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想要更好的學(xué)習(xí)和交流，快來加入飛哥的知識星球，這是一個生物統(tǒng)計+數(shù)量遺傳學(xué)+GWAS+GS的社區(qū)，在這里你可以向飛哥提問、幫你制定學(xué)習(xí)計劃、跟著飛哥一起做實戰(zhàn)項目，沖沖沖。點擊這里加入吧：飛哥的學(xué)習(xí)圈子 本文繪制這種圖： 每個SNP在染色體上的分布圖，也稱為SNP密度圖，不同的顏色表示1Mb內(nèi)包含的SNP個數(shù)。 用到的R包CMplot 安裝方法： install.packages("CMplot")
數(shù)據(jù)格式 plink的map格式： 1 1_320344 0 320344
1 1_342499 0 342499
1 1_509942 0 509942
1 1_538165 0 538165
1 1_565638 0 565638
1 1_612572 0 612572
1 1_722644 0 722644
1 1_791066 0 791066
1 1_813662 0 813662
1 1_865366 0 865366
也可以只包括三列數(shù)據(jù)： 代碼 library(data.table)
library(CMplot)
map1 = fread("re1.map",header = F)
head(map1)
mm = map1 %>% dplyr::select(SNP = 2,Chromosome=1,Position = 4)
head(mm)
CMplot(mm,plot.type="d",bin.size=1e6,col=c("darkgreen", "yellow", "red"),
file="tiff",memo="",dpi=300,file.output=TRUE, verbose=TRUE)
CMplot(mm,plot.type="d",bin.size=1e6,col=c("darkgreen", "yellow", "red"),
file="tiff",memo="",dpi=300,file.output=FALSE, verbose=TRUE)
結(jié)果  很簡單有沒有！??！ 資源推薦： 編程+統(tǒng)計+數(shù)量遺傳學(xué)，可以通過一個包含數(shù)據(jù)+R代碼+原理解釋的GWAS教程達(dá)到目的，上手一個項目，比著敲代碼，一舉多得。下面是我精心整理的學(xué)習(xí)資料，有我編寫的GWAS學(xué)習(xí)教程，有我收集的入門數(shù)據(jù)分析資源，有我推薦的最新版R語言電子書，以及我翻譯整理的統(tǒng)計遺傳學(xué)分析導(dǎo)論。 這些資料的特點是：代碼，數(shù)據(jù)，理論介紹都有包括，值得擁有： 1，快來領(lǐng)取 | 飛哥的GWAS分析教程
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