為了保護生物多樣性，建立自然保護區(qū)，是一種有效的手段。但從大時間尺度生態(tài)系統(tǒng)演化來說，保護區(qū)是一種暫時行為，是在特定的時間內(nèi)、特定的環(huán)境下、為了特定的目的而劃定的強制控制區(qū)域。也就是說自然保護區(qū)的建立，是具有明顯的目標(biāo)性的，是針對目標(biāo)物種和生態(tài)系統(tǒng)劃定的控制區(qū)域。

針對物種的類型，就是要在自然狀態(tài)下保存物種，并恢復(fù)原有物種的分布或擴大物種的種群數(shù)量。而對于生態(tài)類型，是要維持生態(tài)系統(tǒng)的正常運轉(zhuǎn)，并找到一條人與自然和諧共處的道路。人也是自然生態(tài)系統(tǒng)中的一個物種，自然保護區(qū)不應(yīng)該排除人的因素。如果沒有人，根本就沒有保護區(qū)的概念，更何況人類保護生態(tài)環(huán)境，也是從人的角度讓人類過得更好，走得更遠(yuǎn)。自然保護區(qū)不能也不應(yīng)該是銅墻鐵壁，應(yīng)該圍繞保護對象和保護目標(biāo)做好大文章。

針對植被恢復(fù)型的保護區(qū)，要通過科學(xué)監(jiān)測了解生態(tài)過程，并開展多種形式的修復(fù)試驗，評估人為活動強度在植被修復(fù)中的作用。

圍繞保護目標(biāo)開展適當(dāng)?shù)墓芸匦曰顒樱潜Ｗo區(qū)應(yīng)有的科學(xué)管理內(nèi)容。保護區(qū)并不應(yīng)該把人排除在自然生態(tài)系統(tǒng)之外，人為干預(yù)是生態(tài)過程的一部分。但是，目前有關(guān)自然保護區(qū)的管理規(guī)定相對機械、僵化，特別是中國南方集體林區(qū)建立的自然保護區(qū)，僵化的管理不僅不利于生態(tài)系統(tǒng)本身，也不利于社會和諧，不利于自然保護區(qū)建設(shè)目標(biāo)的實現(xiàn)。

要承認(rèn)人在生態(tài)系統(tǒng)中的地位以及影響，比如人為活動與竹子的關(guān)系就是典型的例子。

竹子作為多數(shù)保護區(qū)的外來物種，由于其擴張性強，竹子生長過程中改變了土地的理化性質(zhì)，包括土壤中二氧化碳的濃度、土壤PH值等等，改變了土壤的微環(huán)境和物理結(jié)構(gòu)，對土壤微生物、土壤動物等的影響非常明顯。因此，竹子具有類似于絞殺植物的作用，可能會將一些原生本土的植物和土壤動物置于死地。另外，竹子的高密度生長，搶走了空間資源和陽光等能量、肥力資源，使其他的植物沒有辦法利用陽光資源，從而起到了驅(qū)逐其他植物的作用。

竹葉形成的凋落層使植物的種子沒有機會到達(dá)土壤，使植物生長和植被更新更加困難。因此，在以物種和生態(tài)系統(tǒng)為主要保護對象的自然保護區(qū)，控制竹子的擴張和發(fā)展是非常必要的。另外，竹子如果沒有人工的干預(yù)，會生長得越來越密，局部的肥力虧欠，造成開花結(jié)實后死亡，會出現(xiàn)大量的種子，并出現(xiàn)大量的竹子新苗。

針對自然保護區(qū)的目標(biāo)，適度控制竹子的擴張是非常必要的。天目山自然保護區(qū)保護有原生性的禿杉、銀杏等保護樹種，但由于竹子的擴張，使這些物種個體和種群都面臨著滅絕的威脅。要想實現(xiàn)保護原生性銀杏和禿杉的目標(biāo)，就必須控制竹子的發(fā)展。在赤水自然保護區(qū)有一個區(qū)域分布有小黃花茶，之前因為當(dāng)?shù)厝罕姺N地，干預(yù)了小黃花茶的棲息地的竹子擴張，使小黃花茶可以很好的生長。但保護區(qū)建立后，按照現(xiàn)行保護區(qū)的相關(guān)規(guī)定，這些區(qū)域的農(nóng)地實現(xiàn)了退耕，山上的楠竹往下長，山下退耕的撐綠竹往山上長，占據(jù)了所有的空間，使年幼的小黃花茶不僅沒有得到保護，原有的個體都逐步死亡。

在寬闊水自然保護區(qū)的太陽山，有著非常典型的亮葉水青岡林群落，但研究發(fā)現(xiàn)，亮葉水青岡的幼苗非常少，幾乎看不見。而方竹和冷箭竹的密度非常大，底層在土壤中完全交織著竹子的竹鞭，亮葉水青岡的種子根本沒有機會接觸土壤。

在梵凈山保護區(qū)，也同樣可以看到楠竹擴張的現(xiàn)象，之前人們會采伐楠竹作為用材，或在出筍季節(jié)適當(dāng)采筍。但保護區(qū)的建立，禁止了楠竹的采伐，使楠竹快速蔓延。

同樣的道理，草海保護區(qū)是以保護黑頸鶴為主的越冬水鳥的棲息地，但由于蘆葦?shù)臄U張，使黑頸鶴的棲息地逐漸喪失。之前有人為活動的影響，放牧耕種的行為，自然控制了蘆葦?shù)臄U張速度。而現(xiàn)在的退耕還濕和“嚴(yán)格”的保護區(qū)政策，反而使黑頸鶴等越冬鳥類失去了棲息地，這就與當(dāng)初建立保護區(qū)時的目標(biāo)不一致了。包括草海保護區(qū)的魚，突然完全禁止了捕撈，使得魚類大暴發(fā)，食物危機造成大量水草被啃食而減少，甚至消失。加上魚類擾動使水的濁度增加，沉水植物得不到陽光而難以生長，形成惡性循環(huán)，生態(tài)系統(tǒng)反而受到威脅。

保護區(qū)管理是一個生態(tài)大課題，并不是“一草一木不能動”，將人類驅(qū)逐出去，才是最佳的管理模式。而是人與自然和諧共處，肯定人在生態(tài)系統(tǒng)中的作用，包括影響和建設(shè)。根據(jù)目標(biāo)和實際情況，調(diào)整管理措施，才能真正實現(xiàn)建立保護區(qū)的目的，才能找出人與自然和諧共處的路徑。“綠水青山就是金山銀山”不是一句空話，是完全可以通過生態(tài)經(jīng)濟來實現(xiàn)。管理則是一個長期的過程，不是一個行動、一個工程就解決了所有問題。管理是動態(tài)的，而不是靜止的。保護區(qū)管理是事業(yè)，而不是事件。