【原】R語(yǔ)言,Perl語(yǔ)言, Shell傳遞參數(shù)的方法

育種數(shù)據(jù)分析 2021-11-18

展開(kāi)全文

1, R語(yǔ)言

思路:
1, 加載optparse包
2, 設(shè)置參數(shù), 為list
3, 解析參數(shù)
4, 如果參數(shù)為空, 打印幫助文檔

#!/usr/bin/Rscript
library(optparse)

option_list <- list(
  make_option(c("-a", "--aa"), type = "integer", default=FALSE,
              help="Input a number"),
  make_option(c("-b", "--bb"), type="integer", default=FALSE,
              help="Input a number")
)

opt_parser = OptionParser(option_list=option_list);
opt = parse_args(opt_parser);
a = opt$a
b = opt$b
if (opt$a==0&&opt$b==0){
  print_help(opt_parser)
  stop("請(qǐng)輸入?yún)?shù)", call.=TRUE)
  }
c = a+b
cat(" a is:",a,"\n","b is:",b,"\n","a plus b is:",c,"\n")

打印幫助文檔:
幫助文檔打印, 參數(shù)為空, 或者參數(shù)為-h或者—help時(shí), 打印出幫助文檔.

[dengfei@bogon qunti]$ Rscript plus.R
Usage: plus.R [options]

Options:
    -a AA, --aa=AA
        Input a number

    -b BB, --bb=BB
        Input a number

    -h, --help
        Show this help message and exit

Error: 請(qǐng)輸入?yún)?shù)
Execution halted

正確輸出結(jié)果:

[dengfei@bogon qunti]$ Rscript plus.R -a 1 -b 2
 a is: 1 
 b is: 2 
 a plus b is: 3

2, Perl語(yǔ)言

參考: 在Perl、Shell和Python中傳參與輸出幫助文檔https://zhuanlan.zhihu.com/p/53067406)

一個(gè)簡(jiǎn)單的示例, 一個(gè)perl程序, 計(jì)算a+b的值

有兩個(gè)參數(shù)
-a
-b

代碼如下:

#!/usr/bin/perl
use strict;
use Getopt::Long;

=head1 Description

    This script is calculate the sum of a and b

=head1 Usage

    $0 -a <input number> -b <input number> 

=head1 Parameters

    -a  [int]   Input raw number
    -b  [int]   Input raw number
=cut

my($a,$b);
GetOptions(
    "a:s"=>\$a,
    "b:s"=>\$b
    );

die `pod2text $0` if ((!$a) or (!$b));
print("The result of a plus b is:",$a+$b,"\n");

邏輯如下:
1, 使用perl 包 Getopt::Long進(jìn)行參數(shù)書(shū)寫(xiě)
定義b, 然后使用GetOptions函數(shù)
使用die函數(shù), 如果沒(méi)有相關(guān)參數(shù), 就die

my($a,$b);
GetOptions(
    "a:s"=>\$a,
    "b:s"=>\$b
    );

die `pod2text $0` if ((!$a) or (!$b));

2, 使用POD文檔, 編寫(xiě)指南
包括:
描述
使用方法
參數(shù)介紹

=head1 Description

    This script is calculate the sum of a and b

=head1 Usage

    $0 -a <input number> -b <input number> 

=head1 Parameters

    -a  [int]   Input raw number
    -b  [int]   Input raw number
=cut

打印幫助文檔:
如果沒(méi)有添加參數(shù):

[dengfei@bogon qunti]$ perl 1.pl 
Description
        This script is calculate the sum of a and b

Usage
        $0 -a <input number> -b <input number>

Parameters
        -a  [int]   Input raw number
        -b  [int]   Input raw number

正確輸出結(jié)果:

[dengfei@bogon qunti]$ perl 1.pl -a 1 -b 2
The result of a plus b is:3

3, Shell腳本傳遞參數(shù)

思路:
1, 定義一個(gè)名為helpdoc的函數(shù), 如果沒(méi)有參數(shù), 就返回這個(gè)函數(shù), 打印出幫助信息
2, 定義參數(shù), 使用getopts, 參數(shù)放在頓號(hào)里面, 可以將參數(shù)賦值給a和b, 下面直接調(diào)用b即可
3, 執(zhí)行加號(hào), 打印結(jié)果.

#!/bin/bash

# 定義幫助文檔
helpdoc(){
    cat <<EOF
Description:
    This is the description.

Usage:

    $0 -a <input number> -b <input number> 

Option:

    -a    a number
    -b    b number
EOF
}

# 如果沒(méi)有參數(shù), 輸出幫助文檔
if [ $# = 0 ]
then
    helpdoc
    exit 1
fi

while getopts ":a:b:" opt
do
    case $opt in
        a)
            a=$OPTARG
            ;;
        b)
            b=$OPTARG
            ;;
        ?)
            echo "Unknown option: $opt"
            helpdoc
            exit 1
            ;;
    esac
done
sum=$(expr $b + $a)    
echo "a is $a"
echo "b is $b"
echo "a plus b is:$sum"

打印幫助文檔:

[dengfei@bogon qunti]$ bash plus.sh
Description:
    This is the description.

Usage:

    plus.sh -a <input number> -b <input number> 

Option:

    -a    a number
    -b    b number

正確輸出結(jié)果:
[dengfei@bogon qunti]$ bash plus.sh -a 1 -b 2
a is 1
b is 2
a plus b is:3