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田間種植圖的繪制有一個(gè)R包叫desplot功能很強(qiáng)大, 今天介紹一下這個(gè)包的使用方法 1. 安裝desplot包# Install the released version from CRAN:
install.packages("desplot")
# Install the development version from GitHub:
# install.packages("devtools")
devtools::install_github("kwstat/desplot")2. 功能介紹單因素方試驗(yàn)設(shè)計(jì) 單因素隨機(jī)區(qū)組試驗(yàn)設(shè)計(jì) 單點(diǎn)多重復(fù)試驗(yàn)(RCBD) 裂區(qū)試驗(yàn)設(shè)計(jì) 一年多點(diǎn)試驗(yàn)設(shè)計(jì)
2.1 單因素試驗(yàn)設(shè)計(jì)library(agricolae)
cul = paste0("cul",1:10)
r= 3試驗(yàn)描述: 10個(gè)品種, 重復(fù)3次, 共30個(gè)小區(qū), 5行6列 book = design.crd(cul,r)$book
book$row = rep(1:5,each=6)
book$col = rep(1:6,5)library(desplot)
desplot(cul~row+col,data=book,main=("單因素試驗(yàn)設(shè)計(jì)田間種植圖"))
2.2 單因素隨機(jī)區(qū)組試驗(yàn)library(agricolae)
cul = paste0("cul",1:10)
r= 3試驗(yàn)描述: 10個(gè)品種, 3個(gè)區(qū)組, 共30個(gè)小區(qū), 5行6列. 隨機(jī)區(qū)組和完全隨機(jī)的區(qū)別在于一個(gè)區(qū)組地塊是連在一起的. book = design.rcbd(cul,r)$book
book$row = rep(1:5,each=6)
book$col = rep(1:6,5)library(desplot)
desplot(cul~row+col,data=book,out1=block,main=("單因素隨機(jī)區(qū)組試驗(yàn)田間種植圖"))
2.2 單地點(diǎn)多重復(fù)試驗(yàn)library(agridat)library(desplot)
data(ryder.groundnut)
gnut <- ryder.groundnuthead(gnut)| block | row | col | gen | wet | dry |
|---|
| B1 | 4 | 1 | F | 3.8 | 2.3 | | B1 | 4 | 2 | A | 5.2 | 3.3 | | B1 | 4 | 3 | D | 3.0 | 1.8 | | B1 | 4 | 4 | B | 2.6 | 1.8 | | B1 | 4 | 5 | E | 4.2 | 2.8 | | B1 | 4 | 6 | C | 2.4 | 1.4 |
desplot(wet~row+col,text=gen,cex=1,data=gnut,main="單因素隨機(jī)區(qū)組田間種植圖")
2.4 裂區(qū)試驗(yàn)require(agridat)require(desplot)
desplot(block ~ col+row, yates.oats,
col=nitro, text=gen, cex=1,main="裂區(qū)試驗(yàn)設(shè)計(jì)種植圖",
out1=block, out2=gen)
2.5 一年多點(diǎn)試驗(yàn)data(nonnecke.sweetcorn.uniformity)
dat <- nonnecke.sweetcorn.uniformityrequire(desplot)
desplot(yield~col*row|loc, dat,main="一年多點(diǎn)試驗(yàn)")
作者介紹： 
我是鄧飛, 是一個(gè)讀了玉米育種的研究生, 做了一個(gè)二代重測序的課題, 畢業(yè)之后進(jìn)入了一家賣軟件的公司, 開始了統(tǒng)計(jì)分析的培訓(xùn), 現(xiàn)在做起了動(dòng)物全基因組選擇的數(shù)據(jù)分析工作. 加我微信: 備注: 姓名+單位 微信(ID: yijiaobani)
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