【原】我如何從生物科學(xué)到生物信息

健明 2021-07-14

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今天帶來他的從生物科學(xué)到生物信息故事的小伙伴是李姜，我的荊州老鄉(xiāng)，嘻嘻!

他有一個很有意思的博客（ronleecww.cn）復(fù)制粘貼此網(wǎng)站地址到瀏覽器打開即可查看

下面是李姜的分享

最后的結(jié)果

喜迎分割線，已獲得HK生物信息全獎PhD offer兩個，已選擇其中一個，期待接下來四年的PhD工作生涯。

為什么要寫這篇文章

最近經(jīng)常有很多生科的朋友私信我說想轉(zhuǎn)行生物信息，但是對于如何轉(zhuǎn)以及需要哪些前提準(zhǔn)備尚不明確，由于最近忙著申請學(xué)校和畢業(yè)論文無法一一答復(fù)，這里寫一篇文章來詳細(xì)闡述一下我從2016年到現(xiàn)在的經(jīng)歷，以及中途遇到的一些問題和自己總結(jié)的經(jīng)驗(yàn)，和大家分享一下。具體以時間順序進(jìn)行。

本人基本情況

本科：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)，生物科學(xué)理科基地班

碩士：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)，生物信息（保研）

其他情況：雅思7.0，SCI一區(qū)一作一篇，SCI二區(qū)二作一篇，一次研究生國家獎學(xué)金，三次一等學(xué)業(yè)獎學(xué)金，兩次三好學(xué)生，參加過新加坡國立大學(xué)暑期Workshop，和深圳某研究院聯(lián)培數(shù)月

轉(zhuǎn)生信的前夜

萌生轉(zhuǎn)生信的時間是2016年春節(jié)前。之前大二暑假在某生物濕實(shí)驗(yàn)室已經(jīng)工作兩個月，發(fā)現(xiàn)自己身心俱疲，覺得這么做實(shí)驗(yàn)完全不是自己想要的生活，以后的發(fā)展也完全差強(qiáng)人意。大三上就已經(jīng)完全不上本專業(yè)的專業(yè)課（只求過就行，后來后悔了，導(dǎo)致GPA不是很給力，留學(xué)申請很吃虧），然后一心學(xué)習(xí)Java，學(xué)習(xí)了半年之后，發(fā)現(xiàn)需要為自己的后路考慮，后來在同學(xué) 張達(dá)翰的推薦下考慮了生物信息，恰好我校生物信息還是很強(qiáng)勢的，遂在大年初二我生日當(dāng)天給現(xiàn)在的導(dǎo)師發(fā)了郵件，然后5分鐘不到老師就回了我郵件（感激~~），和我約定時間去他辦公室交流并參加組會，就這樣我半只腳踏進(jìn)了生信的門。

正式進(jìn)入實(shí)驗(yàn)室

2016年春節(jié)后和導(dǎo)師相談甚歡，并順利進(jìn)入實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行相關(guān)的科研訓(xùn)練，成了本科班上第二個吃螃蟹的人。大三下就天天泡在實(shí)驗(yàn)室里面，看文獻(xiàn)學(xué)習(xí)相關(guān)知識。后來實(shí)驗(yàn)室管理網(wǎng)站的師兄馬上要畢業(yè)，需要有個人來接替他的工作，剛剛好我是實(shí)驗(yàn)室第二個會寫一點(diǎn)HTML和CSS還有JavaScript的，于是我為了接師兄的班學(xué)了半年的PHP+MySQL，把基礎(chǔ)知識學(xué)習(xí)之后就開始學(xué)各種PHP框架并學(xué)著編寫自己的框架，Linux作為PHP和生物信息的交集那是肯定不能落下的。后期大三下也學(xué)了一段時間的Python和R的基礎(chǔ)，大多數(shù)時間都還是在PHP+MySQL上下功夫，具體的生物信息的東西還沒有很深入了解。

大三上完絕大部分課程之后，大四開學(xué)不久便獲得了保研資格（生科院名額多），基本處于保研的尾巴，保研就是根據(jù)你的GPA排名然后接受你的老師的推薦信，通過你所在學(xué)院審核通過即可，和保研本專業(yè)沒有任何區(qū)別，區(qū)別就是你要換專業(yè)。大四就開啟了最忙的模式，整整一年都處在上課-考試-課題-畢設(shè)的循環(huán)當(dāng)中。在大四做課題的時候，非常感謝實(shí)驗(yàn)室的博士師姐對我的悉心指導(dǎo)和幫助，我對生信的理解和文本處理等都是師姐手把手教出來的，當(dāng)時做的是藥物重定位那一塊，涉及相關(guān)數(shù)據(jù)挖掘和機(jī)器學(xué)習(xí)內(nèi)容，這為我后來的課題和深入方向奠定了基調(diào)。

因?yàn)榍捌诖蟛糠謺r間需要處理文本數(shù)據(jù)，于是我學(xué)習(xí)了Python的部分內(nèi)容，后期主要是我們實(shí)驗(yàn)室的老師統(tǒng)計出身，做機(jī)器學(xué)習(xí)用的都是R語言，所以為了盡快融入課題我把R深入學(xué)習(xí)了一年左右，包括數(shù)據(jù)分析，挖掘，可視化，建模和rmarkdown，沒事就在kaggle或者github上看別人寫的優(yōu)秀代碼然后學(xué)習(xí)過來，現(xiàn)在也在學(xué)著編寫自己的R包。

研究生的生活

大部分時間都是在做課題，課題都是老師指定，然后是博士師兄師姐包括導(dǎo)師的小老板帶著我們做的，這三年期間做過各種數(shù)據(jù)庫，玩過預(yù)測模型，做過生物標(biāo)志物開發(fā)和部分精準(zhǔn)醫(yī)療項目。感覺自己大部分時間都是偏向Applied Machine Learning & Bioinformatics那一塊，也很想做一個開開心心的生物信息碼農(nóng)，即偏向開發(fā)軟件和在線服務(wù)。當(dāng)然各種浪也沒有落下，英語也是一直在學(xué)習(xí)當(dāng)中，后來有幸靠著自己還可以的英語拿到了新加坡國立大學(xué)的夏令營offer，在也接待過各種國際會議的老師和學(xué)生，寫了一個完全屬于自己的網(wǎng)站和博客，更重要的是收獲了自己的女票，這些都是在研究生這幾年期間完成的。

在學(xué)習(xí)不少新東西的時候，也參照生信技能樹學(xué)到了不少新知識，尤其是B站上的視頻，為我探索全新領(lǐng)域提供了路徑和思路，本身我做的東西是不那么偏向于特定數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)庫，生信技能樹的視頻讓我很快的入門了諸如TCGA和GEO數(shù)據(jù)集，同時2020年能夠認(rèn)識Jimmy也是一大快事，希望博士期間能和Jimmy多交流生信和科研方面的經(jīng)驗(yàn)。