寫在前面

前段時(shí)間，推過(guò)兩個(gè)教程，分別是：
1.《零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...》
2.《「GO富集分析」從原理到實(shí)踐 ~ 零基礎(chǔ)掌握》

可以說(shuō)，如果這系列教程還不完整，那么缺少的就是一個(gè) KEGG 通路富集分析教程。而這個(gè)功能，也是 TBtools 的基本功能之一。很多時(shí)候，我更多撰寫或講演 GO 富集分析相關(guān)內(nèi)容，而忽略了 KEGG 通路富集相關(guān)。主要原因是，前者懂了，后者往往也就懂了，畢竟富集分析原理一樣，只是注釋信息有不同。
當(dāng)然，在具體軟件使用上也有點(diǎn)點(diǎn)區(qū)別，甚至有不少時(shí)候，KEGG Pathway 富集分析能提供我們更為具體的分析結(jié)果。

使用 TBtools 進(jìn)行 KEGG Pathway 通路富集分析

使用這一功能，首先是打開對(duì)應(yīng)功能

可以看到界面

注意到不同選項(xiàng)：

1. 設(shè)置一個(gè)KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)文件，一般在 TBtools 中，叫做 .KEGG.BackEnd 文件，類似 Gene Ontology 的 go-basic.obo 文件；這一文件可以用《TBtools Cookbook》中找到下載位置

也可以通過(guò)在選擇 6. 中選項(xiàng)，并點(diǎn)擊 7. Mack One Backend File From Web 來(lái)準(zhǔn)備。不過(guò)這依賴于當(dāng)前網(wǎng)絡(luò)與KEGG官網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)的通暢程度。一般建議直接從Cookbook 給出的鏈接下載。

2. 設(shè)置KEGG 注釋信息文件，基因ID和KEGG Knum各一列，使用制表符分隔。如果不知道如何準(zhǔn)備，建議參考前述教程《零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...》。

3. 設(shè)置基因選擇集 ID 列表，一行一個(gè)ID，可以是差異表達(dá)基因集合，或者 GWAS 定位到的區(qū)間基因ID，或者是各類合理方式獲得的基因ID集合

4. 設(shè)置一個(gè)輸出目錄，或可以給出輸出文件名字前綴

5. 點(diǎn)擊 Start 即可開始

查看富集分析結(jié)果

輸出兩個(gè)結(jié)果

一般只看.final.xls文件

具體含義，請(qǐng)參考《「GO富集分析」從原理到實(shí)踐 ~ 零基礎(chǔ)掌握》并自行理解。
當(dāng)然，如果你想可視化

與 GO 富集分析可視化同個(gè)功能

輸出結(jié)果如下

具體用戶感興趣一些可視化參數(shù)，請(qǐng)自行調(diào)整。

寫在最后

Emmm，果然，我還是不太想寫。不過(guò)我仍然相信，通過(guò)這個(gè)教程，大伙可以點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)，完成 KEGG Pathway通路富集分析。