一、前言

想不出更好的題目，也許只有從萬(wàn)人敬仰的“魯大師”（當(dāng)然人家本姓周）文中“擼”來(lái)這個(gè)“拿來(lái)主義”，才能切實(shí)描述我畢業(yè)后多年來(lái)對(duì)科研的堅(jiān)持是何等單調(diào)，甚至自感有些無(wú)聊?！暗馈鄙系囊?guī)矩大家都懂，有數(shù)據(jù)的是“爺”，有完美數(shù)據(jù)的是“大爺”，有完美大數(shù)據(jù)的是“老爺”。而我，一個(gè)必須專心于臨床常規(guī)工作的資深老技工，又身處一個(gè)團(tuán)隊(duì)缺如、實(shí)驗(yàn)難開(kāi)、自有數(shù)據(jù)匱乏的環(huán)境里，唯一能在大家面前顯擺的就是不分晝夜在線“人肉”上述各位“爺”的“大作”“名作”，然后膜拜。最后狼吞虎咽般消化掉與自己專業(yè)和方向相關(guān)的內(nèi)容，以示自己對(duì)科研的舊情難忘。

事實(shí)上是，讀多了想法也就多了，自然會(huì)產(chǎn)生寫(xiě)自己東西的沖動(dòng)。沒(méi)數(shù)據(jù)，不怨天地，不怨爹娘，更不怨自己，境遇如此，我又奈何。自棄會(huì)澆滅一切美好想法的火種。其實(shí)本就無(wú)需灰心，前進(jìn)路上總會(huì)有各種套路救我們于水火，其一就是“拿來(lái)主義”。此處的“拿來(lái)”，即通過(guò)檢索他人研究結(jié)果，提煉原始數(shù)據(jù)，進(jìn)一步整合、優(yōu)化和分析，化為己有成果的過(guò)程。我就是一個(gè)執(zhí)著本分、踏實(shí)踐行“拿來(lái)”條款的人。通過(guò)設(shè)定一個(gè)合理的想法（idea）， 然后檢索（ searching）文獻(xiàn)或數(shù)據(jù)庫(kù)、挑選（ selecting）數(shù)據(jù)、重分析（reanalysis）數(shù)據(jù)，看似非常俗套的路子，卻已被我奉為延續(xù)科研生涯最重要的作業(yè)邏輯！無(wú)它，全是為了保住三無(wú)背景下心中的那團(tuán)科研火焰！

身為一個(gè)資歷尚淺的碩士畢業(yè)生，我講不出高深大道，道不明機(jī)制機(jī)理， 也給不了扎實(shí)的邏輯闡述，謹(jǐn)借此機(jī)會(huì)從個(gè)人兩段經(jīng)歷出發(fā)，對(duì)自己的“拿來(lái)主義”作全盤供述，獻(xiàn)給處于同樣境遇的“科研斗士”，權(quán)當(dāng)交流，請(qǐng)?zhí)魭褂谩?/span>

二、碩士階段萌生“拿來(lái)”思想

講“拿來(lái)主義”，在拿之前，首先要有一個(gè)“拿”的理由，也就是要事先找到一個(gè)合適的想法或思路！這里我將想法的層次定位為“合適”，而非“好” 或“優(yōu)秀”，因?yàn)槲腋杏X(jué)這更符合一般碩士及以下學(xué)歷人的實(shí)際，剛開(kāi)始做研究或者身受平臺(tái)及個(gè)人條件的限制，執(zhí)拗于去尋找一個(gè)同時(shí)具備創(chuàng)新性和可行性的思路是比較艱難的。尤其對(duì)像我這樣一窮二白，依靠在各種文獻(xiàn)和共享數(shù)據(jù)（庫(kù)）里以“乞討”二手?jǐn)?shù)據(jù)度日的“拿來(lái)主義者”，更沒(méi)有任何好高騖遠(yuǎn)的理由，必須冷靜思考，量身打造一個(gè)與自身?xiàng)l件相匹配的想法和思路，弄明白自己到底能干什么？多少東西可以為我所用？通過(guò)什么途徑能干得漂亮？

閱讀文獻(xiàn)永遠(yuǎn)是科研人最有效抓取想法的途徑，科研人請(qǐng)不要對(duì)此有任何質(zhì)疑。我人生第一篇論文的想法和構(gòu)思就是在無(wú)任何前期基礎(chǔ)之上從文獻(xiàn)中直接“拿來(lái)”的。說(shuō)起這篇文章，就要介紹一下我碩士階段最初的科研經(jīng)歷，2011年初，我作為聯(lián)合培養(yǎng)生被導(dǎo)師派往中國(guó)疾病預(yù)防控制中心（Chinese Center for Disease Control and Prevention，CDC）參與國(guó)家傳染病重大專項(xiàng)“傳染病檢測(cè)技術(shù)平臺(tái)”項(xiàng)目管理工作，一個(gè)臨床檢驗(yàn)專業(yè)做感染免疫研究（導(dǎo)師課題組的一個(gè)方向）的碩士生，加之預(yù)防領(lǐng)域的熏陶，專業(yè)方向自然而然地沾染了傳染病流行病學(xué)的氣息，雖然到現(xiàn)在本人的流行病學(xué)理論仍在基層“晃蕩”，但一年半的委培時(shí)間里學(xué)到的東西，著實(shí)為我發(fā)展方向和思路的拓展奠定了基石。也就是在這段委培期間，我完成了人生的第一篇科研論文，也是個(gè)人的第一篇SCI（science citation index）收錄論文。

記得是在一次常規(guī)工作會(huì)議上，指導(dǎo)老師突然提出要我寫(xiě)論文“練級(jí)”， 自己先找思路，1個(gè)月后匯報(bào)。寫(xiě)論文，多新鮮的事，人生第一回??！只有1個(gè)月的時(shí)間，懵圈就懵了一個(gè)多星期，到底寫(xiě)啥？咋寫(xiě)呢？由于那段時(shí)間我做的是腹瀉癥候群病原監(jiān)測(cè)工作，任務(wù)使然，腦子里首先浮現(xiàn)的肯定是細(xì)菌性腹瀉、病毒性腹瀉、急性腹瀉等主題詞。而當(dāng)時(shí)我認(rèn)為相對(duì)于細(xì)菌性腹瀉，病毒性腹瀉似乎更具有臨床和流行病學(xué)監(jiān)測(cè)意義，觀點(diǎn)是細(xì)菌性腹瀉有藥可治，而且發(fā)病率可以隨生活條件和環(huán)境衛(wèi)生的提高而降低，而致腹瀉病毒無(wú)法在臨床實(shí)驗(yàn)室常規(guī)培養(yǎng)，且多無(wú)藥物治療，所以探求腹瀉病毒的傳播與分布規(guī)律似乎對(duì)疾病的預(yù)防和疫苗的開(kāi)發(fā)更具指導(dǎo)意義。于是就決定以病毒性腹瀉為切入點(diǎn)，先通過(guò)各大數(shù)據(jù)庫(kù)檢索文獻(xiàn)探路，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，諸如“某某國(guó)家/地區(qū)某某時(shí)間段輪狀病毒監(jiān)測(cè)結(jié)果分析”“某某地區(qū)諾如病毒流行病學(xué)分析”等千篇一律的單病原流行病學(xué)研究鋪天蓋地。不用想，如果我再照章弄出個(gè)“某某地區(qū)輪狀病毒或/和其他病毒監(jiān)測(cè)結(jié)果分析”之類的東西肯定沒(méi)意思，指導(dǎo)老師也不會(huì)同意！單病原的想法也就此放棄。

于是繼續(xù)對(duì)收集來(lái)的150多篇文獻(xiàn)集中分析，發(fā)現(xiàn)有20篇左右是對(duì)多病原體監(jiān)測(cè)結(jié)果同時(shí)分析的。這就有點(diǎn)意思了，不用隨大流了，更重要的是我們傳染病檢測(cè)技術(shù)平臺(tái)的哨點(diǎn)醫(yī)院本身就肩負(fù)著同時(shí)檢測(cè)急性腹瀉患者標(biāo)本中的五種常見(jiàn)急性腹瀉病毒（輪狀、諾如、札如、星狀和腸道病毒）的任務(wù)。所有哨點(diǎn)醫(yī)院相應(yīng)的傳染病相關(guān)病原檢測(cè)數(shù)據(jù)及收集的病例和標(biāo)本信息都要錄入到檢測(cè)技術(shù)平臺(tái)的信息系統(tǒng)內(nèi)，就像全國(guó)耐藥監(jiān)測(cè)網(wǎng)一樣，只有哨點(diǎn)單位和國(guó)家管理機(jī)構(gòu)才有權(quán)限導(dǎo)出和利用上傳的數(shù)據(jù)。因?yàn)槲覀冞@個(gè)傳染病重大專項(xiàng)項(xiàng)目是以五年為期持續(xù)滾動(dòng)實(shí)施的，所以分布在全國(guó)的哨點(diǎn)醫(yī)院很多，會(huì)有不少跟我一樣的人有權(quán)限使用自己區(qū)域的檢測(cè)數(shù)據(jù)。我隨即從檢測(cè)平臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)導(dǎo)出各子課題組上報(bào)的數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)導(dǎo)師課題組積累的腹瀉病例數(shù)和毒株已大有規(guī)模?？偹阌悬c(diǎn)眉目了，想法和現(xiàn)狀有點(diǎn)匹配了，最起碼當(dāng)時(shí)國(guó)內(nèi)多病原監(jiān)測(cè)研究還沒(méi)被流水般報(bào)道。

那么如何下手呢？難道還是像多數(shù)研究一樣，定位在最基本的流行病學(xué)三間分布（人群分布、地區(qū)分布、時(shí)間分布）？可以是可以，因?yàn)檫@是基礎(chǔ)數(shù)據(jù)，做監(jiān)測(cè)報(bào)告發(fā)表是有意義的，但肯定又會(huì)落入俗套，最多發(fā)表一篇“核心”論文。內(nèi)心還算有點(diǎn)追求的我，再憋一口氣，將多病原研究文獻(xiàn)又認(rèn)真理了一遍。又有新發(fā)現(xiàn)，其中有5~6篇文獻(xiàn)做了混合感染和單病原感染的比較分析，有趣的是結(jié)論各不相同，有的認(rèn)為單病毒感染和混合感染對(duì)患者致病的嚴(yán)重程度無(wú)差異，有的則認(rèn)為混合感染比單病毒感染臨床癥狀嚴(yán)重。這就好玩了，我也可以做啊，課題組每一個(gè)納入監(jiān)測(cè)的患者都有信息調(diào)查表，病例基本信息、臨床癥狀、診斷信息和標(biāo)本病原學(xué)結(jié)果大都齊全?；旌细腥竞蛦尾≡腥镜呐R床嚴(yán)重性比較作為一個(gè)論點(diǎn)，妥妥的亮點(diǎn)，初顯臨床流行病學(xué)的意味。

但一張桌子只靠?jī)蓷l腿是站不住的，同樣的，一篇文章只做兩個(gè)論點(diǎn)略顯不足，有必要再找第三個(gè)支撐點(diǎn)。這時(shí)候我已經(jīng)對(duì)20多篇病原研究文獻(xiàn)熟記于心了，晃晃腦子就甩出個(gè)第三點(diǎn)：輪狀病毒或者諾如病毒基因分型研究。因?yàn)?0來(lái)篇文獻(xiàn)里有7~8篇在描述基本流行特征后都對(duì)輪狀病毒或者諾如病毒進(jìn)行了分子分型，且在上述5~6篇做了混合感染和單病原感染比較分析的文獻(xiàn)中， 就有3篇對(duì)輪狀病毒做了分子分型研究（分子流行病學(xué)分析），還做了進(jìn)化分析，我從沒(méi)接觸過(guò)，就是感覺(jué)挺“高大上”的。于是決定也試著做一下輪狀病毒基因分型特征，第三個(gè)論點(diǎn)就此誕生。但是從數(shù)據(jù)庫(kù)導(dǎo)出數(shù)據(jù)后，才發(fā)現(xiàn)課題組沒(méi)有將病毒基因分型作為一個(gè)必須要做的內(nèi)容，所以很多毒株的分型信息是空缺的。不過(guò)不要緊，補(bǔ)唄，認(rèn)定了事就要干，遂將需求電話告知遠(yuǎn)在導(dǎo)師身邊（杭州）的大師兄，師兄鼎力支持，兩周內(nèi)把我需要的毒株的分型搞定了。萬(wàn)事俱備，最后幾經(jīng)討論，精挑細(xì)選“拿來(lái)”的幾個(gè)論點(diǎn)最終被認(rèn)可。

隨后就是針對(duì)每個(gè)論點(diǎn)分別選擇2~4篇做得好的文獻(xiàn)作為模板，“拿來(lái)” 人家的行文套路，模仿人家的數(shù)據(jù)處理方式處理自己的數(shù)據(jù)（當(dāng)然，中途指導(dǎo)老師給了大量的指導(dǎo)），最后花了3個(gè)多月時(shí)間整理成一篇中文論文。后來(lái)指導(dǎo)老師突然改變主意，要求改成英文，投SCI收錄期刊，遂又費(fèi)九牛二虎之力對(duì)文章做了全文翻譯，之后就是圍繞既成框架不斷修改、不斷討論和最終投稿，功夫不負(fù)有心人，最后被在兒科領(lǐng)域具有較高影響力的雜志《兒科傳染病雜志》（The Pediatric infectious disease journal，Pediatr Infect Dis J）（當(dāng)年IF=3.569） 接收。擁有一篇從想法的產(chǎn)生、數(shù)據(jù)的整理到寫(xiě)作的完成都是自己親自操刀的文章，很有成就感。

看了這么長(zhǎng)的文字估計(jì)大家已經(jīng)有點(diǎn)頭暈轉(zhuǎn)向了，下圖就是我第一篇文章三個(gè)論點(diǎn)“拿來(lái)”路線圖，希望能夠幫助大家理解（圖5-1）。

圖5-1   文章想法及論點(diǎn)“拿來(lái)”圖解

以上就是我第一篇文章形成的過(guò)程，也是我做文章的第一個(gè)階段，借此只是想說(shuō)明設(shè)計(jì)一個(gè)合適想法的重要性，想法并不一定要原創(chuàng)，通過(guò)篩選從他人的研究中原版“拿來(lái)”也是可以做好文章的。暫且做個(gè)小結(jié)，順便送些干貨犒勞各位看官。

（1）關(guān)于想法。寫(xiě)論文如果找不到創(chuàng)新性思路，想法是可以原模原樣地“拿來(lái)”的，但不是隨便湊幾個(gè)論點(diǎn)就能寫(xiě)出心儀的東西，要懂得挑揀，挑揀的時(shí)候把握兩個(gè)點(diǎn)。1）創(chuàng)新有兩個(gè)層面，如果我們做不到“創(chuàng)”，但可以從“新”考慮，我的意思是，在挑選論點(diǎn)時(shí)，我們要多關(guān)注那些在近年的研究中才出現(xiàn)，成為或可能成為熱門討論的專業(yè)點(diǎn)，這樣“拿來(lái)”的點(diǎn)最低也算得上“次新”吧。同時(shí)要關(guān)注那些科研里的矛盾，當(dāng)不同研究者各持己見(jiàn)時(shí)，就是我們介入的好機(jī)會(huì)，或做meta分析，或收集數(shù)據(jù)做二次分析發(fā)表自己的觀點(diǎn)。2）挑選后也不能立即選用，要先看自己能不能拿得動(dòng)，即回過(guò)頭來(lái)看看自己手頭上有什么樣的數(shù)據(jù)可以承載所選論點(diǎn)，是否有可取的途徑（公共數(shù)據(jù)庫(kù)、已發(fā)表文獻(xiàn)、各種監(jiān)測(cè)網(wǎng)等）獲得足夠能支持所選論點(diǎn)的數(shù)據(jù)。

（2）關(guān)于閱讀。閱讀是一切寫(xiě)作的前提，每個(gè)科研人都會(huì)有一套自己的閱讀習(xí)慣，不管以何種方式（手機(jī)、電腦、圖書(shū)），在何種環(huán)境（圖書(shū)館、辦公室，書(shū)房，大街上）閱讀，只要感覺(jué)適合自己，能得到自己想要的東西就好。我這里僅給大家介紹自己的文獻(xiàn)管理和文獻(xiàn)索取途徑。1）文獻(xiàn)管理器：估計(jì)很大一部分人都在用Endnote，我對(duì)這個(gè)東西不了解。我一直在用國(guó)產(chǎn)的NoteExpress，全中文界面，入門簡(jiǎn)單，快速上手，而且正版也不貴！至于Endnote和NoteExpress功能上的區(qū)別大家可以上網(wǎng)搜索一下，都總結(jié)得很好，各有千秋。由于我做一篇文章時(shí)會(huì)收集大量文獻(xiàn)閱讀，所以我需要首先對(duì)檢索來(lái)的文章質(zhì)量有個(gè)大概的了解，影響因子就是一個(gè)主要的依據(jù)，NoteExpress有個(gè)優(yōu)點(diǎn)就是每一篇SCI文章的影響因子都會(huì)以一個(gè)單獨(dú)的字段顯示，且每年都會(huì)及時(shí)更新，所以我就能夠按照影響因子對(duì)所有文獻(xiàn)排序，對(duì)文獻(xiàn)篩選及下一步的投稿有個(gè)初步定位。另外，自編參考文獻(xiàn)樣式的方法也很簡(jiǎn)單，如果樣式庫(kù)沒(méi)有需要投稿雜志的參考文獻(xiàn)樣式或更新不及時(shí)，我可以根據(jù)雜志要求自己快速編輯并導(dǎo)入樣式庫(kù)。2）文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)：①地址欄打開(kāi)http://www./，這是個(gè)收費(fèi)的數(shù)據(jù)庫(kù)，花點(diǎn)小錢購(gòu)買就可以，內(nèi)部各種中文、英文文獻(xiàn)下載數(shù)據(jù)庫(kù)一應(yīng)俱全，下載快速，無(wú)需等待，這里可以使用web of science，它可以查詢雜志的即時(shí)影響因子，當(dāng)有論文要投時(shí)，我都會(huì)先查目標(biāo)雜志的情況，預(yù)估會(huì)不會(huì)出現(xiàn)“大起大落”的情況，這也是投稿的一個(gè)小技巧；②幾個(gè)即查即用數(shù)據(jù)庫(kù)，如大家熟悉的那個(gè)致力于支持科研成果開(kāi)源運(yùn)動(dòng)（Open Access movement in science）的集體，請(qǐng)自行網(wǎng)上搜索“removing barriers in the way of science”可以找到它；另外，PubmedPlus文獻(xiàn)助手（http:// pubmedplus.com/#/index）、GCBI（https://www./）這都是中國(guó)人自己開(kāi)發(fā)的，適合我們的口味，方便實(shí)用；最后，大家做個(gè)有心人，平時(shí)一定多逛逛小木蟲(chóng)和丁香園論壇，找到文獻(xiàn)求助和科研工具板塊，隨時(shí)都有可能“撿”到寶貝。3）翻譯軟件：強(qiáng)烈推薦全醫(yī)藥學(xué)大辭典V4（http://dlive. cn/），醫(yī)學(xué)專業(yè)詞匯龐大！這個(gè)軟件專業(yè)版只要90多元，而且現(xiàn)在開(kāi)發(fā)者有意全面免費(fèi)，專業(yè)版可以免費(fèi)試用3個(gè)月，每天簽到可領(lǐng)積分，到期后可用積分兌換繼續(xù)使用專業(yè)版。如果積分不夠，就降級(jí)為標(biāo)準(zhǔn)版，是完全免費(fèi)的，比專業(yè)版少了一些功能，但影響不大，取詞、整句翻譯等都有。

三、工作后堅(jiān)定走“拿來(lái)”路線

一年半的委培結(jié)束后，我回到杭州，按導(dǎo)師分配，開(kāi)始做副溶血弧菌生化表型、毒力基因篩查、分子分型、耐藥譜型等基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)。在那個(gè)每天PCR做到“吐血”，手工血清凝集試驗(yàn)?zāi)窖凵衩噪x，藥敏紙片貼到手麻的最后1年內(nèi)，我補(bǔ)齊了手頭上近500株菌的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。臨結(jié)束時(shí)，我將文章初稿寫(xiě)好后交給細(xì)菌課題組老師，在最后一次討論會(huì)上，導(dǎo)師問(wèn)我文章能不能往5分以上的雜志投，我當(dāng)時(shí)應(yīng)了句“投是可以的”，結(jié)果大家都笑了。5分以上傳染病流行病學(xué)或者臨床微生物學(xué)雜志的真的是很難發(fā)表的，如《新興傳染病雜志》（Emerging Infectious Diseases）、《傳染病雜志》（Journal of Infectious Diseases）、《臨床傳染病雜志》（Clinical Infectious Diseases）等。在CDC時(shí)，傳染病預(yù)防控制所一個(gè)教授說(shuō)，能在《臨床微生物雜志》（Journal of Clinical Microbiology）上發(fā)篇文章說(shuō)明你做的就很可以了，而這個(gè)雜志一直在3、4分左右晃蕩。2013年7月份我隨老婆（當(dāng)時(shí)是女朋友）回江蘇工作（她搞基礎(chǔ)研究的，碩士的時(shí)候就發(fā)表了5分多的文章，27歲就拿到國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目，我算是以一個(gè)附帶品的身份過(guò)來(lái)工作的），留下我可憐未發(fā)的文章直到2015年才面世，最終發(fā)在《臨床微生物學(xué)和感染雜志》（Clinical Microbiology and Infection）上。

接下來(lái)，就是工作后的科研狀態(tài)。我這個(gè)人在原則問(wèn)題上是信守承諾的， 我保證畢業(yè)后就不會(huì)用實(shí)驗(yàn)室的半點(diǎn)數(shù)據(jù)私自發(fā)表東西，所以能帶出來(lái)的只有想法。當(dāng)時(shí)我分析的副溶血弧菌流行病學(xué)研究現(xiàn)狀包括：①副溶血弧菌多位點(diǎn)序列分型（multilocus sequence typing，MLST）研究剛剛進(jìn)入火熱狀態(tài)，副溶血弧菌pubMLST公共數(shù)據(jù)庫(kù)（https:///vparahaemolyticus/）自2008年建庫(kù)以來(lái)，不斷收錄世界各地菌株的管家基因序列信息，持續(xù)5年，也就是2013年左右收錄的原始菌株的信息已經(jīng)初具規(guī)模，這是充分利用這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)副溶血弧菌開(kāi)展基于MLST技術(shù)的分子分型研究的大好時(shí)機(jī)。②副溶血弧菌種群結(jié)構(gòu)分為不同的克隆群，其中最重要的一個(gè)克隆群稱為大流行克隆，因其具有在世界人群內(nèi)廣泛快速傳播的特征而得名。但當(dāng)時(shí)關(guān)于大流行株的研究多為局域性報(bào)道， 缺乏系統(tǒng)綜述，僅有2007年《臨床微生物學(xué)評(píng)論》（Clinical Microbiology Review） 上的一篇綜述對(duì)大流行株的傳播分布進(jìn)行了總結(jié)，所以，全球范圍內(nèi)，缺乏2007年之后大流行克隆研究的綜述研究，研究者依舊引用這篇文章的結(jié)果作為基礎(chǔ)數(shù)據(jù)，這對(duì)流行病學(xué)研究來(lái)說(shuō)顯然略顯過(guò)時(shí)，所以很有必要更新世界范圍內(nèi)大流行克隆群的變異變遷、流行傳播的新特征。在我國(guó)也從沒(méi)有一篇真正的綜述性文章對(duì)大流行克隆進(jìn)行總結(jié)，這對(duì)于號(hào)稱沿海地區(qū)第一位的食源性致病菌和我國(guó)丙類傳染病里的其他感染性腹瀉病中重要的致病菌而言是有缺憾的。

pubMLST數(shù)據(jù)庫(kù)（https:///），這是個(gè)公開(kāi)共享數(shù)據(jù)庫(kù)，最初由英國(guó)劍橋大學(xué)動(dòng)物學(xué)系建立的，性質(zhì)是一個(gè)“Public databases for molecular typing and microbial genome diversity”（網(wǎng)站原話）。數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)已經(jīng)建立了包括副溶血弧菌在內(nèi)的96種細(xì)菌的亞庫(kù)，數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)導(dǎo)出的原始數(shù)據(jù)有菌株基本信息（來(lái)源、地區(qū)、分離時(shí)間等）、表型信息（耐藥、血清型、毒力等）、多位點(diǎn)序列分型信息（包括序列型和原始序列）等。每個(gè)人都有權(quán)限上傳自己的數(shù)據(jù)（上傳上去的數(shù)據(jù)是需要審核的）和下載使用數(shù)據(jù)，下載下來(lái)的數(shù)據(jù)是excel格式的，非常方便統(tǒng)計(jì)分析。

基于以上背景，我首先抱著嘗試的態(tài)度，于2014年2月份從pubMLST數(shù)據(jù)庫(kù)中導(dǎo)出所有上傳的副溶血弧菌菌株信息，篩選出來(lái)自17個(gè)沿海國(guó)家的具有完整序列信息（sequence tagged site，STS）的490株臨床來(lái)源的菌株，開(kāi)展基于MLST的副溶血弧菌的種群結(jié)構(gòu)分析，寫(xiě)作套路如前面所說(shuō)，拿兩三篇MLST相關(guān)的文章作為模板，尋找論點(diǎn)，填補(bǔ)結(jié)果。3個(gè)月后成稿，6月份投給了PLoSOne，8月份被接收。對(duì)我來(lái)說(shuō)，這篇文章最重要的不是我發(fā)現(xiàn)了什么，而是為了完成這篇文章，我是從零開(kāi)始學(xué)習(xí)，最終掌握了菌株聚類分析、序列多態(tài)性分析及進(jìn)化分析等相關(guān)常用軟件的運(yùn)用和結(jié)果分析。例如，DnaSP（在進(jìn)行種群遺傳學(xué)研究時(shí)，分析核苷酸多樣性和單倍型多樣性等）、DNAStar（大名鼎鼎的序列分析軟件，功能上主要包括序列的格式轉(zhuǎn)換、拼接，兩兩序列和多重序列的比較，探針的設(shè)計(jì)等）、Mega（進(jìn)化分析軟件，做各種進(jìn)化樹(shù)）、RDP3（主要用于分析、檢測(cè)基因序列里的重組信號(hào)）、eBURST V3 [http://eburst/mlst.net，多位點(diǎn)序列分型將序列型（sequence tagged，ST）進(jìn)行克隆聚類的必備軟件，打開(kāi)鏈接下載有教程]、Phyloviz software（http://www.phyloviz. net，多位點(diǎn)序列分型研究中可結(jié)合序列型和菌株基本信息進(jìn)行多維度聚類分析的必備軟件，打開(kāi)鏈接下載有教程）等，大大擴(kuò)展了個(gè)人分析數(shù)據(jù)的技能。每一個(gè)軟件的學(xué)習(xí)都是“拿來(lái)”的過(guò)程，因?yàn)榉潜緦I(yè)，軟件中會(huì)涉及到的一些遺傳學(xué)概念如“水平轉(zhuǎn)移”“連鎖不平衡”“突變事件”“中性理論”等背后的含義及計(jì)算結(jié)果的解釋，都需要個(gè)人認(rèn)真地從教程、文獻(xiàn)和可靠的書(shū)籍中查閱、咨詢、運(yùn)用。

這種自學(xué)和“拿來(lái)”的過(guò)程是辛苦的，所以我們需要表現(xiàn)出一定的抗擊打能力，很多東西不是因?yàn)槲覀儾粫?huì)，而是出現(xiàn)困難時(shí)，內(nèi)心已經(jīng)放棄了學(xué)習(xí)的機(jī)會(huì)。我一直認(rèn)為做文章真正的初衷只有兩個(gè)：一個(gè)是督促學(xué)習(xí)，另一個(gè)是總結(jié)經(jīng)驗(yàn)。而我屬于第一種，雖然數(shù)據(jù)不是我的，行文思路是我“拿來(lái)”的，但我接觸的領(lǐng)域和分析方法對(duì)我本身而言是全新的，我認(rèn)真地做了、學(xué)了、用了，這就是一種成功，最起碼能證明在求學(xué)的態(tài)度上我是認(rèn)真的。我從不喜歡為了寫(xiě)而寫(xiě)，而是喜歡那種按照既定的想法一步一步摸索的感覺(jué)，即使出來(lái)的東西再差也是自己汗水凝結(jié)的寶貝。

畢業(yè)后第一篇SCI論文已經(jīng)發(fā)表，說(shuō)實(shí)話心有不甘，因?yàn)閺耐陡宓浇邮斩己茼樌?，感覺(jué)自己完全可以往4分以上的雜志投稿試試（事后諸葛亮，成功就膨脹）。想歸想，即成定局，安之處之。來(lái)不及對(duì)這篇文章總結(jié)了，因?yàn)槲乙呀?jīng)發(fā)現(xiàn)了又一個(gè)可以寫(xiě)的點(diǎn)。我有個(gè)習(xí)慣，公共數(shù)據(jù)庫(kù)里的數(shù)據(jù)我會(huì)不定期（1~2個(gè)月）下載下來(lái)，看看更新了多少數(shù)據(jù)，是否有新字段更新。在第一篇文章成文投出去的那段時(shí)間里，我把導(dǎo)出來(lái)的數(shù)據(jù)字段認(rèn)真捋了一遍，發(fā)現(xiàn)每一個(gè)菌株的核酸序列型（ST）都根據(jù)原始序列被翻譯成氨基酸序列（The amino acid Sequence Types，aaSTs），也可叫肽序列型（peptide Sequence Type，pSTs）。利用這個(gè)信息可以將基因水平的聚類分析轉(zhuǎn)向表型水平的聚類分析。由于上篇文章已經(jīng)發(fā)現(xiàn)高分辨率的核酸序列水平的分型方法使副溶血弧菌表現(xiàn)出超高水平的遺傳多樣性， 且很多菌株無(wú)法聚類，孤立無(wú)援（singleton），或許利用pST聚類分析形成的克隆群更能接近副溶血弧菌真實(shí)的種群結(jié)構(gòu)。

翻閱文獻(xiàn)發(fā)現(xiàn)觀點(diǎn)確實(shí)算新，只有2013年《實(shí)用環(huán)境微生物學(xué)雜志》（Applied and environmental microbiology，Appl Environ Microbiol）雜志和2014年《BMC微生物學(xué)雜志》（BMC Microbiology，BMC Microbiol）雜志上的兩篇文章涉及這個(gè)話題，發(fā)揚(yáng)光大的重任看來(lái)又落在我身上了。接下來(lái)就是從數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選數(shù)據(jù)的問(wèn)題了，上一篇文章我選擇了全世界17個(gè)國(guó)家的STs數(shù)據(jù)進(jìn)行了分析，這次再?gòu)乃袊?guó)家篩選數(shù)據(jù)不免有重復(fù)使用數(shù)據(jù)的嫌疑，于是我縮小菌株來(lái)源范圍，決定只利用共享數(shù)據(jù)量最大的國(guó)家的數(shù)據(jù)分析，最大的現(xiàn)實(shí)和便利就是中國(guó)實(shí)驗(yàn)室向數(shù)據(jù)庫(kù)貢獻(xiàn)最大，提供的菌株最多，于是馬不停蹄從數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選出我國(guó)1990—2014年分離的臨床菌株，背景信息完整的一共218株，有了剛剛發(fā)表的那篇論文的基礎(chǔ)，行文套路已是駕輕就熟，利用STs和pSTs分析對(duì)218株菌進(jìn)行了聚類和進(jìn)化比較分析。1個(gè)月成稿，歷經(jīng)兩次投稿，于2015年4月份在《微生物學(xué)前沿雜志》（Frontiers in Microbiology，F(xiàn)ront Microbiol）（當(dāng)年影響因子3.989）上發(fā)表。

然而，對(duì)于下一步“拿來(lái)”的想法，我已經(jīng)感覺(jué)到壓力的存在了，原因來(lái)自兩點(diǎn)。①剛剛這篇文章最初投稿時(shí)，第一個(gè)雜志的editor直接就拒了，原因第一條就是我沒(méi)有任何自己的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，原話是“there is none of experimental data，and the sequence data are directly obtained from the public MLST database”。這是我的“死穴”，我也沒(méi)辦法。②以高通量測(cè)序?yàn)槭侄蔚娜蚪M水平遺傳多態(tài)性分析初露苗頭，勢(shì)頭就很勁猛。該技術(shù)挖掘信息的全面性和超高水平分辨率，讓現(xiàn)行常用的細(xì)菌分子分型方法（ERIC-PCR、PFGE、MLST、MLVA等）的劣勢(shì)盡顯無(wú)遺，以核心基因組多位點(diǎn)序列分型（cgMLST）的文章潮水般涌來(lái)，再做單純的MLST分析在國(guó)外期刊上已無(wú)賣點(diǎn)，必須尋找改變。

既然單純的MLST走不通，我的目光就轉(zhuǎn)向大流行克隆。我的初衷是做個(gè)系統(tǒng)性綜述，模仿2007年Clinical microbiology review上的那篇綜述對(duì)2007年后的大流行株的傳播分布進(jìn)行更新，但細(xì)細(xì)研讀了這篇文章后我發(fā)現(xiàn)我做不來(lái)，原因也是兩個(gè)：①很多機(jī)理機(jī)制的內(nèi)容我不會(huì)（我接觸的基礎(chǔ)研究很少，聽(tīng)到信號(hào)通路和上下游、上調(diào)下調(diào)的概念就一臉懵，打心里不喜歡這些東西）；② 我名不見(jiàn)經(jīng)傳，沒(méi)有任何基礎(chǔ)突然搞出個(gè)綜述投出去99%沒(méi)人要。那么既要對(duì)大流行克隆做流行分布的綜述，又不要落入綜述性文章的行文套路中，我想出的方法是以系統(tǒng)綜述（systematic review）的檢索策略收集原始數(shù)據(jù)做成原創(chuàng)性文章（original research）。也就是通過(guò)在各大文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)嚴(yán)格檢索文獻(xiàn)，然后按照我預(yù)設(shè)的字段如“菌株編號(hào)”“來(lái)源”“檢出時(shí)間”“血清型”“毒力基因”“耐藥性”“序列型”等，把每一篇相關(guān)文獻(xiàn)里的大流行克隆菌株原始信息提出來(lái)整合在一張Excel表中，我管它們叫作“個(gè)體菌株數(shù)據(jù)”（individual isolate data）。

檢索永遠(yuǎn)是一個(gè)痛苦的過(guò)程，為了防止干擾，在檢索過(guò)程中，我不管原文寫(xiě)了什么樣的內(nèi)容，得出了什么樣的結(jié)論，只管文章里有沒(méi)有我想要的菌株信息，相同實(shí)驗(yàn)室或者同一作者的不同文章有沒(méi)有數(shù)據(jù)重復(fù)。整個(gè)檢索過(guò)程花了3個(gè)月，我對(duì)檢索到的幾百篇文章逐一篩選，最后從39篇文章中提取了263株有效大流行株，來(lái)自四大洲的22個(gè)國(guó)家，整理好后作為我的原始數(shù)據(jù)。然后我以大流行株在不同國(guó)家（地區(qū)）的流行、血清型與序列型的關(guān)系、大流行株的遺傳多樣性分析為論點(diǎn)成文。然后毫不猶豫地繼續(xù)投給在微生物領(lǐng)域雜志中全球引用次數(shù)排在第二位的Front Microbiol，這個(gè)雜志最大的優(yōu)點(diǎn)就是采用交互式的論壇評(píng)審回復(fù)模式，審稿速度特別快，一般一個(gè)月就能收到評(píng)審意見(jiàn)。2016年4月份文章被接收，當(dāng)年IF=4.162。

因?yàn)楦冻隽耸值呐?，我一直?jiān)信自己寫(xiě)的東西是有意義的。2017年6月13日，我收到了Front Microbiol雜志的通知，我發(fā)在該雜志上的這兩篇文章同時(shí)被選入該雜志以“Applications of STEM（Science，Technology，Engineering and Mathematics）tools in microbiology of infectious diseases”為主題的電子書(shū)上，這是對(duì)我工作的又一次充分肯定。

2016年2月份在Front Microbiol雜志上有學(xué)者發(fā)文，鼓勵(lì)科研人員以致病性和大流行副溶血弧菌的生態(tài)學(xué)、毒力和檢測(cè)相關(guān)研究（editorial：ecology， virulence，and detection of pathogenic and pandemic vibrio parahaemolyticus）作為研究主題（research topic）開(kāi)展研究，這對(duì)副溶血弧菌感染的防控和毒力機(jī)制的闡明具有重要意義。我對(duì)這個(gè)話題很重視，這說(shuō)明大流行株仍然是當(dāng)今的熱點(diǎn)問(wèn)題，且在我剛剛發(fā)表的一文中，沒(méi)有針對(duì)中國(guó)的菌株做特別的分析闡述，所以決定趁熱打鐵彌補(bǔ)這一缺憾。再施“拿來(lái)”之策，檢索各大文獻(xiàn)庫(kù)（中、英文均要），并最終從19篇文章中得到可以用到的個(gè)體菌株數(shù)據(jù)。走與上一篇文章大致的套路，但是論點(diǎn)里增加了不同序列型大流行株的耐藥性比較分析，在耐藥性問(wèn)題上升為全球公共衛(wèi)生問(wèn)題的今天，這或許就是個(gè)亮點(diǎn)。成文后于2017年3月份投向《細(xì)胞和感染微生物學(xué)前沿》（Frontiers in Cellular and Infection Microbiology，F(xiàn)ront Cell Infect Microbiol），5月被接收，當(dāng)年影響因子5.218。

這就是工作后的科研經(jīng)歷，一個(gè)想法，一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，無(wú)數(shù)條參考文獻(xiàn)， 支撐了我3年，完成了4篇SCI，最后終于上5分。一路走來(lái)，一步一個(gè)腳印，我在默默地堅(jiān)持著那個(gè)最初的想法，拿別人的柴煮自己的粥，雖然辛苦但自給自樂(lè)。在此再給大家開(kāi)個(gè)小灶，煮上幾碗“雞湯”，繼續(xù)與各位分享。

（1）文章中數(shù)據(jù)的使用不要怕重復(fù)，對(duì)筆者團(tuán)隊(duì)來(lái)說(shuō)收集數(shù)據(jù)非常不易，所以要用盡、用透。不同的文章是可以用相似甚至重復(fù)的原始數(shù)據(jù)的， 只要出發(fā)點(diǎn)不同、角度不同就會(huì)有人欣賞。例如，筆者第一篇發(fā)表在Front Microbiol文章中的原始數(shù)據(jù)其實(shí)一部分在PLoS One上已用過(guò)，投稿形式審查時(shí)編輯就給我提出了一個(gè)問(wèn)題，請(qǐng)我解釋清楚兩篇文章數(shù)據(jù)使用問(wèn)題[原話：in a previous paper by the authors（Han et al，2014）189 sequences from China were already analyzed. Are there any of these included in the database analyzed here? If so，is it justified to publish a separate paper with a subset of the population already analyzed using the same approach? Please justify]。筆者很認(rèn)真地回復(fù)了在新文章中增加的討論點(diǎn)（pST），而且強(qiáng)調(diào)了兩篇文章的出發(fā)點(diǎn)和目的不同，編輯對(duì)我的回答是非常認(rèn)可的。

（2）想法要與時(shí)俱進(jìn)，適時(shí)改變，少做無(wú)用功。腦子里出現(xiàn)一個(gè)想法， 要回答三個(gè)問(wèn)題才可使用：為什么這個(gè)想法有必要？目前的研究現(xiàn)狀是什么？這個(gè)想法實(shí)施后什么問(wèn)題能夠得到解決？就像我舍棄了繼續(xù)利用pubMLST數(shù)據(jù)庫(kù)做文章的想法，以后是全基因組測(cè)序的時(shí)代，像MLST和MLVA等基于幾個(gè)基因測(cè)序開(kāi)展進(jìn)化分析的研究將不再是主題，盡管龐大的MLST數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)還可以做很多方面的分析，比如做不同來(lái)源（環(huán)境、臨床或爆發(fā)）菌株的分子分化、變異變遷的比較分析，但我感覺(jué)投SCI雜志，上3分很難。我的下一目標(biāo)是收集副溶血弧菌的全基因組數(shù)據(jù)，且我現(xiàn)在已經(jīng)在學(xué)習(xí)和熟悉各種基因組序列分析軟件的路上了。

（3）說(shuō)說(shuō)投稿，上面我沒(méi)仔細(xì)講投稿的事情，其實(shí)沒(méi)那么輕松，比如我上學(xué)時(shí)的那篇文章，先后投了6個(gè)雜志最后才被《兒科傳染病雜志》接收。不過(guò)我從沒(méi)灰心過(guò)，我對(duì)編輯和審稿人的每一個(gè)問(wèn)題都會(huì)認(rèn)真回答。我認(rèn)為認(rèn)真閱讀每個(gè)問(wèn)題并嘗試著回復(fù)修改，這本身就是一個(gè)快速提高的過(guò)程。我敢說(shuō)我們周圍肯定有很多人投稿被拒時(shí)，不會(huì)認(rèn)真看拒稿原因，更不會(huì)去修改原稿， 而是罵上一句運(yùn)氣真背，繼續(xù)將原稿投向另外一個(gè)雜志。我不贊同這樣的做法，我認(rèn)為每一個(gè)反饋意見(jiàn)對(duì)我們都很重要，能夠幫助我們權(quán)衡我們的研究是否真正存在問(wèn)題，是否需要改進(jìn)。

除了對(duì)待專業(yè)問(wèn)題的態(tài)度，最大的問(wèn)題是語(yǔ)言問(wèn)題，如果你的目標(biāo)在3分以上的雜志，那么別猶豫，請(qǐng)把你的文章原稿拿給英語(yǔ)真正厲害的人幫著修改。不要抱著試試看的態(tài)度先投出去，否則你有可能形式審查都通不過(guò)，我第一篇文章投的雜志有兩個(gè)都給我直接拒了，讓我先潤(rùn)色再投。

以上是我對(duì)整個(gè)科研生涯的回顧和小結(jié)，自學(xué)領(lǐng)域里個(gè)人觀點(diǎn)不免會(huì)出現(xiàn)主觀偏見(jiàn)，甚至錯(cuò)誤，請(qǐng)多諒解。其實(shí)很多時(shí)候，我非常羨慕那些在導(dǎo)師的引領(lǐng)下，手頭上有自己實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的人，但是在被下一個(gè)導(dǎo)師認(rèn)領(lǐng)前，我會(huì)堅(jiān)定踐行“拿來(lái)主義”，延續(xù)自己的科研夢(mèng)。

大數(shù)據(jù)之父舍恩伯格說(shuō)“大數(shù)據(jù)的核心要義在于共享”。在如今大數(shù)據(jù)研究背景下，全球都在強(qiáng)調(diào)資源共享，開(kāi)源性期刊越來(lái)越多，所以公共數(shù)據(jù)的獲取也會(huì)越來(lái)越方便，只要我們做個(gè)有心人，“拿來(lái)”的只會(huì)越來(lái)越多，越來(lái)越好。

不付十年寒窗苦，哪得梅花一徑香。普通大眾沒(méi)有誰(shuí)比誰(shuí)更聰明，要出人頭地完全取決于比周圍人多一分的刻苦和堅(jiān)韌，哪怕多那么一點(diǎn)點(diǎn)。

話說(shuō)回來(lái)，科研這東西，沒(méi)有SOP（標(biāo)準(zhǔn)操作程序），有想法就玩兒，別猶豫，配上點(diǎn)抗打擊能力，干就完了！

最后送大家打油詞一首，與各位斗士共勉：

江城子·科研之路

科研探索路茫茫，無(wú)思想，難成章。

挑燈夜讀，孤寂勿聲揚(yáng)。

緊抱文獻(xiàn)一篇篇，廢寢食，樂(lè)鉆研。

夙興夜寐搞實(shí)驗(yàn)，求知路，逆境天。

無(wú)懼失敗，起身扛孤單。

待到成果香滿園，身心淚，付云煙。

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