【原】如何使用命令行運(yùn)行R語(yǔ)言的rmd rmarkdwon文件

育種數(shù)據(jù)分析 2021-11-18

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太長(zhǎng)不看:

運(yùn)行下面命令:

R -e "rmarkdown::render('script.Rmd',output_file='output.html')"

命令解析:

首先使用R -e進(jìn)行R語(yǔ)言命令行運(yùn)行, 命令用雙引號(hào)包括.
使用rarkdown的render函數(shù), 進(jìn)行Rmd文件的運(yùn)行和解析, 參數(shù)outputfile是輸出文件名稱(chēng)和格式, 這里的格式為html, 可以選擇pdf或者word格式.
需要準(zhǔn)備的文件是script.Rmd文件, 里面是rmarkdwon的格式文件.

例子

文件: script.Rmd

### 我是誰(shuí)?> dengfei

### 來(lái)干嘛> 演示如何通過(guò)命令行調(diào)用rmarkdwon腳本,并生產(chǎn)html

### 來(lái)個(gè)例子

```{r} example(plot) ```

運(yùn)行:

Default CRAN mirror snapshot taken on 2018-08-01.See: https://mran.microsoft.com/.

> rmarkdown::render('script.Rmd',output_file='output.html')

...processing file: script.Rmd |................................ | 50% ordinary text without R code......

結(jié)果中, 將Rmd文件中的markdwon語(yǔ)法進(jìn)行了轉(zhuǎn)化, 比如"###"變?yōu)榱藰?biāo)題. ">"變?yōu)榱艘? Rmarkdown還有一個(gè)優(yōu)勢(shì), 其能夠?qū)?zhí)行R代碼, 然后將結(jié)果保存為markdown的格式, 其它標(biāo)準(zhǔn)markdown不具備這種能力.

當(dāng)然, jupyter也可以對(duì)python, R, Julia進(jìn)行markdown的轉(zhuǎn)化, 包括代碼和圖表結(jié)果, 掌握markdown是每個(gè)數(shù)據(jù)分析師應(yīng)該具備的技能.

橋段1:

A同事要發(fā)一個(gè)說(shuō)明文檔給B同事. A最先發(fā)送的是pdf格式, 在發(fā)送中將文件取消, 不一會(huì)兒B同事收到了一個(gè)后綴為md的文件.

md是markdown格式的后綴, 需要特定的軟件轉(zhuǎn)換后查看.

橋段2: