這是實戰(zhàn)TCGA數(shù)據(jù)庫的又一個知識點，如果你已經對TCGA有淺顯的認識，那么我們應該根據(jù)研究方向找到自己的癌癥類型，TCGA有一臺完整的癌癥分型，慢慢這個分型也成為了主流，你別不服氣，如果我們有這樣的科研實力和共享魄力，一樣可以得到科研界的認可，可是路漫漫，幸好我們都在路上，至少現(xiàn)在的統(tǒng)計顯示，國內發(fā)表關于TCGA的文章數(shù)據(jù)已經過半數(shù)了。 最重要的癌癥類型有32個，會帶領大家一個一個來認識，以后分析學習的時候可以直接查看，如果是全英文的，那你會說，這個我也知道，放心，當然會給大家簡單中文檢索的。他們分別是： ACC 腺樣囊性癌 BLCA 膀胱癌 BRCA 乳腺癌 CESC 宮頸鱗狀細胞癌 CHOL 膽癌 COAD 結腸癌 DLBC 淋巴癌 ESCA 食管癌 GBMLGG 腦癌 HNSC 頭頸部鱗癌 KICH 嫌色細胞癌 KIRC 腎透明細胞癌 KIRP 乳頭狀腎細胞癌 LAML 骨髓癌 LIHC 肝癌 LUAD 肺腺癌 LUSC 肺鱗狀細胞癌 MESO 胸膜癌 OV 卵巢癌 PAAD 胰腺癌 PCPG 腎上腺癌 PRAD 前列腺癌 READ 直腸癌 SARC 軟組織癌 SKCM 皮膚癌 STAD 胃癌 TGCT 睪丸癌 THCA 甲狀腺癌 THYM 胸腺癌 UCEC 子宮內膜癌 UCS 子宮癌 UVM 眼癌 這樣展示給大家，會不會很唐突，大家保存就是了，整理是需要時間和經理的，具體每個癌癥的詳情，還需要大家一起去完善。不知道有找到自己需要研究的癌癥類型呢？找到了癌癥的類型，帶大家來認識一下癌癥大數(shù)據(jù)里最常見，最有標志性的，樣本代號，這個估計也要變成國際標準了，相信科研組在考慮如何命名是也是下足了功夫，因為TCGA數(shù)據(jù)量大，涉及的樣本多，每個樣本的表達數(shù)據(jù)類型有多，太簡單的話無法檢索需求啊，太難更不行了，會被嫌棄的！  舉個樣本例子給大家： TCGA-02-0001-01C-01D-0182-01 就這么一個簡單的代號，包含著多少信息，又包含著多少科研工作的熱情和心血。 TCGA命名每個字段的意義 Project-TSS-Participant-Sample&Vial-Portion&Analyte-Plate-Center TCGA：Project 項目名稱 02：TSS 組織來源代碼 0001：Participant 科研參與者 01：Sample 樣本號 C：Vial 樣本序列中樣本的階數(shù) 01：Portion 順序中部分的次序 D：Analyte 0182：Plate 順序中的板的順序 01：Center 測序鑒定  看了這么多，是不是有點糊涂了，其實這個代碼中，最重要的就是第四個字段，也就是01C，準確的說01對我們來說非常重要，這個sample的數(shù)字是從01-29的，其中01-09是tumor，也就是癌癥樣本；其中10-29是normal，也就是癌旁；這個對于每個研究者才是最重要的，當然，這個必須記住，只有記住這個，后期才能做差異分析，生存分析，如果連腫瘤樣本和癌旁樣本都區(qū)分不了，何談后續(xù)分析呢？ 業(yè)內有人戲說：“一入TCGA深似?！保@可見癌癥譜圖有多大，我們有多渺小，對于科研數(shù)據(jù)，我們應該懷著一顆敬畏和空杯的心態(tài)，一步一步，不如TCGA大數(shù)據(jù)的殿堂，去挖掘對癌癥分析、治療有用的數(shù)據(jù)庫，也不枉TCGA曾經定下的目標和宏偉夢想。 |
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