基因組平均遺傳相似度(Average nucleotide identity，ANI)是指兩細(xì)菌個基因組之間同源基因的相似性。

ANI 值可以通過兩種運算方法得出：一種是以MUMmer 運算法則為基礎(chǔ)(ANIm)；另一種是以BLASTn 方法為基礎(chǔ)(ANIb)，相比之下后者應(yīng)用更為廣泛。普遍認(rèn)為親緣關(guān)系較近的種群間ANI值至少為70%?75%，而定義一個種的ANI 值需要達(dá)到95%?96%以上，并且引起人們關(guān)注的是這些ANI 的數(shù)值與“金標(biāo)準(zhǔn)”——DDH 有緊密的對應(yīng)關(guān)系。

ANI 具有方便、耗費工作量少、錯誤率低、分辨率高的優(yōu)點，近年來得到了微生物分類學(xué)家們的青睞。

Zhang 及其研究團(tuán)隊通過計算比較1 226 個細(xì)菌菌株全基因組序列間的ANI 值后，發(fā)現(xiàn)處于同一種的菌株間ANI 為93.6%，同一屬的菌株間ANI值為83.6%，而同一科菌株間ANI 為78.9%。作者認(rèn)為在測序技術(shù)快速發(fā)展的這一機(jī)遇下ANI 可以同時用于可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)微生物的種屬鑒定中。Kim 等通過研究6 787 個基因組序列樣本以期確定16S rRNA 基因序列相似性的值和ANI 值之間的相關(guān)性，發(fā)現(xiàn)用來區(qū)分兩個不同種的98.65%的16S rRNA基因相似性值與95%?96%的ANI 值相對應(yīng)。在這一方法良好準(zhǔn)確性的前提下，ANI 在解決微生物分類的實際問題中發(fā)揮著重大的作用。

目前已有各類成熟的ANI 值的計算工具，比如本地運算軟件Jspecies (http://www.imedea./jspecies)  ，Gegenees  (http://www./documentation.html) 和在線計算工具ANI caculator (http:/enveomics.gatech.edu/) ， EzGenome (http://www./ezgenome/ani)和ANItools (http://ani./ ).

ANItools：為中國疾控中心傳染病所研發(fā)并維護(hù)的可用于種屬水平上細(xì)菌基因組ANI計算的在線工具，并提供圖形化的結(jié)果展示。

為了方便疾控系統(tǒng)科研人員的使用，我們還在微生物數(shù)據(jù)分析云平臺(https://analysis./)提供了另一款分析流程ANI，該工具可以提供兩個細(xì)菌基因組一對一的比對和ANI值的計算，提供了直觀的數(shù)值化的兩個細(xì)菌基因組之間的遺傳差異值。菌株完全相同時，ANI值為1。隨著遺傳差異的逐漸增加，ANI值逐漸降低。

是不是和16S很像？

沒想到細(xì)菌基因組，也是可以如此直接~

你要不要來試試看呢？