在研究組織或者腸道微生物時(shí)，常常需要去除宿主的DNA序列，以防止宿主的序列干擾研究。去宿主序列的主要研究方法是通過(guò)將質(zhì)控后的序列與宿主基因組進(jìn)行比對(duì)，將比對(duì)上的序列進(jìn)行去除。比對(duì)軟件通常有bowtie、bwa、SOAPaligner等短序列比對(duì)工具，去宿主比對(duì)的話通常選擇bowtie2。

構(gòu)建索引

用bowtie2-build來(lái)構(gòu)建新的index

運(yùn)行結(jié)束后，生成6個(gè)文件

比對(duì)

bowtie2命令

bowtie2 [options] -x <bt2-idx> { -1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <hit>]
<文件>：
-x <bt2-idx>
參考基因組（reference genome）通過(guò)bowtie2-build指令構(gòu)建的Index文件
-1 <m1>
雙末端測(cè)序中第一個(gè)fastq文件，可以寫多個(gè)文庫(kù)但是必須用逗號(hào)隔開，但文件m1與文件m2必須一一對(duì)應(yīng)，測(cè)序文件中的Reads的長(zhǎng)度可以不同。
-2 <m2>
雙末端測(cè)序?qū)?yīng)的第二個(gè)fastq文件，與文件m1對(duì)應(yīng)
-U <r>
與前面的文件1，文件2為或的關(guān)系，此處的文件是非雙末端比對(duì)文件。例如lane1.fq,lane2.fq,lane3.fq,lane4.fq。可以是多個(gè)文件，但是必須用逗號(hào)隔開。
-S <hit>
指定輸出文件，后綴是sam的格式的文件，默認(rèn)標(biāo)準(zhǔn)輸出
[options]：
-q
Reads（用<m1>，<m2>，<s>指定）是FASTQ格式的文件，默認(rèn)即FASTQ。
--qseq
Reads（用<m1>，<m2>，<s>指定）是QSEQ格式的文件。
-f
Reads（用<m1>，<m2>，<s>指定）是FASTA文件。
-r
Reads（用<m1>，<m2>，<s>指定），每行代表一個(gè)輸入序列，沒(méi)有任何其他信息（無(wú)read名稱，無(wú)qualities）。
-c
后面直接是比對(duì)的reads序列（而不是文件），即reads序列在命令行上給出。
-s/--skip <int>
<int>中是數(shù)字，input的reads跳過(guò)前<int>個(gè)reads或read pairs
-u/--qupto <int>
比對(duì)前<int>個(gè)reads或read pairs，然后停止。
-5/--trim5 <int>
剪掉5'（左）端<int>長(zhǎng)度的堿基，再用于比對(duì)（默認(rèn)值0）
-3/--trim3 <int>
剪掉3'（右）端<int>長(zhǎng)度的堿基，再用于比對(duì)（默認(rèn)值0）
--phred33
輸入的序列質(zhì)量數(shù)據(jù)為Phred33體系（默認(rèn)為phred33）
--phred64
輸入的序列質(zhì)量數(shù)據(jù)為Phred64體系
-p
程序運(yùn)行所用核數(shù)

比對(duì)去宿主

輸出結(jié)果中sample.filter.1.fq.gz和sample.filter.2.fq.gz即為去除宿主之后的reads，可以進(jìn)入下一步的分析。