一、背景

• cytoscape 目前是最出名的網(wǎng)絡(luò)可視化神器，免費(fèi)，零代碼，過2萬的引用率是最強(qiáng)大的口碑.

• 

• 它支持的網(wǎng)絡(luò)種類很多,比如蛋白互作（PPI）、轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖（TF-target）、網(wǎng)絡(luò)聚類模塊分析（Module）、miRNA調(diào)控靶標(biāo)基因網(wǎng)絡(luò)圖、競爭性內(nèi)源RNA網(wǎng)絡(luò)（ceRNA）、通路交互網(wǎng)絡(luò)（pathway-crosstalk）。

二、課程目錄

1. Cytoscape 簡介
2. 繪制：蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(string PPI)
3. 繪制：miRNA 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
4. 插件：cytoHubba （關(guān)鍵基因）
5. 插件：MCODE （關(guān)鍵子網(wǎng)絡(luò)）
6. 插件：stringAPP （蛋白互作網(wǎng)絡(luò)）
7. 插件：BiNGO （GO富集）

三、結(jié)果展示

1. 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

2. miRNA 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

3. cytoHubba

4. MCODE

5. stringAPP

6. BiNGO