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在座的科研大牛，你們千辛萬苦地做出來了實驗結果，該怎樣展現(xiàn)給別人看呢？高顏值的SCI圖片怎么弄呢？有秘訣嗎？下面小編將介紹一些組合SCI圖片所用的軟件及其操作流程。 什么是圖像呢？ 圖像是一個數(shù)組或矩陣，由方形像素按列和行排列起來。我們常見的圖像有黑白圖像和彩色圖像。黑白圖像（灰度圖像）矩陣元素的取值范圍通常為【0, 255】?！?”表示純黑色，“255”表示純白色，中間的數(shù)字從小到大表示由黑到白的過渡色。而彩色圖像有24位色深=16 million種顏色。 數(shù)字化圖像數(shù)據(jù)有兩種存儲方式：矢量圖和位圖 常見的圖像格式有三種： GIF，256色，壓縮后不易損壞圖像質量，多數(shù)用在網頁上。 JPEG，經過壓縮后容易損壞圖像質量，多數(shù)也是用在網頁上。 TIFF，標準的24位的格式，用LZW壓縮，不容易損壞圖像質量。所以大多期刊都接收TIFF格式的圖片。 顏色模式通常分為兩種： RGB模式，它分別用紅（R）、綠（G）、藍（B）三原色的組合來表示每個像素的顏色。 CMYK模式: CMYK代表印刷上用的四種顏色，C代表青色（Cyan），M代表洋紅色（Magenta），Y代表黃色（Yellow），K代表黑色（Black）。CMYK模式是最佳的打印模式。用CMYK模式編輯雖然能夠避免色彩的損失，但運算速度很慢。主要因為：1、即使在CMYK模式下工作，Photoshop也必須將CMYK模式轉變?yōu)轱@示器所使用的RGB模式。2、對于同樣的圖像，RGB模式只需要處理三個通道即可，而CMYK模式則需要處理四個。 權威期刊對SCI論文繪圖的原則要求 原則1、分辨率 這里所講的分辨率不是用相機拍照的總像素數(shù)，它的單位dpi（dot per inch），dpi代表了1英寸中的點數(shù)，通常不同期刊對論文配圖的要求都不一樣，一般情況期刊會有幾個方面的要求： line art（指黑白的矢量圖），要求最高，分辨率為1200 dpi。 halftone art（半色調圖像，顏色深淺有差別的灰度圖，如照片、圖畫等），要求最低，分辨率至少為300 dpi。大家在實驗階段時就要當心保存高分辨率的圖片，尤其是Western blot之類的照片。 combination art （halftone和line art的組合圖），要求的分辨率是600 dpi或以上。為避免上傳圖片時出現(xiàn)困難，請不要一味地追求高分辨率，分辨率太高導致圖片太大。 原則2、圖片格式 科技論文中常用的圖片格式有bmp、tif、wmf、emf、jpg等。對于矢量圖而已，一般建議用EPS格式保存圖片；halftone圖片的格式通常用TIFF、TIF或PNG格式即可。投稿時一般要求圖片要以獨立文件形式上傳。 BMP是位圖，保存方法原始，體積大，質量高。 TIF兼容性好，提供預覽圖，缺點是體積大，但它是論文支持最廣的圖形文件格式，印刷后清晰度特別好。 WMF和EMF是以一種矢量圖形格式，無論放大或縮小，圖形的清晰度不變，所需的存儲空間非常小。 JPG是一種常用的有損壓縮方案，用來壓縮存儲批量圖片，對于科技論文達到600 dpi即可。 原則3、圖片大小 雖然投稿階段沒有做出嚴格的要求，但是一旦文章接收后，印刷排版時就要引起注意了。一般情況下只對寬度做出調整就行，單幅（單欄）在8 cm左右，全幅（雙欄）在16 cm左右，不同期刊的要求略有差異。如SPRINGER出版社對圖片寬度的要求，雙欄在8.4 cm，單欄在17.4 cm，同時要求圖片高度<23.4 cm。 原則4、色彩要求（只針對彩圖） 至于配圖上色彩要求，估計大家會很少注意，有兩種情況：RGB用于數(shù)碼設備上；CMYK為印刷業(yè)通用標準，兩種情況對配圖色彩要求不盡相同，有部分期刊在文章處于accepted for publication時會要求作者把圖片轉為CMYK色彩。然而目前有很多期刊都是網絡版的（SCI-E），RGB圖的確比CMYK圖的效果更好，更清晰，更適合用在網絡上。由RGB轉為CMYK很容易，但是由CMYK轉為RGB就有點難了，圖片清晰度會有所下降。 特別要注意的是，盡量用白底的圖片，一定不要用黑底的圖。黑底圖很耗墨水量，所以在抓圖前將軟件的背景設置為白色是很有必要的。當你只能得到黑底的圖片（如條帶圖），可用Photoshop反相處理。 所以，平時作圖時最好保存RGB的圖，不論為了制作ppt報告，還是為了發(fā)表論文，RGB圖片要更合適一些。 原則5、圖片上的字體 一般作圖時，都需要在圖上加幾個字，以能更清晰表達出圖片的意思。多數(shù)期刊都能接受的字體是Arial、Helvetica、Calibri、Times New Roman。除此之外，還要注意圖上的字能不能清晰易見，不能弄得太小，否則審稿專家和編輯會看得很痛苦。多數(shù)期刊推薦的字體大小范圍是8-12 號。 總之，組圖的基本原則是：有意義、有層次、美觀、緊湊。 在正式組合成figure之前，一定要保存并分類好原始圖片、原始數(shù)據(jù)。對不同圖片可以分門別類放在不同指定的文件夾： 第1個文件夾：用以保存原始圖片，主要是拍照的圖片（如MRI、免疫組化圖等） 第2個文件夾：用以保存原始數(shù)據(jù)，主要是EXCEL文件。 第3個文件夾：用以統(tǒng)計數(shù)據(jù)，主要是SPSS數(shù)據(jù)文件。 第4個文件夾：用以保存軟件作圖文件，主要是SPSS、GraphPad、AI、sigmaplot等，返修時可以隨時用來修改原始數(shù)據(jù)。 當你組合完figure后，也可創(chuàng)建一個用以保存最終數(shù)據(jù)的文件夾，主要有手稿、PPT、投稿版圖片，以便日后返修時可以用。 論文配圖上的文字內容
論文配圖篩選原則
事不宜遲，下面我們一起來學習各種作圖軟件吧。 我們做科學論文時，最常用的作圖軟件主要有Photoshop、PowerPoint、Origin、GraphPad等，你們都會用了嗎？ 一、MS PowerPoint PowerPoint是展示科學數(shù)據(jù)的首選工具，PPT在處理圖片上應該說是最容易操作的，小編也經常用PPT整理、組合SCI論文配圖。在PPT上組圖，圖片要以插入方式放在ppt上，千萬不要直接復制，否則很難保證原始圖片的分辨率。組合好圖片后，可直接另存為PDF文件，然后將PDF導出為TIFF、JPG或PNG格式，同時還可自定義設置整張圖片的圖片分辨率。 PPT上的圖片輸出接口JPEG、TIFF、PNG等。 下面演示一下組圖的過程。 1、當你把同一主題的數(shù)據(jù)圖都排列好之后，一般只引用到PPT自帶對齊方式，選中“插入圖片”→“圖片格式”→“對齊”→“對齊所選對象”→“頂部/底部對齊”→“橫向/縱向分布”，整體調整即可。 2、全選所有圖片，“圖片格式”→“組合”，即可完成。
二、Adobe Photoshop Photoshop是圖片處理界的老大，功能強大，但科技論文一般只用到它的部分功能，如調節(jié)圖片大小、亮度、對比度、銳度、柔和度，或顏色反向等。 Photoshop的圖片輸出接口有TIFF、PNG、JPEG。
PS相信大家都熟悉，下面我們用PS演示把電泳圖組合的過程。 使用的軟件版本：Adobe Photoshop v14.0 安裝PS軟件可以到Adobe官網下載程序包，安裝好后就能使用了。 1、當你跑完電泳后，如果拍出來的條帶圖都是黑色背景，那先在PS反相調為白底。插入所選條帶圖→圖像→調整→反相。
2、把每張黑底的條帶圖都調為白底后，接下來進行排列，如要比較不同蛋白基因的表達量，可以這樣排列。
3、把數(shù)據(jù)圖組合好之后，就是要設置圖像分辨率和寬度大小了，圖片大小取決于分辨率和尺寸。對于科技論文來說，一般選寬度為16 cm（二欄），分辨率300 dpi（照片）或混合圖（600 dpi）。選中“圖像”→“圖像大小”，彈出對話框后，“寬度”填上16，注意單位是厘米，分辨率填300。
4、設置好圖像大小參數(shù)后，就要保存圖片了。選中“文件”→“存儲為”→“保存類型”選中tiff/PNG→按“保存”確認。
三、Image Pro Plus Image-Pro Plus是一款功能強大的2D和3D圖像處理、增強和分析軟件，具有異常豐富的測量和定制功能。是世界最頂級的圖像分析軟件包。 作為鼎鼎大名的Image-Pro 軟件系列中功能最強大的成員之一，它包含了異常豐富的增強和測量工具，并允許用戶自行編寫針對特定應用的宏和插件。 IPP軟件主要應用領域 熒光成像，共聚焦顯微技術，血細胞計數(shù)，病理學，神經追蹤，工業(yè)檢測，質量控制，材料分析，表面分析，刑偵等各種科研、醫(yī)學與工業(yè)的應用。 IPP軟件的功能 1、快速圖像采集功能：用簡單程序化的方式控制復雜的顯微鏡操作，保證實驗結果的準確性和可重復性； 2、圖像處理功能：彩色合成、圖像縫合和拼接、圖像增強、熒光查找表和圖像覆蓋層以及圖像標注等； 3、圖像測量功能：自動計數(shù)和測量對象、面積，周長，長度，圓度，橢圓長短軸，中心點，目標中小孔數(shù)，目標集聚密度等50多個參數(shù)的測量、自動定義閾值分割等等。 4、測量結果展示：轉換動態(tài)數(shù)據(jù)，將測量結果輸出至統(tǒng)計或列表程序；以測量的數(shù)據(jù)、直方圖、散點圖等顯示結果等。 IPP軟件的系統(tǒng)要求如下： Window XPpro或以上版本、電腦運行速度750 MHz以上，1G RAM，20GB內存。 IPP軟件的安裝 1、先到media Cy官網下載IPP軟件包
https://www./imageproplus 2、解壓后，找到ipp中的start.exe程序文件，然后進行安裝，如圖。
既然要處理圖片，當然首先要打開一張待處理的圖片。下面演示一下選取AOI操作過程。
這張照片中的黃色部分是免疫組化染色的陽性表達成分。處理目標是通過測量圖片中黃色部分的'黃'度來反映相應蛋白表達的的'量'。 對該圖片進行觀察，可以看到圖片中主要有三種主要顏色，一是染成藍色的細胞核，二是呈現(xiàn)出黃色的胞漿，三是細胞間的空隙區(qū)域，呈現(xiàn)出淺藍色，是為背景。 首先要把圖片中呈現(xiàn)黃色的區(qū)域給挑選出來，然后才是測量這些挑出來的區(qū)域的各種測量參數(shù)，如面積、平均半徑、周長、光密度等等。這部分需要挑出來進行測量的區(qū)域是我們最感興趣的地方，叫作AOI(area of interest)。AOI是IPP中最有用最重要的概念。如何能夠準確地選取AOI就是使用IPP的關鍵操作。 在IPP程序里，可以通過設置顏色范圍讓電腦來幫助你選擇這些不規(guī)則區(qū)域，這樣的選擇就準確多了。可以說，使用IPP的要點就是靈活地使用各種AOI工具準確地把那些需要測量的區(qū)域給挑選出來。 對不同的圖片，需靈活地使用各種適當?shù)腁OI工具，先用最簡單的，當然，簡單的工具只能作簡單的事，就這張圖片來說，用簡單工具選黃色有點困難，我們先用它來選擇藍色的細胞核吧。 1、點擊measure→count/size，彈出分類測量窗口。
2、在窗口中選中manual,再點擊select color,彈出顏色選擇窗口segmentation
3、對于目標顏色鮮明的圖片，點一下吸管圖標，在目標區(qū)域點一下，就可以選中該點的顏色，可以在未選中的地方接著再點，這樣多次選取，直到把想選中的區(qū)域全部選中為止。在這張示例圖中，選中的藍色細胞核部分被標上了紅色。用紅框圈起來的四個工具按紐分別是:吸管、撒消上一步操作、橡皮擦、全部清除。圖片中被標上紅色的區(qū)域被定義為一個class,其中每一個獨立的小區(qū)塊被定義為這個class中的一個object。以此圖為例，圖中深藍色的部分是細胞核，因此所有的細胞核都被選中成一個class，其中每一個細胞核就是一個object。
4、選取完AOI后，點擊close回到count/size窗口，下一步就可以對選中的object進行測量操作了。點擊count/size窗口中的measure菜單，點select measure。 最常用的測量有: area面積、density(mean)平均光密度、diameter直徑、IOD(integratedoptical density)累積光密度。 在相應的項目上點一下，該測量項目就被選到中間的窗口中了，同時關于該測量的詳細說明會顯示在最右邊。如果想取消某個已選中的測量項目，則在左邊窗口中該項目上再點擊一下就可以了。
選好了待測量的區(qū)域，也指定了測量項目，就可以進行測量統(tǒng)計了，點擊一下測量選擇窗口的OK紐，關閉這個窗口，就回到了count/size窗口，再點擊一下count按紐，就可以看到程序在進行測量，稍等幾秒鐘即可讀取測量數(shù)據(jù)。 5、分別點擊count/size窗口中view菜單中的measurement data和statistics，就分別彈出這兩個數(shù)據(jù)窗口。前者是這個class中每一個object的測量數(shù)據(jù)，后者是這些測量數(shù)據(jù)的統(tǒng)計參數(shù)，如總數(shù)、平均值、累加、標準差等。本例中得到的就是每個細胞核的面積、平均光密度值、直徑、累積光密度值。統(tǒng)計數(shù)據(jù)則可得到這張圖片中所有細胞核的平均面積、平均光密度值，平均直徑、累積光密度值，當然還有細胞核的數(shù)目，就是所有object的數(shù)目。
在這個示例圖片的統(tǒng)計數(shù)據(jù)中，samples為圖中所有細胞核的個數(shù)。第一列為area,其中的Mean值為各個核的平均面積，后面就是平均灰度、平均直徑，這些是有意義的測量統(tǒng)計數(shù)值。但IOD卻是SUM值更有意義。 另，當要轉換圖像intensity格式時，在默認的intensity格式中，灰度越大則數(shù)值越小。實際上我們測量的染色強度是光密度，染色越深，光密度值越大。 轉換光密度單位的方法是，首先點擊：measure→carliberation→intensity，調出intensity校正窗口。然后在窗口中點new按紐，再點一下下面的std opticaldensity選項，這時可以看到窗口中的直線變成了反向的曲線。然后還要點一下最上面的system按紐。最后點擊close關閉窗口。這樣就把程序系統(tǒng)的灰度單位轉換成了光密度單位。
測量數(shù)據(jù)轉入EXCEL處理起來最方便。只要在數(shù)據(jù)菜單中點file -DDE to EXCEL。數(shù)據(jù)就傳到EXCEL的sheet1里去了。 IOD=density(mean)﹡Area density反映了陽性蛋白的濃度或強度，但IOD能反映選定區(qū)域的蛋白表達總量。 選取完AOI后，接下來講解如何校正光密度OD值。 OD值是指吸收光學物質的光學密度。它與該物質的物理密度應該是線性相關的。OD值與透過它的光強之間的關系符合朗伯-比爾定律，是指數(shù)關系。當OD值等于0的時候，對光線無吸收，透射率100%。對應照片上最亮的部位，白色，gray=255。當OD值等于無窮大的時候，會吸收全部光線，透射率為0。對應照片上最黑的部位，gray=0。 在未進行intensity校正的情況下，IPP用的是gray灰度單位。淺色處灰度值大，深色處灰度值小。這樣測出的density數(shù)值是染色深的陽性區(qū)域數(shù)值小，染色淺的背景區(qū)域數(shù)值大。這就帶來了極大的不方便，很容易就出現(xiàn)錯誤。 當我們使用IOD(累積光密度=area * density_mean)表達切片上陽性物總量時，如果錯用了灰度值。IOD的數(shù)值與染色深淺就成了負相關，也就是染色越深，IOD反而更小，但同時，面積越大，IOD仍然越大，這個錯誤的IOD值就根本不能反映'照片上陽性物質總量'了。 因此在做光密度分析時必須對程序系統(tǒng)的光密度值進行轉換，從灰度數(shù)值轉換為光密度數(shù)值單位。 校正光密度的具體方法如下： 1、先打開一張圖片，選中measure→calibration→intensity。 2、點窗口里的new按紐，新建一個calibration set，在下面點擊std optical density。再點一下左上方的system按紐。 3、點擊close，完成了第一層水平的光密度校正。以后進行光密度分析時，使用的單位就是真正的optical density了。測量的光密度數(shù)值與樣品濃度呈正比關系。 4、進一步的校正應該是對'白'點與'黑'點進行定標。定黑點時需要有標準點?？梢栽谇衅咸黄谖矬w，作為標準，或者是定量濃度的樣品點，可指定其為濃度的單位。這一點往往作不到。不作也罷。測個相對值就是了。 定白點實際上就是扣除空白、扣除背景。把圖片上最淺的地方定義為OD=0每張照片上這個值都不會一樣的。 5、點option按紐，在彈出的小窗口里有black與intensity兩個設置。black就讓它為零。點intensity旁邊的image按紐，到圖片上最'白'的地方點一下，看看值是多少，最好在一組照片的每一張最白處都點一下，看看它們的值相差多少。然后選其中最大的數(shù)值填入。OK后可以看到光密度曲線的終點由255變成了你填入的值。
這里給個實例圖片輔助講解， 這里有一組八張照片，左邊四張是陰性，右邊四張是陽性。陽性樣品切片染色深。
optical density 1a 400 density mean = 0.06397654 IOD sum = 20145.209 陽性 1b 400 density mean = 0.08162043 IOD sum = 31614.428 陽性 1c 401 density mean = 0.0463396 IOD sum = 19741.533 陽性 1d 401 density mean = 0.0569243 IOD sum = 22324.918 陽性 2a 400 density mean = 0.04021387 IOD sum = 7237.6157 陰性 3a 400 density mean = 0.0427474 IOD sum = 5851.5864 陰性 4a 400 density mean = 0.03572424 IOD sum = 6247.9492 陰性 4b 400 density mean = 0.02794417 IOD sum = 5908.3018 陰性 P= 0.033001713 P= 0.008077167 gray level 1a 400 density mean = 164.25151 IOD sum = 21893180 陽性 1b 400 density mean = 154.83362 IOD sum = 24106100 陽性 1c 401 density mean = 173.0679 IOD sum = 24422198 陽性 1d 401 density mean = 170.82968 IOD sum = 22868880 陽性 2a 400 density mean = 180.78764 IOD sum = 24721144 陰性 3a 400 density mean = 180.44046 IOD sum = 18576882 陰性 4a 400 density mean = 210.87852 IOD sum = 16926544 陰性 4b 400 density mean = 188.02229 IOD sum = 19494658 陰性 P= 0.034035015 P= 0.135092458 用校正過的optical density測量數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計分析，density mean的差異，P小于0.05。而IOD的差異，P小于0.01。結論是兩組照片有顯著性差異。 用未經校正的graylevel的測量數(shù)據(jù)來分析，densitymean的差異，P值小于0.05，數(shù)值上略有差別。但IOD卻變得沒有差異了! 校正好光密度值后，就可測量免疫組化的光密度啦。 操作前，有幾點應要注意的： 第一，所有照片必須在完全同樣的顯微鏡條件下拍攝，在更換樣品時，除了調整焦距和視野外，顯微鏡上的其他部件都不能動！所有的樣品必須一次拍攝完全。特別是在拍攝過程中，不要一會用高倍鏡，一會用低倍鏡，來回切換物鏡。當然，在使用高倍鏡時對焦及尋找視野會稍麻煩一點，但也沒辦法。保持各張切片的拍攝條件一致更重要。 第二，如果用數(shù)碼相機，必須設置為手動曝光，并且保持每張照片用同樣的曝光條件，同樣的曝光時間，同樣的光圈。特別要注意的是，一定要將數(shù)碼相機的自動白平衡功能給關掉。 第三，免疫組化切片一般染色不太深，因此拍攝出的照片顏色較淺，就讓它淺。拍攝出的照片中空白部位應盡可能呈現(xiàn)純白色。測量其灰度應在230-240之間。如果呈現(xiàn)淡藍色，一般是相機自動白平衡在起作用。另外一個因素是顯微鏡燈光電壓不正確。要使燈光本身的色溫正確。既不偏黃，也不偏藍。 測量免疫組化圖的光密度的操作流程如下： 1、先打開一張圖，做好光密度校正。 2、點擊intensity calibration窗口后，選std option density，并點option按紐，在彈出的窗口里點insident旁邊的image按紐。 3、彈出第三個窗口后，將鼠標移到圖片的空白處點一下，就可以看到current value的值會顯示出點擊部位的灰度值。白色的背景能達到250左右，而拍得較暗的照片或者背景偏藍的照片則只有200甚至更低。 較正背景的值會在曲線的X軸端中表現(xiàn)出來。
四、GraphPad Prism GraphPad是一款專注于科學研究的圖像處理軟件。它側重于做統(tǒng)計學數(shù)據(jù)分析，包括非線性回歸、t檢驗、非參數(shù)比較、方差分析、生存分析等。它還可把數(shù)據(jù)圖組合成具有出版質量的圖片。GraphPad 是科學分析、統(tǒng)計、作圖的首選工具。 GraphPad Prism 是一款高效易用的科研繪圖工具，它可以將科學圖形、綜合曲線擬合（非線性回歸）、可理解的統(tǒng)計數(shù)據(jù)、數(shù)據(jù)組織結合在一起。GraphPad Prism 最初是為醫(yī)學院校和制藥公司的實驗生物學家設計的，尤其是藥理學和生理學的生物學家。Prism 現(xiàn)在被各種生物學家以及社會和物理科學家廣泛使用。超過110個國家的超過20萬名科學家依靠 Prism 來分析，繪制和展示他們的科學數(shù)據(jù)。它也被本科生和研究生廣泛使用。 GraphPad軟件的系統(tǒng)要求，均可在mac或Window系統(tǒng)上運作。
https://www./scientific-software/prism/ 軟件的功能 （1）有效地組織數(shù)據(jù) 與電子表格或其他科學圖形程序不同，有八種不同類型的數(shù)據(jù)表，專門為您要運行的分析而格式化。這樣可以更輕松地正確輸入數(shù)據(jù)，選擇合適的分析并創(chuàng)建令人驚嘆的圖形。 （2）執(zhí)行正確的分析 避免統(tǒng)計術語。在清晰的語言中，提供了廣泛的分析庫，從常見到高度特異性非線性回歸，t檢驗，非參數(shù)比較，單因素，雙因素和三因子方差分析，列聯(lián)表，生存分析等等。每個分析都有一個清單，以幫助您了解所需的統(tǒng)計假設，并確認您已選擇適當?shù)臏y試。 （3）隨時隨地獲得可操作的幫助 Guides訪問數(shù)千頁。瀏覽圖表產品組合，了解如何制作各種圖表類型。教程數(shù)據(jù)集還可幫助您了解執(zhí)行某些分析的原因以及如何解釋結果。 （4）一鍵式回歸分析 沒有其他程序有簡化曲線擬合。選擇一個方程式，該軟進行曲線的其余擬合，顯示結果和函數(shù)參數(shù)表，在圖形上繪制曲線，并插入未知值。 （5）專注于您的研究，而不是您的軟件 無需編碼。圖表和結果會實時自動更新。對數(shù)據(jù)和分析的任何更改 - 添加遺漏數(shù)據(jù)，省略錯誤數(shù)據(jù)，更正拼寫錯誤或更改分析選擇 - 都會立即反映在結果，圖形和布局中。 （6）無需編程即可自動完成工作 減少分析和繪制一組實驗的繁瑣步驟。通過創(chuàng)建模板，復制系列或克隆圖表可以輕松復制您的工作，從而節(jié)省您數(shù)小時的設置時間。使用Magic一鍵單擊，對一組圖形應用一致的外觀。 （7） 無數(shù)種自定義圖表的方法 專注于數(shù)據(jù)中的故事，而不是操縱您的軟件。它可以輕松創(chuàng)建所需的圖形。選擇圖形類型，并自定義任何部分 - 數(shù)據(jù)的排列方式，數(shù)據(jù)點的樣式，標簽，字體，顏色等等。定制選項是無止境的。一鍵導出出版物 - 質量圖 （8）減少發(fā)布時間 它允許您自定義導出(文件類型，分辨率，透明度，尺寸，顏色空間RGB / CMYK)以滿足期刊的要求。設置默認值以節(jié)省時間。 （9）加強協(xié)作 分享超過您的圖表。軟件對您數(shù)據(jù)的全面記錄可以與其他科學家進行有效的合作。項目的所有部分(原始數(shù)據(jù)，分析，結果，圖形和布局)都包含在一個文件中，您只需單擊一下即可共享?，F(xiàn)在，其他人可以在每一步都輕松地完成您的工作，提高您的發(fā)現(xiàn)的清晰度并簡化您的協(xié)作工作。 下面以GraphPad Prism 6.0簡單演示一下操作。 1、打開空白頁。通常選擇“Enter and plot error values alreadycalculated elsewhere”，再點擊“create”。
2、完成上一步動作后就進入到主界面。在左側Table里輸入需要統(tǒng)計的數(shù)據(jù)。在table里每輸入一組完整數(shù)據(jù)，在graph里就自動生成相應的數(shù)據(jù)圖。右側顯示的是目錄。點擊Data tables后展示分析的數(shù)據(jù)集；點擊info后顯示數(shù)據(jù)的基本信息，并可新增一些備注描述；點擊results顯示生物統(tǒng)計分析結果；當錄入數(shù)據(jù)后，點擊graph后會初步生成一個統(tǒng)計圖；Layouts可以對多個圖表進行排版、并導出成圖片。
3、數(shù)據(jù)導入到table后，你可以選擇數(shù)據(jù)圖的類型，如下圖，點擊“change graph type”，這里我們選擇柱狀圖，plot則選擇“Mean with SD”。XY軸一般默認黑色。
4、在數(shù)據(jù)圖上，點擊標題、軸名、圖例，可以隨意改動名稱、字體和字體大小。在科技論文上，字體一般選用Arial，標題的字體大小選18號，軸名和圖例的字體用12號。
5、點擊insert，再點擊insert layout，在Arrangement of graph之下選最左側的方框，點擊OK即可。
6、把之前做好的每一張統(tǒng)計圖復制到graph里，然后在圖上右擊，選中“format graph”， 彈出的對話框中，Linking下方選擇“unlinked picture”，這樣后面即使插入其他不同數(shù)據(jù)圖，都不會出錯了。 除此之外，還可把WB圖、IHC圖等導入進來。點擊file→import即可。
7、拼好圖后，就可導出來。選中Export，在File format選TiFF格式，分辨率選擇600，寬度可任意輸入（一般用16 cm），輸入File name為Figure 1，再選取保存路徑，最后點擊OK即可。
五、Origin Origin是美國Microcal公司推出的數(shù)據(jù)分析和繪圖軟件，其特點是使用簡單，采用直觀的、圖形化、面向對象的窗口菜單和工具欄操作，全面支持鼠標右鍵和拖放式繪圖。
Originlab官網www.originlab.com Origin具有兩大功能：數(shù)據(jù)分析和繪圖。數(shù)據(jù)分析包括數(shù)據(jù)的排序、調整、計算、統(tǒng)計、頻譜變換、曲線擬合等功能。 Origin的繪圖是基于模板的，Origin本身提供了幾十種二維和三維繪圖模板。繪圖時只要選擇所需的模板即可。同時，Origin允許用戶自己定制模板，如數(shù)學函數(shù)、圖形樣式和繪圖模板等，也可用C、R語言編寫數(shù)據(jù)分析程序。 Origin是一款函數(shù)繪圖軟件，由OriginLab公司于1991年推出的較流行的專業(yè)函數(shù)繪圖軟件。Origin軟件有兩大主要功能：數(shù)據(jù)分析和繪圖。既可滿足一般用戶的制圖需要，又可滿足高級用戶數(shù)據(jù)分析、函數(shù)擬合的需要。 軟件的特點 操作簡便，只需點擊鼠標，選擇菜單命令就可完成大部分工作，獲得滿意的結果。而且，Origin是個多文檔界面應用程序。它將所有工作都保存在Project （*.OPJ）文件中。該文件可包含多個子窗口，如Worksheet，Graph，Matrix，Excel等。各子窗口之間是相互關聯(lián)的，可實現(xiàn)數(shù)據(jù)的即時更新。子窗口可隨Project文件一起存盤，也可單獨存盤，以便其他程序調用。 那如何用Origin做好一張圖，就要牢記9種技巧。 技巧一，善用模板主題繪圖 在一張做好的圖的空白處，點擊右鍵，選擇save format as theme。
重命名，并在Filters里挑選所要保存的格式（無所謂的同學請忽略），點擊OK，這樣我們的模板就保存完成了。
接下來我們通過一個具體的實例來學習如何調用模板主題快速作圖。首先，先做出一張草圖。
然后按F7，彈出Theme Organizers對話框，選中剛才保存的主題，點擊Apply Now，然后Close，即可。
技巧二、搭配使用Excel制作數(shù)據(jù)處理模板 以一張電化學圖的數(shù)據(jù)處理為例，原始數(shù)據(jù)的橫坐標需要將參比電極由SCE轉換為RHE，col(A)=col(A) 1.008，縱坐標需要將電流（A）轉換為電流密度（mA cm-2），col(B)=col(B)*1000/0.247。
打開一個Excel，將sheet1重命名為電化學，把原始數(shù)據(jù)復制到Excel里，然后另起一列選中E1單元格，輸入“=A1 1.008”，回車。
同理，在F1單元格中輸入“=B1*1000/0.247”，回車。然后鼠標左鍵框選E1和F1，并將鼠標放在右下角，待鼠標變?yōu)椤?”字時，按住左鍵拖至數(shù)據(jù)最后一行，保存Excel。
然后，如何使用Excel模板來處理數(shù)據(jù)。將原始數(shù)據(jù)導入Origin的book中，全選，復制。然后打開Excel模板，在A1單元格的位置上點擊右鍵，粘貼。此時，處理后的數(shù)據(jù)顯示在E列和F列，分別對應著原始數(shù)據(jù)中的A列和B列。選擇E列和F列，復制，粘貼回Origin里，就可以使用技巧一作圖了。
技巧三、修改Origin的默認初始格式 修改Origin的默認格式主要有兩方面，一個是修改繪圖默認格式，一個是修改字體等的默認格式。 在保存模板主題時，勾選set as system theme。以后每次plot都直接以保存的格式呈現(xiàn)。需要注意的是，保存模板所使用的圖和要保存的格式一定要確保準確無誤。
此時的坐標范圍格式就不要保存為系統(tǒng)主題了，當然如果保存了，也可以每次都使用Rescale按鈕使其重新調整刻度。
然后，是修改字體等的默認格式。點擊Tools，選擇Opinion。
在彈出的對話框里，text fonts標簽下，就可以修改字體、顏色、字號等Origin默認格式。
技巧四、快速設置book中的列為XYXYXY 鼠標移至表頭左上方，左鍵點擊，全選數(shù)據(jù)。
右鍵，選擇set as，一般選擇XY XY。
技巧五、Y-offset處理同類型數(shù)據(jù)繪圖 Book中的各列設置好XYXYXY后，全選數(shù)據(jù)，不要點擊作線圖，長按線圖工具欄里的第五個圖標，選擇stacked lines by Y offsets作圖（也可以通過依次點擊Plot，Y-offset/Waterfall，stacked lines by Y offsets實現(xiàn)）。
若要調整曲線間距，雙擊曲線，彈出對話框，點擊Offset標簽，此時顯示第一條曲線的Y軸偏移量為0，即不偏移。在左側點擊第二條曲線，此時可修改第二條曲線相對于第一條曲線的Y軸偏移量。同理，依次修改各條曲線的偏移量。點擊Apply，可隨時觀察是否偏移到合適的位置。
或者，可以直接用鼠標拖動要移動的曲線。單擊曲線，片刻后再次單擊要移動的那條曲線，這時就選中了該條曲線，可直接按住鼠標左鍵上下拖動。
技巧六、Merge功能組合復雜數(shù)據(jù) 以一張xps圖為例演示Merge的用法。先在不同的graph里單獨畫出要合并的圖，然后點擊Merge快捷按鈕。
在彈出的對話框中設置合并效果。在Graphs里設置要合并的圖以及順序，在Rows和Columns里設置如何擺放這些圖，show axes frame去掉一些多于的元素，因為是四張圖垂直排列，所以垂直方向間隙vertical gap設置為0，點擊ok。
刪掉多余的元素，美化后，就得到了一張組合圖Graph5。
技巧七、Origin工具欄快速調整字體和線條格式 繪圖過程需要調節(jié)最多的就是字體和線條的格式了，這時我們可以利用Origin提供的快速工具欄來方便調節(jié)它們。
利用Ctrl或鼠標左鍵框選多個同類別的對象，統(tǒng)一利用工具欄進行調整，可以快速準確地完成作圖。 技巧八、直接復制粘貼圖中的元素 盡管我們保存了很多模板主題，但仍然不能窮盡所有。然而有時候當我們發(fā)現(xiàn)已經有一張做好的Origin圖，打開它，那么它的每一個元素對象（選中，copy），以及它的格式（空白處右鍵，copy format），都可以被我們利用。 技巧九、直接刪除錯點 由于儀器環(huán)境等誤差，造成原始數(shù)據(jù)出現(xiàn)了異常的“跳點”，這些不正常的點應該直接刪去。
單擊曲線，片刻后單擊該點就可以選中這個點（如果一張圖li95175534有多條曲線，還要點擊一條曲線先選中該曲線，再選擇這條曲線上的點），然后右鍵，選擇Clear Point，可直接刪掉這個點，也可以選擇Edit Point來找到這個點。
應用實例，以下操作用Origin 8.5繪制 繪制簡單的線圖 導入 Graphing文件夾中的 AXES.OAT文件數(shù)據(jù)。 選中一列，單擊菜單欄命令Plot>Line，或2D Graphs工具欄的Line.
如圖所示，
繪制Y誤差圖 導入Curve Fitting文件的Gaussian.dat文件數(shù)據(jù)。選中一列將其設置為Y Error列，如圖。
單擊菜單命令【Plot】→【Symbol】一【Y Error】或2D Graphs工具欄的【Y Error】按鈕。
繪制垂線圖 導入Graphing文件夾中的 AXES .DAT文件數(shù)據(jù)，選中一列，單擊菜單命令【Plot】→【Symbol】→【Vertical Drop Line】或2D Graphs工具欄【Vertical Drop Line】按鈕。
繪制柱形圖 導入 Graphing文件夾中的AXES.DAT文件數(shù)據(jù)。選中一列，單擊菜單命令【Plot】→【Column/Bar/Pie】→【Column】或2D Graphs工具欄的【Column】按鈕。
繪制對壘柱形圖 導入 Graphing文件夾中的 Group.dat文件數(shù)據(jù)。選中一列，單擊菜單命令【Plot】→【Column/Bar/Pie】→【Stack Column】或2D Graphs工具欄的【Stack Column】按鈕。
繪制三角圖 三角圖主要用于描述X、Y、Z列所代表的量之間的比例關系，因此，理論上應滿足X Y Z=1。如果數(shù)據(jù)表中的數(shù)據(jù)沒有歸一化，Origin在繪圖時會自動歸一化。 導入 Graphing文件夾中的 Ternary 1.dat文件數(shù)據(jù)。選中一列將其類型設置為Z，單擊菜單命令【Plot】→【Specialized】→【Ternary】或2D Graphs工具欄上的【Ternary】按鈕。
繪制矢量XYAM圖 創(chuàng)建一個包含3個Y列的工作表。
選中A列,然后單擊菜單命令【Column】→【Set Column Values...】， 打開【Set Values】對話框,設置A列公式“cos(i-1)*2*pv50)”,范圍Row(i):“1To50”，然后單擊【Apply】。
單擊【>>】按鈕將B列設為要設置值的列，輸入公式“sin(i-1)*2*pi/50)'，范圍默認，然后單擊【Apply】按鈕。
依次將C列公式設置為“(i-1)*2*pi/50”，D列設置為”1”，然后單擊【OK】按鈕完成設置值。
選中B、C和D三列。 單擊菜單命令【Plot】→【Specialized】→【Vector XYAM】或2D Graphs工具欄上的【Vector XYAM】按鈕。
繪制矢量XYXY圖 1、創(chuàng)建一個包含兩對XY列的工作表。 2、選中A列,然后單擊菜單命令【 Column】→【 Set column Values...】，打開【 Set values】對話框,設置A列公式為“cos(i-1)*2*pi/50)”，范圍Row(i):“1To50”，然后單擊【Apply】按鈕。 3、單擊【>>】按鈕將B列設為要設置值的列，輸入公式“sin(i-1)*2*pi/50)”，范圍默認,然后單擊【 Apply】。 4、依次將C列公式設置為“1.2*cos((i-1)*2*pi/50)”，D列設置為“1.2*sin((i-1)*2*pi/50)”，然后單擊【OK】按鈕完成設置值。
5、選中A、B、C和D三列。 6、單擊菜單命令【Plot】→【Specialized】→【Vector XYXY】或2D Graphs工具欄上的【Vector XYXY】按鈕。
繪制含數(shù)據(jù)標簽的圖 1、導入Graphing文件夾中的3D Pie Chart.dat文件數(shù)據(jù)。 2、添加一個列，然后將B列數(shù)據(jù)復制到C列。 3、選中C列將其設置為標簽列。 4、選中B、C兩列，然后單擊菜單命令【Plot】→【Column/Bar/Pie】→【Bar】或2D Graphs工具欄上的【Bar】按鈕。
六、ImageJ ImageJ是一個基于JAVA的圖像處理軟件，由NIH開發(fā)?？蛇\行于Windows 10、Mac OS、Linux。ImageJ能夠顯示、編輯、分析、處理、保存8位~32位圖片，支持TIFF/PNG/GIF/JPEG/BMP等多種格式。ImageJ可以在一個窗口里以多線程的形式層疊多個圖像。ImageJ可打開任意多的圖像進行處理。ImageJ支持用戶自定義插件和宏。所以通常我們還可以同時安裝一個圖像處理包FIJI。
軟件下載鏈接 https://imagej./ij/download.html 在安裝ImageJ之前，留意下你電腦是否安裝了JAVA程序語言，因為ImageJ需要在JAVA環(huán)境下運行。
FIJI安裝包鏈接 https:/// 批量處理圖片的操作過程如下 1、打開Fiji軟件，Process>Batch>Macro進入批處理設置Batch Process窗口
2、Input：選擇原始圖片存放位置。 3、Output：選擇存放處理后圖片的文件夾。 4、Outputformat：選擇處理后圖片的保存格式。
5、Add macro code：選擇需要執(zhí)行的操作?？奢斎氚喾N操作的macro，即對成百上千張圖片進行同樣的處理。 應用實例 科研論文圖片中免疫熒光和免疫組化等圖片的基本要求必須有標尺，用以顯示物體的實際大小。所以接下來我們用ImageJ演示一下加標尺的步驟。 1、打開一張有標尺的圖片，使用MagnifyingGlass（放大鏡）工具放大標尺，使用直線工具Shift沿著標尺畫一條直線。
2、Analyze>Set Scale進入標尺設置界面。
直線的距離為77.3333pixels，已知距離是25μm，Unit of length為μm，Global對所有后續(xù)打開圖片有效，否則只對當前圖片有效，Scale為3.0933 pixels/μm，點擊OK可見圖片右上角顯示圖片的長寬單位為μm：
3、Analyze>Tools>Scale Bar給無標尺的圖片添加標尺。
依次設置標尺大小、外觀、字體、顏色、位置等。點擊OK就能方便的添加標尺了，如上圖添加了一個紅色的25μm的標尺。 如果你在實驗過程中忘記添加標尺了，也可用ImageJ添加。 1、本次使用軟件為ImageJ/Fiji?，F(xiàn)有一系列無標尺的同尺寸圖片，打開相同條件下獲得的有標尺的圖片，根據(jù)基本方法校正標尺，得到該標尺為4.65 pixels/μm：
2、Plugins-> Macros -> Record…錄制宏，Analyze -> Tools-> Scale Bar添加標尺，點擊Create創(chuàng)建宏：
3、將一系列無標尺的圖片放至無標尺文件夾，新建一個空的命名為有標尺的文件夾。Process -> Batch -> Macro進入Batch Process窗口。選擇輸入文件夾為無標尺文件夾，選擇輸出文件夾為有標尺文件夾。輸出圖片格式為TIFF，將錄制好的宏復制粘貼至下方文本框中，點擊Process進行批量添加操作：
打開有標尺文件夾，可見每張圖片均已添加了一個50 μm的標尺：
七、SPSS SPSS是由Standford大學的3位研究生于20世紀60年代末開發(fā)。1984年他們推出了世界上第一個統(tǒng)計分析軟件微機版本SPSS/PC ，開創(chuàng)了SPSS微機系列產品的發(fā)展方向，并廣泛應用于自然科學、技術科學和社會科學各領域。 SPSS也是世界上最早采用圖形菜單驅動界面展現(xiàn)出來，操作界面友好，輸出結果美觀。它將大部分功能以統(tǒng)一、規(guī)范的界面展現(xiàn)出來，只要用戶具備初步的統(tǒng)計學知識，就可方便使用該軟件。 SPSS的基本功能包括數(shù)據(jù)管理、統(tǒng)計分析、圖表分析、輸出管理等。其統(tǒng)計分析過程包括描述性統(tǒng)計、均值比較、一般線性模型、相關分析、回歸分析、對數(shù)線性模型、聚類分析、數(shù)據(jù)簡化、生存分析、時間序列分析、多重響應等幾大類。每個大類分為多個統(tǒng)計過程，比如將回歸分析分為線性回歸分析、曲線估計、Logistic回歸、加權估計、兩階段最小二乘法、非線性回歸等多個統(tǒng)計過程，每個過程允許用戶選擇不同方法和參數(shù)。為了方便結果的演示和輸出，SPSS也集成了專門的繪圖系統(tǒng)，可以根據(jù)數(shù)據(jù)繪制各種圖形。SPSS與SAS、BMDP并稱為國際上最有影響力的三大統(tǒng)計軟件，也是生物信息學研究中應用最廣泛的統(tǒng)計學軟件之一。
https://www.ibm.com/analytics/spss-statistics-software 我們用SPSS軟件可做出各式各樣的數(shù)據(jù)圖，包括條形圖、箱線圖、散點圖等。下面小編就為大家演示一下繪畫一個簡單箱線圖。簡單箱線圖常用來輔助研究者了解分類變量下連續(xù)變量的數(shù)據(jù)分布或檢測異常值，其中分類變量為無序或有序分類變量。簡單箱線圖常用來結合獨立樣本t檢驗，配對樣本t檢驗，單因素重復測量方差分析等檢驗使用。 在作圖前，假如我們已得到了一批數(shù)據(jù)。
1、在主界面點擊Graphs→Chart Builder，選擇左下角的Choose from框中的Boxplot。
2、選擇boxplot后，其右側顯示3個選項，將第1個圖拖拽至上方預覽窗格中（如果鼠標懸停在該圖上方會提示Simple boxplot，即簡單箱線圖）。
3、將變量index從variable框中拖到“Y-Axis？”框，變量Education拖到“X-Axis？”框。
4、如需改變Y軸屬性，可在Edit properties of.框中選擇“Y-Axis1(Box)'。
5、如果需改變連續(xù)變量的刻度屬性，以避免Y軸的起始值過大，不能準確反映數(shù)據(jù)特征。故可取消Scale Range區(qū)域minimum選項的勾選，隨后自定義數(shù)值custom，默認值為0. 本例將最小值設為50.
6、如需改變X軸屬性，在Edit Properties框中選擇“X-Axis（Box1），可以改變標簽（Legend Label框），改變分類的排序（Categories框中：Sort by、Direction或Order框中上下箭頭進行調整）。
7、所有設定完成后點擊OK，最終生成簡單的箱線圖。
八、STATA STATA是一套提供其使用者數(shù)據(jù)分析、數(shù)據(jù)管理以及繪制專業(yè)圖表的完整及整合性統(tǒng)計軟件。它提供許許多多功能，包含線性混合模型、均衡重復反復及多項式普羅比模式。用Stata繪制的統(tǒng)計圖形相當精美。 Stata的作圖模塊，主要提供如下八種基本圖形的制作 : 直方圖（histogram），條形圖（bar），百分條圖 （oneway），百分圓圖（pie），散點圖（two way），散點圖矩陣（matrix），星形圖（star），分位數(shù)圖。這些圖形的巧妙應用，可以滿足絕大多數(shù)用戶的統(tǒng)計作圖要求。在有些非繪圖命令中，也提供了專門繪制某種圖形的功能，如在生存分析中，提供了繪制生存曲線圖，回歸分析中提供了殘差圖等。 STATA也具有很強的程序語言功能，用戶可充分發(fā)揮自己的聰明才智，熟練應用各種技巧。事實上，STATA的ado文件都是用STATA本身的語言編寫。 STATA的統(tǒng)計分析能力遠超過SPSS，由于Stata在分析時是將數(shù)據(jù)全部讀入內存，在計算全部完成后才和磁盤交換數(shù)據(jù)，因此計算速度極快（一般來說， SAS的運算速度要比SPSS至少快一個數(shù)量級，而Stata的某些模塊和執(zhí)行同樣功能的SAS模塊比，其速度又比SAS快將近一個數(shù)量級?。㏒tata也是采用命令行方式來操作，但使用上遠比SAS簡單。其生存數(shù)據(jù)分析、縱向數(shù)據(jù)（重復測量數(shù)據(jù)）分析等模塊的功能甚至超過了SAS。用Stata繪制的統(tǒng)計圖形相當精美，很有特色。
https://www./ 用STATA可繪畫函數(shù)圖、散點圖、直方圖、條形圖、箱線圖等。 假如我們要畫函數(shù)圖，它的命令格式是 twoway function [[y]=] f(x) [if] [in] [, options]其中twoway可簡寫成tw；中括號內的部分函數(shù)可省略，即可省略“y=”；f(x)是這個命令的主題，可以是一般數(shù)學函數(shù)式，也可是STATA內已有的函數(shù)。[options]是可選參數(shù)。 下表顯示的是STATA可應用的函數(shù)類別
范例
另外，我們用STATA輸出的圖形一般帶有淺藍色底紋，但是部分國際權威期刊要求提交的論文圖片上不能有任何底紋顏色。那我們可以通過設定繪圖模板scheme來改變圖形的整體風格。 畫散點圖 . sysuse 'auto.dta', clear . twoway scatter mpg weight
. sysuse 'auto.dta', clear . twoway scatter mpg weight, scheme(qleanmono)
畫折線圖 . sysuse uslifeexp,clear. twoway line le_male year || line le_female year
. sysuse uslifeexp,clear. twoway line le_male year || line le_female year, scheme(qleanmono)
畫矩陣圖 sysuse lifeexp, cleargen lgnppc = ln(gnppc)gr matrix popgr lexp lgnp safe
sysuse lifeexp, cleargen lgnppc = ln(gnppc)gr matrix popgr lexp lgnp safe, scheme(qleanmono)
畫條形圖 . sysuse nlsw88, clear. graph hbar (mean) wage, over(smsa) over(married) over(collgrad) . graph hbar (mean) wage, over(smsa) over(married) over(collgrad) scheme(qlean)
下面給大家介紹幾個純色圖的模板。主要涉及的風格模板有 另，還可通過mcolor()選項去選擇qlean模板的色彩搭配風格。 安裝方法： . ssc install scheme_tufte, replace. ssc install scheme-burd, replace. net install gr0002_3.pkg 應用示例： . sysuse auto, clear. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight
. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight, scheme(qlean) mc(ply3)
. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight, scheme(tufte)
. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight, scheme(burd)
. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight, scheme(lean1)
每種軟件都有它的獨特功能，我們要清楚了解到每種軟件的功能，針對軟件的一些功能去處理相應的數(shù)據(jù)。比如組合數(shù)據(jù)圖時，小編習以為常地運用PPT、GraphPad、Photoshop。如要測量光密度，那用IPP軟件是最好不過了。 希望我們分享的文章能幫助你發(fā)表更多SCI論文。如果你有疑問，歡迎在下面評論區(qū)留言。 · END · 來源：南博屹生物 |
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