好氧堆肥的過程，一般分為三個階段。

首先是中溫階段。中溫階段也稱產(chǎn)熱階段，是指堆肥過程的初期，堆層基本呈15～45℃的中溫，嗜溫性微生物較為活躍而且利用堆肥中可溶性有機物進行旺盛的生命活動。這些嗜溫性微生物包括真菌、細菌和放線菌，主要以糖類和淀粉類為基質(zhì)。

經(jīng)過中溫堆肥階段后進入第二階段，也就是高溫階段。當(dāng)堆溫升45℃以上時即進入高溫階段，在這一階段，嗜溫微生物受到抑制甚至死亡，取而代之的是嗜熱微生物。堆肥中殘留的和新形成的可溶性有機物質(zhì)繼續(xù)被氧化分解，堆肥中復(fù)雜的有機物如半纖維素、纖維素和蛋白質(zhì)也開始被強烈分解。

然后進入堆肥的第三個階段：降溫階段。在發(fā)酵后期，只剩下部分較難分解的有機物和新形成的腐殖質(zhì)。此時微生物的活性下降，發(fā)熱量減少，溫度下降，嗜溫性微生物又占優(yōu)勢，對殘余較難分解的有機物做進一步分解，腐殖質(zhì)不斷增多且穩(wěn)定化，堆肥進入腐熟階段，需氧量也大大減少，含水率降低，堆肥孔隙度增大，氧擴散能力增強，此時只需自然通風(fēng)。

厭氧堆肥原理。厭氧堆肥是在缺氧條件下利用厭氧微生物進行的腐敗發(fā)酵分解，其最終產(chǎn)物除了二氧化碳和水以外，還有氨、硫化氫、甲烷和其他有機酸等物質(zhì)，其中氨、硫化氫等物質(zhì)有異臭氣味，而且厭氧堆肥需要的時間也很長，完全腐熟往往需要幾個月的時間。傳統(tǒng)的農(nóng)家肥就是厭氧堆肥。

厭氧堆肥過程主要分為兩個階段：

第一階段是產(chǎn)酸階段。產(chǎn)酸菌將大分子有機物降解為小分子的有機酸和乙酸、丙醇等物質(zhì)。

第二階段為產(chǎn)甲烷階段。甲烷菌把有機酸繼續(xù)分解為甲烷氣體。

厭氧過程沒有氧參加，酸化過程產(chǎn)生的能量較少，許多能量保留在有機酸分子中，在甲烷細菌作用下以甲烷氣體的形式釋放出來。厭氧堆肥的特點是反應(yīng)步驟多，速度慢，時間長。