output：選擇存放處理后圖片的文件夾；

4. Outputformat：選擇處理后圖片的保存格式，可以選擇TIFF、JPEG、PNG、BMP等。

   

5. Add macro code：選擇需要執(zhí)行的操作?？梢暂斎氚喾N操作的macro，即對成百上千張圖片進行同樣的處理。
6. File name contains：篩選需要處理的圖片，例如需要處理的圖片的文件名中包含CON。。。（可自己設(shè)置）；如果不填寫，則處理所有圖片。
7. Test：測試代碼是否報錯，值得注意的是此處只測試文件中的第一張圖片。
8. Process：執(zhí)行批量處理。

科研論文圖片中免疫熒光與免疫組化等圖片的基本要求是必須有標尺（Scale bar），用以顯示物體的實際大小。下圖【1】Iba1染色的小膠質(zhì)細胞右下角標尺為25μm：

接下來給大家回顧ImageJ添加標尺的常規(guī)方法與省時高效的批量添加標尺的方法！

ImageJ添加標尺的基本步驟：

1、打開一張有標尺的圖片，使用MagnifyingGlass（放大鏡）工具放大標尺，使用直線工具Shift沿著標尺畫一條直線：

直線的距離為77.3333pixels，已知距離是25μm，Unit of length為μm，Global對所有后續(xù)打開圖片有效，否則只對當前圖片有效，Scale為3.0933 pixels/μm，點擊OK可見圖片右上角顯示圖片的長寬單位為μm：

依次設(shè)置標尺大小、外觀、字體、顏色、位置等。點擊OK就能方便的添加標尺了，如上圖添加了一個紅色的25μm的標尺。

1、本次使用軟件為Fiji（ImageJ的版本之一）?，F(xiàn)有一系列無標尺的同尺寸圖片，打開相同條件下獲得的有標尺的圖片，根據(jù)基本方法校正標尺，得到該標尺為4.65 pixels/μm：

2、Plugins -> Macros -> Record…錄制宏，Analyze -> Tools-> Scale Bar添加標尺，點擊Create創(chuàng)建宏：

3、將一系列無標尺的圖片放至無標尺文件夾，新建一個空的命名為有標尺的文件夾。Process -> Batch -> Macro進入Batch Process窗口。選擇輸入文件夾為無標尺文件夾，選擇輸出文件夾為有標尺文件夾。輸出圖片格式為TIFF，將錄制好的宏復制粘貼至下方文本框中，點擊Process進行批量添加操作：

打開有標尺文件夾，可見每張圖片均已添加了一個50μm的標尺：

宏廣泛應(yīng)用于快速、批量的圖片處理。例如在Pubmed搜索(imagej) AND (macro)可得到152篇檢索結(jié)果：