1, snakemake介紹

Snakemake是用Python3寫的一個(gè)流程化工具, 非常方便. 官網(wǎng)上的例子有點(diǎn)難度, 這里用最簡(jiǎn)單的案例解釋一下snakemake的應(yīng)用方法.
安裝方法

或者:

也可以從源文件安裝:

2, 一個(gè)簡(jiǎn)單的案例

思路:

• 1, 生成一個(gè)1.txt文件

• 2, 生成一個(gè)2.txt文件

• 3, 使用cat命令, 將兩者合并為hebing.txt

3, 生成snakemake腳本

生成一個(gè)名為:Snakemake的文件

這里有四個(gè)參數(shù):

• rule: 是名稱, 這里命名為test_cat

• Input: 輸入文件, 這里是”1.txt”, “2.txt”

• Output: 輸出文件, 這里是”hebing.txt”

• Shell: 這里是要執(zhí)行的腳本, 輸入文件是{input}, 輸出文件是{output}

4, snakemake -np

使用-np查看轉(zhuǎn)化后的命令

5, 執(zhí)行命令 snakemake

snakemake默認(rèn)執(zhí)行的文件名是: Snakemake, 如果想要指定自己編寫的文件名, 可以加上參數(shù): —snakefile
比如: 文件名為a.snake

如果文件名是默認(rèn)的Snakemake, 不用加參數(shù), 直接運(yùn)行snakemake即可直接執(zhí)行.

查看結(jié)果:

可以看到, 使用snakemake, 成功的將1.txt 和2.txt 合并為hebing.txt.

6, 運(yùn)行成功, 重新運(yùn)行時(shí)

顯示Nothing to be done, 即不會(huì)執(zhí)行.

如果heibng.txt文件被刪掉了, 再執(zhí)行, 就會(huì)重新執(zhí)行.

這是一小步, 也是一大步.