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      預(yù)測(cè)模型第3篇|你的預(yù)測(cè)模型文章報(bào)告是規(guī)范的嗎?

       醫(yī)科研 2021-01-25

        

      歡迎來(lái)到醫(yī)科研,這里是白介素2的讀書(shū)筆記,跟我一起聊臨床與科研的故事, 生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)挖掘文獻(xiàn)分享,R語(yǔ)言,TCGA數(shù)據(jù)、GEO數(shù)據(jù)庫(kù), SEER數(shù)據(jù)挖掘, 臨床預(yù)測(cè)模型研究。



      預(yù)測(cè)模型的研究報(bào)告規(guī)范我們清楚了嗎?本文是筆者本人學(xué)習(xí)筆記,做一小結(jié),主要內(nèi)容是來(lái)自 Tripod 2015 statement,筆者做了部分解讀。僅供大家參考學(xué)習(xí),原文版權(quán)歸原作者所有。下一篇文章將會(huì)詳細(xì)的介紹 Checklist內(nèi)容,一篇預(yù)測(cè)模型的文章究竟需要哪些內(nèi)容?

      如何報(bào)告臨床預(yù)測(cè)模型文章才是規(guī)范的?后期會(huì)進(jìn)一步詳細(xì)去學(xué)習(xí)。

      摘要

      開(kāi)發(fā)預(yù)測(cè)模型來(lái)幫助醫(yī)療保健提供者評(píng)估存在特定疾病或狀況的可能性或風(fēng)險(xiǎn)(診斷模型)或?qū)?lái)會(huì)發(fā)生特定事件的可能性(風(fēng)險(xiǎn)模型),以告知他們的決策。但是,絕大多數(shù)證據(jù)表明,預(yù)測(cè)模型研究的報(bào)告質(zhì)量很差。只有全面,清晰地報(bào)告有關(guān)預(yù)測(cè)模型各個(gè)方面的信息,才能充分評(píng)估存在偏倚的風(fēng)險(xiǎn)和預(yù)測(cè)模型的潛在應(yīng)用價(jià)值。The Transparent Reporting of a multivariable prediction model for Individual Prognosis Or Diagnosis (TRIPOD) 計(jì)劃提供了預(yù)測(cè)模型相關(guān)論文的報(bào)告規(guī)范建議。本文介紹了TRIPOD聲明是如何開(kāi)發(fā)的。根據(jù)文獻(xiàn)回顧創(chuàng)建了一個(gè)廣泛的項(xiàng)目清單,在基于網(wǎng)絡(luò)的調(diào)查之后有所減少,并在2011年6月與方法學(xué)家,衛(wèi)生保健專業(yè)人員和期刊編輯舉行的為期3天的會(huì)議上進(jìn)行了修訂。在指導(dǎo)小組的幾次會(huì)議上以及與更廣泛的TRIPOD貢獻(xiàn)者小組的電子郵件討論中,對(duì)清單進(jìn)行了完善。最終的TRIPOD聲明是22項(xiàng)的checklist,被視為透明報(bào)告預(yù)測(cè)模型研究必不可少的。TRIPOD聲明旨在提高預(yù)測(cè)模型研究報(bào)告的透明度,而與所使用的研究方法無(wú)關(guān)。TRIPOD聲明最好與TRIPOD解釋和闡述文件結(jié)合使用。為了協(xié)助編輯過(guò)程和預(yù)測(cè)模型研究的讀者,建議作者在提交的內(nèi)容中包括完整的清單(也可從www.tripod-statement.org獲得)。(也就是如果是預(yù)測(cè)模型相關(guān)的文章,你要投稿時(shí)提供一個(gè)完整的list給雜志,這樣讓編輯能夠很清晰的判斷報(bào)告質(zhì)量)

      編者注

      為了鼓勵(lì)傳播TRIPOD聲明,該文章同時(shí)發(fā)表在11個(gè)重磅雜志上,包括:Annals of Internal Medicine Web site (www.annals.org) and will be also published in BJOG, British Journal of Cancer, British Journal of Surgery, BMC Medicine, British Medical Journal, Circulation, Diabetic Medicine, European Journal of Clinical Investigation, European Urology, and Journal of Clinical Epidemiology.

      介紹

      在醫(yī)學(xué)上,醫(yī)生可能會(huì)根據(jù)存在特定疾病或狀況(診斷背景)或?qū)?lái)會(huì)發(fā)生特定事件(預(yù)測(cè)背景)的估計(jì)風(fēng)險(xiǎn)或概率來(lái)做出眾多決定。在診斷環(huán)境中,可以使用存在某種特定疾病的可能性,例如,告知患者轉(zhuǎn)診以進(jìn)行進(jìn)一步檢查,直接開(kāi)始治療或向患者保證不會(huì)出現(xiàn)嚴(yán)重癥狀的可能性。在預(yù)后情況下,可以基于在特定時(shí)期內(nèi)出現(xiàn)特定結(jié)局或健康狀況的風(fēng)險(xiǎn),將預(yù)測(cè)用于計(jì)劃生活方式或治療決策。這樣的風(fēng)險(xiǎn)估計(jì)也可以用于對(duì)治療性臨床試驗(yàn)的參與者進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)分層。

      簡(jiǎn)單的理解就是得出一個(gè)風(fēng)險(xiǎn)估計(jì):例如,病人術(shù)后發(fā)生感染的風(fēng)險(xiǎn)?患某個(gè)疾病后還能活多少年?這些疑問(wèn)我們此前的回答可能會(huì)給出一個(gè)群體的數(shù)據(jù),但是預(yù)測(cè)模型則可根據(jù)個(gè)體化的情況來(lái)回答這個(gè)問(wèn)題。

      預(yù)測(cè)模型研究有哪些類型?

      image

      在診斷和預(yù)后方面,概率估計(jì)很少基于單個(gè)預(yù)測(cè)變量。醫(yī)生自然會(huì)結(jié)合幾種患者特征和癥狀(預(yù)測(cè)因素,測(cè)試結(jié)果)做出預(yù)測(cè)(診斷和預(yù)后研究之間通用術(shù)語(yǔ)的差異)。因此,預(yù)測(cè)本質(zhì)上是多變量的。預(yù)測(cè)模型(通常也稱為“預(yù)測(cè)模型”,“風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分”或“預(yù)測(cè)規(guī)則” )是通過(guò)將多個(gè)權(quán)重分配給每個(gè)預(yù)測(cè)變量以獲得風(fēng)險(xiǎn)或概率來(lái)組合多個(gè)預(yù)測(cè)變量的工具。著名的預(yù)測(cè)模型包括Framingham風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分;Ottawa Ankle Rules;Nottingham Prognostic Index ;和Simplified Acute Physiology Score。

      預(yù)測(cè)模型研究

      預(yù)測(cè)模型研究可大致歸類為模型開(kāi)發(fā), 模型驗(yàn)證(有或沒(méi)有更新)預(yù)測(cè)模型開(kāi)發(fā)和驗(yàn)證。模型開(kāi)發(fā)研究旨在通過(guò)選擇相關(guān)的預(yù)測(cè)變量并將其統(tǒng)計(jì)組合為多變量模型來(lái)推導(dǎo)預(yù)測(cè)模型。Logistic和Cox回歸最常分別用于短期(例如,疾病相對(duì)于現(xiàn)在,30天死亡率)和長(zhǎng)期(例如,十年風(fēng)險(xiǎn))結(jié)果。研究還可能量化特定預(yù)測(cè)變量(例如,新發(fā)現(xiàn)的)對(duì)預(yù)測(cè)模型的增量或增加的預(yù)測(cè)值。

      由于過(guò)度擬合(相對(duì)于候選預(yù)測(cè)變量的數(shù)量太少而導(dǎo)致的結(jié)果事件少),在基于模型開(kāi)發(fā)所基于的相同數(shù)據(jù)上對(duì)模型的預(yù)測(cè)能力進(jìn)行量化將傾向于給出樂(lè)觀的性能估計(jì)。因此,開(kāi)發(fā)新的預(yù)測(cè)模型的研究應(yīng)始終包括某種形式的內(nèi)部驗(yàn)證,以量化已開(kāi)發(fā)模型的預(yù)測(cè)性能(例如,校準(zhǔn)和判別)的樂(lè)觀結(jié)果。內(nèi)部驗(yàn)證技術(shù)僅使用原始研究樣本,并包括 Bootstrap 或交叉驗(yàn)證等方法內(nèi)部驗(yàn)證是模型開(kāi)發(fā)的必要部分。在模型開(kāi)發(fā)過(guò)程中,還可以通過(guò)應(yīng)用收縮(例如,啟發(fā)式或基于自舉技術(shù))或懲罰程序(例如,嶺回歸或套索)來(lái)解決和解決過(guò)度擬合,樂(lè)觀和錯(cuò)誤校準(zhǔn)問(wèn)題[20]。

      我們其實(shí)看到很多文章并沒(méi)有內(nèi)部驗(yàn)證。

      在建立預(yù)測(cè)模型之后,強(qiáng)烈建議在模型開(kāi)發(fā)所用的其他獨(dú)立數(shù)據(jù)中評(píng)估模型的性能。這種外部驗(yàn)證要求對(duì)于新數(shù)據(jù)集中的每個(gè)人,都使用原始模型(即已發(fā)布的回歸公式)進(jìn)行結(jié)果預(yù)測(cè),并與觀察到的結(jié)果進(jìn)行比較。外部驗(yàn)證可以使用由相同研究者收集的參與者數(shù)據(jù),通常使用相同的預(yù)測(cè)變量和結(jié)果定義和度量,但從后期進(jìn)行采樣(時(shí)間驗(yàn)證或狹窄驗(yàn)證);由另一家醫(yī)院或國(guó)家/地區(qū)的其他研究人員,有時(shí)使用不同的定義和度量(地理或廣泛的驗(yàn)證);在相似的參與者中,但設(shè)置了不同的環(huán)境(例如,在二級(jí)保健中開(kāi)發(fā)并在相似的參與者中進(jìn)行評(píng)估但從初級(jí)保健中選擇的模型);甚至其他類型的參與者(例如,在成人中開(kāi)發(fā)并在兒童中評(píng)估的模型,或用于預(yù)測(cè)致命事件并針對(duì)非致命事件進(jìn)行評(píng)估的模型)。如果性能不佳,可以根據(jù)驗(yàn)證數(shù)據(jù)集來(lái)更新或調(diào)整模型

      報(bào)告多因素預(yù)測(cè)模型

      開(kāi)發(fā)或驗(yàn)證多變量預(yù)測(cè)模型的研究為研究人員帶來(lái)了特定的挑戰(zhàn)。一些評(píng)論評(píng)估了描述開(kāi)發(fā)或驗(yàn)證預(yù)測(cè)模型的已發(fā)表報(bào)告的質(zhì)量。例如,

      • Mallett及其同事研究了2005年發(fā)表的47篇報(bào)告,這些報(bào)告提出了新的癌癥預(yù)測(cè)模型。發(fā)現(xiàn)報(bào)告不清洗,從模型描述的各個(gè)方面到描述的信息不足,從患者數(shù)據(jù)的描述到統(tǒng)計(jì)建模方法。

      • Collins及其同事[24]評(píng)估了2011年5月之前發(fā)表的39篇臨床預(yù)測(cè)模型報(bào)告的方法學(xué)報(bào)告,這些報(bào)告描述了預(yù)測(cè)流行或2型糖尿病的模型的發(fā)展。還發(fā)現(xiàn)報(bào)告總體上不佳,其中預(yù)測(cè)變量的關(guān)鍵細(xì)節(jié),缺失數(shù)據(jù)的處理和報(bào)告以及模型構(gòu)建策略的描述通常很少

      • Bouwmeester及其同事對(duì)71份預(yù)測(cè)模型研究進(jìn)行了評(píng)估,這些報(bào)告于2008年在6篇具有影響力的普通醫(yī)學(xué)期刊上發(fā)表,同樣觀察到報(bào)告水平極其低下

      這些評(píng)論和其他評(píng)論清楚地表明,在不同疾病地區(qū)和不同期刊上,預(yù)測(cè)模型研究的報(bào)告水平普遍較差。此外,這些評(píng)論表明,在統(tǒng)計(jì)方法上存在嚴(yán)重缺陷,使用小的數(shù)據(jù)集,對(duì)丟失的數(shù)據(jù)進(jìn)行不適當(dāng)?shù)奶幚硪约叭狈︱?yàn)證是常見(jiàn)的。此類缺陷最終導(dǎo)致未使用或不應(yīng)使用的預(yù)測(cè)模型。因此,相對(duì)于已發(fā)布的大量模型,很少有預(yù)測(cè)模型在臨床實(shí)踐中得到廣泛實(shí)施或使用。

      這一點(diǎn)到是與我們的認(rèn)知相符合, prognostic model現(xiàn)在Pubmed上成千上萬(wàn)了估計(jì)有,但真正應(yīng)用到臨床的模型卻非常少,大家都在忙于開(kāi)發(fā)新模型,今天一個(gè),明天又一個(gè),沒(méi)有什么太大的意義。

      近年來(lái),醫(yī)學(xué)方面的預(yù)測(cè)模型激增。衛(wèi)生保健提供者和政策制定者越來(lái)越多地建議在臨床實(shí)踐指南中使用預(yù)測(cè)模型,為臨床途徑的各個(gè)階段的決策提供依據(jù)。報(bào)告研究的一般要求是,如果需要,其他研究人員可以復(fù)制所采取的所有步驟并獲得相同的結(jié)果。因此,至關(guān)重要的是,必須清楚地報(bào)告有關(guān)如何開(kāi)發(fā)和驗(yàn)證預(yù)測(cè)模型的關(guān)鍵細(xì)節(jié),以便對(duì)所有相關(guān)信息進(jìn)行綜合和嚴(yán)格評(píng)估.

      預(yù)測(cè)模型研究的報(bào)告指南:TRIPOD聲明

      TRIPOD聲明,該指南專門(mén)設(shè)計(jì)用于報(bào)告開(kāi)發(fā)或驗(yàn)證多變量預(yù)測(cè)模型的研究的報(bào)告,包括診斷和預(yù)后模型。TRIPOD不適用于病因?qū)W研究中的多變量建模或研究單個(gè)預(yù)后因素的研究。此外,與未使用模型相比,TRIPOD也不適用于量化使用預(yù)測(cè)模型對(duì)參與者或醫(yī)生的行為和管理,參與者健康結(jié)局或護(hù)理成本效益的影響研究。

      已有的其它報(bào)告指南

      觀察性報(bào)告指南(加強(qiáng)流行病學(xué)觀察性研究報(bào)告[STROBE])[39];腫瘤標(biāo)志物(對(duì)腫瘤標(biāo)志物預(yù)后研究的報(bào)告建議[REMARK])[37];診斷準(zhǔn)確性(用于診斷準(zhǔn)確性研究報(bào)告的STAndards [STARD])[40];遺傳風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)(Genetic RIsk Prediction Studies [GRIPS])[41]研究都包含許多與開(kāi)發(fā)或驗(yàn)證預(yù)測(cè)模型有關(guān)的項(xiàng)目。但是,這些指南都不完全適合于預(yù)測(cè)模型研究。與預(yù)測(cè)模型最相關(guān)的2條準(zhǔn)則是REMARK和GRIPS。但是,REMARK清單的重點(diǎn)主要是預(yù)后因素,而不是預(yù)測(cè)模型,而GRIPS聲明旨在利用遺傳風(fēng)險(xiǎn)因素和圍繞處理大量遺傳變異的特定方法論問(wèn)題進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)。

      TRIPOD應(yīng)運(yùn)而生, TRIPOD明確涵蓋了針對(duì)所有醫(yī)學(xué)領(lǐng)域和所有類型的預(yù)測(cè)因素的診斷和預(yù)后模型的開(kāi)發(fā)和驗(yàn)證。TRIPOD還更加重視驗(yàn)證研究和此類研究的報(bào)告要求。(請(qǐng)參閱隨附的解釋和詳細(xì)說(shuō)明文件[43];可在www.annals.org上找到)。

      TRIPOD的組成

      TRIPOD聲明是22項(xiàng)檢查清單,對(duì)于開(kāi)發(fā)或驗(yàn)證多變量預(yù)測(cè)模型的研究進(jìn)行良好報(bào)告至關(guān)重要(表1)。這些項(xiàng)目涉及標(biāo)題和摘要(項(xiàng)目1和2),背景和目標(biāo)(項(xiàng)目3),方法(項(xiàng)目4至12),結(jié)果(項(xiàng)目13至17),討論(項(xiàng)目18至20)和其他信息。(項(xiàng)目21和22)。

      TRIPOD聲明涵蓋:

      • 僅報(bào)告開(kāi)發(fā)預(yù)測(cè)模型的研究

      • 預(yù)測(cè)模型的開(kāi)發(fā)和外部驗(yàn)證

      • 以及僅外部驗(yàn)證(有或沒(méi)有更新)

      • D表示開(kāi)發(fā),V表示驗(yàn)證, D,V表示開(kāi)發(fā)和驗(yàn)證

      TRIPOD中的建議僅是報(bào)告研究的指南,并未規(guī)定如何開(kāi)發(fā)或驗(yàn)證預(yù)測(cè)模型。此外,該指南也不是衡量多變量預(yù)測(cè)模型質(zhì)量的質(zhì)量評(píng)估工具。越來(lái)越多的研究正在評(píng)估特定預(yù)測(cè)變量的增量值,超出已建立的預(yù)測(cè)變量甚至超出現(xiàn)有的預(yù)測(cè)模型

      除了《 TRIPOD聲明》外,作者還以與其他報(bào)告準(zhǔn)則相似的方式提供了支持性的解釋和闡述文件。每個(gè)清單項(xiàng)目都得到了解釋,并附有已發(fā)表文章的良好報(bào)告示例,這個(gè)闡釋文件我也會(huì)放到星球上,供大家下載學(xué)習(xí)。

      Members of the TRIPOD Group

      我相信如果你看完下面這個(gè)列表,你是一個(gè)會(huì)思考的人,你肯定會(huì)跟我一樣深思:

      為什么全是國(guó)外的大學(xué),醫(yī)學(xué)中心,醫(yī)院,研究人員?

      這樣的研究指南報(bào)告規(guī)范為什么不是由我們國(guó)家來(lái)參與、甚至去制定呢?

      這又讓我想起來(lái)前段時(shí)間一個(gè)中科院的研究生不停的盜版別人的視頻發(fā)到B站,還樂(lè)此不疲;跟他苦口婆心溝通了半天,對(duì)牛彈琴;身處國(guó)家最高科學(xué)研究機(jī)構(gòu)的人啊,不鉆研學(xué)業(yè),總干這個(gè)事。

      作為醫(yī)生、研究生,科學(xué)家們,我輩仍需努力?。?/strong>

      Gary Collins (University of Oxford, Oxford, United Kingdom);

      Douglas Altman (University of Oxford, Oxford, United Kingdom);

      Karel Moons (University Medical Center Utrecht, Utrecht, the Netherlands);

      Johannes Reitsma (University Medical Center Utrecht, Utrecht, the Netherlands); Virginia Barbour (PLoS Medicine, United Kingdom and Australia);

      Nancy Cook (Division of Preventive Medicine, Brigham & Women's Hospital, Boston, Massachusetts);

      Joris de Groot (University Medical Center Utrecht, Utrecht, the Netherlands);

      Trish Groves (BMJ, London, United Kingdom);

      Frank Harrell, Jr. (Vanderbilt University, Nashville, Tennessee);

      Harry Hemingway (University College London, London, United Kingdom);

      John Ioannidis (Stanford University, Stanford, California);

      Michael W. Kattan (Cleveland Clinic, Cleveland, Ohio);

      André Knottnerus (Maastricht University, Maastricht, the Netherlands, and Journal of Clinical Epidemiology); Petra Macaskill (University of Sydney, Sydney, Australia);

      Susan Mallett (University of Oxford, Oxford, United Kingdom);

      Cynthia Mulrow (Annals of Internal Medicine, American College of Physicians, Philadelphia, Pennsylvania); David Ransohoff (University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, North Carolina);

      Richard Riley (University of Birmingham, Birmingham, United Kingdom);

      Peter Rothwell (University of Oxford, Oxford, United Kingdom);

      Patrick Royston (Medical Research Council Clinical Trials Unit at University College London, London, United Kingdom);

      Willi Sauerbrei (University of Freiburg, Freiburg, Germany);

      Ewout Steyerberg (University Medical Center Rotterdam, Rotterdam, the Netherlands);

      Ian Stiell (University of Ottawa, Ottawa, Ontario, Canada);

      Andrew Vickers (Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York).

      參考文獻(xiàn)

      pdf版本的文獻(xiàn)原文我已上傳到知識(shí)星球,供大家學(xué)習(xí)。

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