|
發(fā)表雜志：Front Immunol. 影響因子：7.561 關(guān)于基因集泛癌分析的文章，我們最近也解讀過很多 25天接受的基因集泛癌分析，先人一步的優(yōu)勢！EMT泛癌分析（1） 11.6分，最熱復(fù)合物泛癌純生信分析！想發(fā)高分純生信不容錯過 11分+SCI 基因集泛癌純生信分析，兩個多月接受，可重復(fù)！ 我們可以綜合各個文章中的內(nèi)容，篩選新的基因集/復(fù)合物/通路/基因家族等進行分析，確保篩選到的基因集與免疫浸潤及免疫治療相關(guān)。如果需要的話可聯(lián)系小編預(yù)定 請掃描下方二維碼 研究背景 流程圖 泛癌多組學(xué)數(shù)據(jù)收集 ①從FANTOM5（45種組織類型）、人類蛋白質(zhì)圖譜（HPA，43種組織類型）和GTEx數(shù)據(jù)庫（54種組織類型）中下載人體組織的基因表達數(shù)據(jù)。 ②從TARGET、TCGA、GEO數(shù)據(jù)庫下載泛癌DNA甲基化數(shù)據(jù)、體細胞突變數(shù)據(jù)、拷貝數(shù)改變(CNA)數(shù)據(jù)、mRNA表達和臨床數(shù)據(jù)。 TMC家族基因在人類癌癥和正常組織中的表達 下圖A-C：來自(A)FANTOM5數(shù)據(jù)庫、（B）HPA數(shù)據(jù)庫和（C）GTEx數(shù)據(jù)庫的TMC 1-8的mRNA表達數(shù)據(jù)。 下圖D-E：免疫組化結(jié)果顯示TMC3在甲狀旁腺腺瘤中的表達高于正常甲狀旁腺組織。 下圖F：TMC4、TMC5、TMC6、TMC7和TMC8在不同組織類型中廣泛表達。 TMC家族基因?qū)Ψ喊┗蚪M改變的影響 ①分析TMC基因在人類癌癥中的差異表達和基因組變化。 ②研究人類癌癥中TMC基因?qū)?/span>DNA甲基化、體細胞突變和拷貝數(shù)改變(CNA)的影響。 結(jié)果： 下圖A：TMC4和TMC5，TMC6和TMC7在不同癌癥中具有相似的表達模式。 下圖B：根據(jù)TMCs基因表達，將前列腺腺癌(PRAD)、急性髓性白血病(LAML)和急性淋巴細胞白血病(ALL)進行分型。 下圖C：TMC家族基因的顯著突變eQTL主要在乳腺癌中被檢測到。 下圖D：TMC8是TMC家族基因中最常受DNA甲基化影響的基因。 下圖E：TMC基因的CNA主要見于肺腺癌、胃腺癌和頭頸部鱗癌。 TMC家族基因的預(yù)后潛力 ①基于TCGA和GEO隊列進行單變量和多變量Cox回歸分析。 ②免疫組化驗證TMC5和TMC8在乳腺癌和皮膚黑色素瘤中的表達。 結(jié)果： 下圖A：TMC5在腫瘤中的CNA頻率最高（523/1062，49.2%）。 下圖B：拷貝數(shù)擴增上調(diào)了TMC5在乳腺癌中的表達。 下圖C-H：TMC5與乳腺癌的無病生存期（DFS）相關(guān)。 下圖I-L：TMC8的低表達與皮膚黑色素瘤的總生存期（OS）較差有關(guān)。 下圖M：TMC5可作為乳腺癌無病生存期的獨立預(yù)后生物標(biāo)志物。 下圖N：TMC8可作為皮膚黑色素瘤總生存期的獨立預(yù)后生物標(biāo)志物。 下圖O：免疫組化結(jié)果顯示TMC5在正常乳腺組織和乳腺腫瘤中的表達情況。 下圖P：免疫組化結(jié)果顯示TMC8在正常皮膚組織和皮膚黑色素瘤中的表達情況。 TMC家族基因在人類癌癥中的功能途徑分析 下圖A：TMC家族基因主要參與細胞內(nèi)和細胞間信號轉(zhuǎn)導(dǎo)，通過內(nèi)源性刺激調(diào)節(jié)細胞增殖、分化和凋亡。 下圖B：TMC家族基因參與的常見分子功能是信號受體結(jié)合。 下圖A：TMC家族基因在癌癥相關(guān)通路中所涉及的細胞成分是質(zhì)膜。 下圖B：差異表達的TMC基因與黑色素生成和Wnt信號通路相關(guān)。 TMC家族基因在腫瘤微環(huán)境和免疫治療反應(yīng)中的作用 ①研究人類癌癥中免疫細胞和TMC基因之間的相關(guān)性。 ②分析TMC表達與腫瘤突變負荷和PD-L1表達之間的相關(guān)性。 ③利用CIBERSORT、EPIC、MCP-counter、quantTIseq、xCell和TIMER算法分析TMC與免疫浸潤之間的關(guān)系。 結(jié)果： 下圖：33種人類癌癥類型中13種類型的免疫細胞與(A)TMC4、(B)TMC5、(C)TMC6、(D)TMC7和(E)TMC8有關(guān)。 下圖A：TMC5與食管癌、肺腺癌和乳腺癌的腫瘤突變負荷顯著相關(guān)。 下圖B-D：TMCs與PD-1/PD-L1/CTLA4在33種癌癥類型中的表達相關(guān)。 下圖：在大多數(shù)癌癥類型中，TMC6和TMC8與巨噬細胞、B細胞和T細胞高度正相關(guān)。 TMC家族基因?qū)γ庖咧委煼磻?yīng)的評估 ①構(gòu)建基于TMC 4-8表達的IRP評分以預(yù)測患者是否具有臨床價值。以IPR評分的中值作為分界點，將患者分為高低評分組。 下表：用于分析免疫治療臨床價值的皮膚黑色素瘤隊列。
結(jié)果： 下圖A：IRP評分在訓(xùn)練集中具有較高的敏感性和特異性。 下圖B-E：IRP評分在預(yù)測驗證集中皮膚黑色素瘤免疫治療反應(yīng)中的ROC曲線。
小結(jié)： 在本項研究中，作者通過多組學(xué)聯(lián)合分析了50多種組織類型和30多種癌癥類型中TMC基因的表達情況。結(jié)果證實，TMCs 1-3在所有研究的正常組織和癌癥中幾乎不表達，而TMCs 4-8在多種組織和癌癥中廣泛表達。同時，TMC3在甲狀旁腺組織中特異性表達，可以區(qū)分甲狀旁腺腺瘤和正常甲狀旁腺，而TMC5是乳腺癌治療后復(fù)發(fā)的獨立預(yù)后標(biāo)志物。此外，TMC基因與腫瘤免疫微環(huán)境和免疫治療反應(yīng)相關(guān)，而DNA甲基化和腫瘤突變可能是TMC基因癌癥特異性失調(diào)的主要原因。 基因集泛癌分析文章列表 11.6分，最熱復(fù)合物泛癌純生信分析！想發(fā)高分純生信不容錯過 11分+SCI 基因集泛癌純生信分析，兩個多月接受，可重復(fù)！ 單基因泛癌分析文章列表 對比剛發(fā)表的2區(qū)6.5分生信文章和我們的泛癌分析內(nèi)容 被致謝！2021年7分+單基因泛癌純生信，投稿到接受30天！ 8分+ 單基因干濕結(jié)合，非常規(guī)思路，值得學(xué)習(xí) 單基因干濕結(jié)合發(fā)7.5分SCI，2個月接收，有實驗條件的可輕易模仿 7.5分，2個月接收的單基因生信+組化驗證 可重復(fù)！ 7.7分nature子刊，單基因泛癌分析與免疫治療的關(guān)聯(lián) 6.2分 生信+實驗 經(jīng)典套路，永不過時（一篇單基因泛癌的文章可以拆分成多個腫瘤單獨發(fā)） 6.2分SCI，從投稿到接收僅38天！剛見刊的單基因泛癌純生信 非腫瘤生信文章列表 非腫瘤生信+簡單pcr驗證 快速發(fā)3分+SCI 自噬，鐵死亡，焦亡等都可以 又見非腫瘤7.5分SCI，生信分析+組化驗證 可重復(fù) 最新7.5分非腫瘤純生信，分析一點不難，這種思路你想到?jīng)]有？ 3+經(jīng)典非腫瘤生信套路，值得收藏學(xué)習(xí)！ 腫瘤分型文章列表 最新10分生信分析，快來看看焦亡分型如何發(fā)經(jīng)典老牌1區(qū)雜志，投稿到接收僅3個月?？芍貜?fù)！ |
|
|
