歡迎來到醫(yī)科研,這里是白介素2的讀書筆記,跟我一起聊臨床與科研的故事, 生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)挖掘,R語言,TCGA、GEO、SEER數(shù)據(jù)挖掘。 .1. GEO數(shù)據(jù)庫是什么?GEO數(shù)據(jù)庫是免費(fèi)的公共數(shù)據(jù)庫,數(shù)據(jù)由全球科研工作者提供,包括高通量測序數(shù)據(jù), 芯片數(shù)據(jù),以及其它形式的功能基因組學(xué)數(shù)據(jù),除此以外還提供網(wǎng)頁查詢下載, 分析工具。 2. 為什么要向GEO提交數(shù)據(jù)?大多數(shù)雜志要求高通量向數(shù)據(jù)庫提交,作者文章中需包含序列號(hào),同時(shí)也能增加文章被看到的機(jī)會(huì)。 3. 如何提交數(shù)據(jù)?文章在審稿之前,需要將數(shù)據(jù)存儲(chǔ)至GEO. 一般從提交完成到處理需要5個(gè)工作日的時(shí)間。在文章發(fā)表之前,數(shù)據(jù)可不對(duì)公眾開放,最長的時(shí)間是3年。在數(shù)據(jù)公開前10天,GEO會(huì)有郵件提醒。提交者可以獲得私密鏈接,向雜志和審稿人出示。 4. 何時(shí)獲得GEO accession number?一般提交后5個(gè)工作日,管理員會(huì)審核,審核時(shí)間長短不定。在收到管理員郵件確認(rèn)之前不要引用GEO號(hào)。 5. 文章發(fā)表后數(shù)據(jù)能否不公開?不可用, 當(dāng)文章中使用了GEO序列號(hào), 即便是預(yù)印本發(fā)表,數(shù)據(jù)將會(huì)由管理員公開。 |
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