GWAS分析，QQ圖和曼哈頓圖是標配，可是這兩個圖具體是什么意思？怎么判斷好壞，且聽我一一道來。

QQ圖和曼哈頓圖是嘛意思？

GWAS分析中，會有一個結果，每個SNP的P值，可以根據(jù)這個值，以及SNP的染色體和物理位置，進行作圖。

常見的圖是QQ圖和曼哈頓圖。比如：

什么是QQ圖

QQ圖，全稱quantile-quantile plot，又稱為「分位圖」它是判斷模型假陽性、假陰性的重要指標。

「為何要用QQ圖來表示GWAS的結果呢？」

一般，我們認為，P值達到顯著性，那就說明不同的SNP分型，對表型數(shù)據(jù)是有顯著性影響的，但是在GWAS中，我們將顯著的原因分為兩個部分：

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第一是自然選擇（Selection），我這里所說的自然選擇不僅指達爾文在《進化論》中所描述的物競天擇，還指所有對物種適應性有影響作用的“力量”，比如高輻射環(huán)境、疾病、病毒等，這也是我們在GWAS研究中真正關心的突變；

第二是遺傳漂變（genetics drift），它是一種比較隨機的基因組突變而且數(shù)量也不少，雖然也是物種演化的一種重要力量，但是由于它的突變都比較隨機，目前認為它與環(huán)境的變遷沒有必然聯(lián)系，但也會在某些時候，有些隨機的突變帶來了生存優(yōu)勢，便會在種群中顯示出它的作用。但絕大多數(shù)情況下，對于已經(jīng)在群體中穩(wěn)定存在的性狀而言，并不認為它們有明顯的作用，所以GWAS研究是不關心這一類突變的，我們要把它們?nèi)颗懦?。如果你發(fā)現(xiàn)自己得到的結果全部是這樣的變異的話，那么，應該重新考慮一下如何重新設計這個分析，包括是否應該增加樣本量以及想辦法排除技術錯誤以及干擾因素等方面，或者也可能它們之間就是沒有關系。

--https://zhuanlan.zhihu.com/p/59767114，知乎，堿基礦工

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第一個部分，是由于突變導致的表型變異，比如AA變異了AT或者TT，導致產(chǎn)奶量增加，AA比如是10Kg，AT是15Kg，TT是20Kg，而且達到極顯著水平，我們可以認為該突變導致產(chǎn)奶量變化，是我們關注的位點或者基因。GWAS的目的就是找到這樣的位點，進而找到這樣的基因。

第二個部分，是隨機遺傳漂變，它顯示的統(tǒng)計顯著性只是偶然，并不是該位點真的影響表型值。隨機漂變，是隨機在染色體上變化，它符合均勻分布，所以一定范圍內(nèi)有一定的概率。這些位點，是我們需要排除的。

QQ圖的x坐標是均勻分布的值（理論值），經(jīng)過-log10轉換了。QQ圖的y坐標實際的P值（觀測值），經(jīng)過-log10轉換了。

「如果所謂的變異都是遺傳漂變引起的：」

那就是這樣一個圖：橫坐標和縱坐標都是在一條直線上，他們是完全一致的，因為X坐標是模擬的均勻分布的P值，而Y坐標是真實的P值，它與X一致，就說明它的分布也是均勻分布的，那我們就可以認為它是隨機漂變的產(chǎn)物。「如果所謂的變異都是遺傳漂變引起+真實變異引起的：」

那它的圖應該是這樣的：剛開始的位點，比如-log10在3之前，都是和均勻分布是一致的，是隨機漂變導致的。在大于3之后，均勻分布還是在直線上，但是由于隨機漂變+真實位點的存在，開始偏離直線，并且上翹，這些上翹的位點就是我們關注的位點。

所以，好的GWAS分析，有結果的QQ圖，都是前期在直線上，后面上翹。有點翹的QQ圖才是好的QQ圖。

什么是曼哈頓圖

首先，曼哈頓是一個地名，是這樣的：

因為建筑高低錯落有致，我們將GWAS中不同染色體表示不同的位置，將不同SNP的P值比作不同的建筑，就會有種曼哈頓夜景的感覺：

「好的曼哈頓圖：」

GWAS分析中，原理就是SNP位點和控制性狀的基因存在LD狀態(tài)，即SNP的分型可以代表基因的不同分型，所以，真實的顯著位點應該是在基因兩側分布的，有一個上升和下降的趨勢，比如這樣的圖：

「壞的曼哈頓圖：」

只有孤零零的一個點，周圍沒有顯著的點，這很有可能是假陽性，因為GWAS分析和培育品種是類似的：一出出一窩！

下一章介紹，GWAS可視化實操，畢竟，只知道qqman，而不知道cmplot，是不專業(yè)的。