【原】這次R的更新需要注意了

微生信生物 2021-01-16

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寫在前面

最近數(shù)據(jù)分析有些問題，準(zhǔn)備往生態(tài)領(lǐng)域做一些系統(tǒng)發(fā)育工作，多線程是這些工作良好的助手，性能優(yōu)良的服務(wù)器也是必要的。在休息時(shí)間發(fā)現(xiàn)了R的新版本，簡單讀了一些，確實(shí)會(huì)影響之前的代碼。

R 3.6.2已發(fā)布，并且R 4.0.0的預(yù)覽版 R 3.6.2是R語言的最新更新，現(xiàn)在可以在Windows，Mac和Linux上下載。

作為次要發(fā)行版，R 3.6.2僅對R進(jìn)行了很小的改進(jìn)，包括一些新的點(diǎn)圖選項(xiàng)，以及在使用運(yùn)行中位數(shù)作為圖表上的平滑值時(shí)更好地處理缺失值。它還包括一些錯(cuò)誤修復(fù)和性能改進(jìn)。

但是R版本4.0.0即將發(fā)生重大變化，該版本預(yù)計(jì)在在2020年2月29日，在R語言20歲生日后不久發(fā)布。（2020年CelebRation會(huì)議將在哥本哈根舉行）R Core團(tuán)隊(duì)擁有宣布了一些更改的重點(diǎn)信息，其中包括：

增強(qiáng)的參考計(jì)數(shù)系統(tǒng)。在R中刪除對象時(shí)，它通常會(huì)將關(guān)聯(lián)的內(nèi)存釋放回操作系統(tǒng)。同樣，當(dāng)我們將x賦值給y。則R不會(huì)為其分配新的內(nèi)存除非咋后續(xù)操作中對x進(jìn)行了修改。但目前的R版本中引用超過2次，這一機(jī)制就不會(huì)工作了。從R 4.0.0開始，會(huì)考慮所有的引用，也就是無限賦值，這將會(huì)減少R語言內(nèi)存占用，更加減少內(nèi)存。并影響您編寫R代碼的方式，但是此更改會(huì)使R運(yùn)行更快，這一更新是的R在內(nèi)存小，運(yùn)行緩慢的系統(tǒng)上也可以流暢運(yùn)行。

矩陣和數(shù)組類型的規(guī)范化。從概念上講，矩陣只是二維數(shù)組。但是當(dāng)前的R版本在某些情況下對矩陣和二維數(shù)組對象的處理方式不同。在R 4.0.0中，消除了這種不一致。

更新了圖表的調(diào)色板。當(dāng)前版本的R（R3）的基本圖形調(diào)色板具有飽和度顏色，其亮度變化很大（例如，黃色不如紅色突出顯示）。在R 4.0.0中，將使用下面的調(diào)色板R4，具有易于區(qū)分的一致亮度的顏色，特別是對于色彩障礙的使用者。還有一些其他調(diào)色板更加適合ggplot調(diào)色方案的定訂制。

新的調(diào)色板：

閱讀了全部的更新，我挑選一下香瓜的展現(xiàn)出來

str(x)獲取deparse.lines具有默認(rèn)選項(xiàng)的新選項(xiàng)；x在較大的速度提高。
data.matrix() 現(xiàn)在將字符列轉(zhuǎn)換為因子，然后將其轉(zhuǎn)換為整數(shù)。
file.path() 對會(huì)話編碼中沒有的文件路徑提供了一些支持，例如，在非UTF-8語言環(huán)境中使用UTF-8輸入時(shí)，輸出被標(biāo)記為UTF-8。
list2DF()從變量列表創(chuàng)建數(shù)據(jù)框的新功能。
t.test（）和wilcox.test（）的公式接口已擴(kuò)展為可以處理一個(gè)樣本和成對的測試。這可能會(huì)讓我編寫成對測試的腳本沒什么用了，哈哈哈
修改了head(x, n) and tail()函數(shù)
wilcox.test（）增強(qiáng)功能：在（非配對）兩樣本情況下，為了魯棒性一致性，將Inf值視為無限大。添加新參數(shù)：tol.root和digits.rank。
現(xiàn)在，print（）的默認(rèn)方法和許多其他方法（通過最終調(diào)用默認(rèn)方法并傳遞...）使用了新的可選width參數(shù)，從而避免了用戶設(shè)置和重置options（“ width”）的麻煩。
win下 md5sum（）支持UTF-8文件名
round() 優(yōu)化了對負(fù)數(shù)的四舍五入運(yùn)算。
t.test（）現(xiàn)在還返回標(biāo)準(zhǔn)錯(cuò)誤
現(xiàn)在，使用library（）和require（）可以在附加軟件包時(shí)對處理搜索路徑?jīng)_突進(jìn)行更多控制。該策略由新的flicts.policy選項(xiàng)控制。
kruskal.test（）和fligner.test（）不再錯(cuò)誤地堅(jiān)持使用數(shù)字g組參數(shù)
match（x，tab）現(xiàn)在適用于長字符向量x
glm（）和glm.fit獲得與lm（）永遠(yuǎn)相同的singular.ok = TRUE參數(shù)。因此，在glm（*，method = <your_own>）中，用戶指定的方法也需要接受singular.ok參數(shù)。
當(dāng)結(jié)構(gòu)不是S4對象時(shí)，“結(jié)構(gòu)”類的Ops（）上的S4方法不再導(dǎo)致無限遞歸。
dist（x，method =“ canberra”）現(xiàn)在使用正確的定義；僅當(dāng)x包含不同符號的值時(shí)，結(jié)果才可能不同。不適用于0-1數(shù)據(jù)。
帶有非默認(rèn)分隔符的read.table（）現(xiàn)在支持非空白字符后的引號，與scan（）匹配。
readRDS（textConnection（））可用了。
fisher.test（*，hybrid = TRUE）現(xiàn)在（再次）將在滿足Cochran的條件時(shí)使用hybrid方法