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      TOP實驗室秘籍:質粒擴增及提純的步驟詳解

       Amazing427 2022-09-12 發(fā)布于湖南

      小靈子,我,即將畢業(yè)的醫(yī)學研三狗,分享一下從師姐以及大神那里學來的提質粒方法,第一次做,算比較成功,雖然其中過程非常曲折。中間問了身邊好多同學,都不是很會,研一上課的時候學實驗,老師也只是簡單講了一下提純的步驟,所以我這個科研小白還是打算來和大家分享一下,希望對有需要的同學有所幫助,也希望大家能夠多多交流,萬一有大神指點呢!

      Day1

      第一天最重要的是什么!當然是準備工作!

      準備工作

      1. 配液體 LB(這個東西我們這么叫,但是同科室專門做菌的小姐姐管它叫腦心脊液,也是我比較困惑的一點)蛋白胨 10g, 酵母 7.5g, NaCl15g,去離子水定容到 1000ml —— actually,用不了那么多,兩個樣最多用 300ml,剩下的近期沒有其他人用,扔掉我們還很心痛,所以暫時還放在我們 4℃ 冰箱里保存著嗚嗚嗚——所以,如果沒有那么多樣品的話,建議可以按比例減掉的喲!

      2. 配 CaCl 2 4.44g CaCl 2 + 500ml 去離子水 (當然一次就用一點點,也可以按比例遞減的)不過沒用完,沒結晶的話以后也可以用。

      3. 配固體培養(yǎng)基:蛋白胨 1g , 酵母 0.5g, NaCl 1g , 瓊脂1g,去離子水定容到 100ml。

      4. 玻璃珠(這個是涂我們的小菌菌用的,我覺得用接種環(huán)、干凈的棉簽、小木棍都可以,實驗室有啥用啥,能省就?。。?/span>

      5. 一套槍頭(作為科研狗就別問我一套槍頭是什么意思了?。?/span>

      6. 玻璃培養(yǎng)皿 (講道理,塑料的10cm皿也可以)。

      7. 離心管( 15ml 的多來點?。?/span>

      8. 一盒Ep管( 1.5ml 的就夠了)

      9. 配抗生素:

      Ampicillin :工作液 100μg/ml ,可以先配成 100μg/μl ,用時 1:1000

      Kanamycin :工作液 25μg/ml ,可以先配成 25μg/μl ,用時 1:1000(不一定每個質粒都一樣哦,記得看它帶來的說明書?。。。?/span>

      PS:固體培養(yǎng)基先不要高壓,涼了就凝了!其他的速度高壓,烘干放在超凈臺里等待我們接下來的實驗hiahia~

      步驟一:搖菌

      將大腸桿菌(一點就夠~具體我反正是加了 10μl )3~4ml LB 培養(yǎng)基中, 37℃ 過夜,劇烈搖晃~ 150-200r 就可以啦。SHAKE! JUST SHAKE! LET’S SHAKE!(我用的是大腸桿菌,其他菌種,作為一個菜鳥我也不是很清楚了!如果實在不知道就去多問一問吧、自己查去!哈哈哈哈哈)

      Day2:又是新的一天!

      步驟一:菌種活化

      把我們昨天搖的菌拿出來,觀察一下下它活沒活——如果活了它會又臭又渾濁的~但是會很開心~小菌菌它活了~

      菌:LB=1:1000 (大神表示其實 1:100~1:300 比較好,能活化的快一點) 37℃,110r 劇烈搖, 1~1.5 小時 (可能 3h更好一些)

      目的:讓菌液的 OD 值在 0.3~0.6 之間,處于對數(shù)期。

      步驟二:高壓滅菌

      高壓滅菌,請根據(jù)自己實驗室的情況在活化菌種的三個小時里,高壓固體培養(yǎng)基。

      高壓完的固體 LB 冷卻到手溫—這個溫度需要自己掌握,我第一次做的時候就翻車了,因為冷卻到手溫再加抗生素再倒就已經來不及了,前幾個皿還算可以,剩下的直接給我凝在了錐形瓶里,所以第二次老師弟幫我問了度娘,說手心不燙手背燙的溫度就可以了(當然這個有點迷幻我沒做到)

      后來我又問了實驗室養(yǎng)菌的美麗小姐姐,她表示 50~60℃ 就可以,她加很多種抗生素,那些抗生素該好用還是會好用的,于是我做的時候就放心大膽地只要 溫度降到在我手可以忍受的程度了,就開始加抗生素然后倒平皿!

      所以真正的實驗步驟開始了:以下步驟請在超凈臺中完成。

      高壓后的固體培養(yǎng)基冷卻到實驗者自己可以忍受的溫度,按質粒說明書上所帶的抗生素濃度加入抗生素,倒入平皿中,打開排風扇,打開平皿蓋等凝固,凝固后蓋上平皿蓋,倒置平皿。

      PS:磨嘰的我又來了!倒平皿的時候請把皿拿起來半蓋蓋子胳膊肘放在臺子上,皿舉在你的眼睛前面,這樣能保證你的手不會污染皿,也能保證你能看到倒了多少培養(yǎng)基進去。像這樣:

      培養(yǎng)基的量就是不能太薄到一挑就破了,也不能太多,要不其他皿該不夠了。

      然后培養(yǎng)基倒完了不能有氣泡,要平整—老師弟在我耳邊這樣念叨。

      步驟三

      取出搖好活化的菌,取 1~1.5ml 加入 Ep 管中, 4℃ , 1000r , 1min這個我覺得取決于你要提幾個質粒,樣品多的話取兩管 1.5ml 的)。

      步驟四

      用槍頭吸出培養(yǎng)基,加入 200μl 預冷過的 4℃ CaCl2 , 吹打混勻,分裝 5 0μl 一管,制備感受態(tài)。

      步驟五

      把分裝出的 EP 管在冰上靜置 20min ,加入質粒 50~100ng (我覺得如果質粒濃度本身就高可以多加一點,畢竟少于1μl量太小不好掌握,別浪費就行),再冰上靜置 20min , 熱激42℃,90s (務必精準迅速!),插回冰上,靜置 10min

      熱激是為了打開孔道,讓質粒進入,插回冰上是為了關閉孔道,讓質粒出不來~hiahia~(這一步是很重要的一步,隱藏著很多細節(jié),比如你什么時候制冰,什么時候開恒溫水浴箱,原始的質粒什么時候找出來,我就提醒到這里啦,根據(jù)自己實驗室情況看著辦吧)。

      步驟六

      加入無抗生素 LB 每管 500μl , 37℃ 慢搖( 80r ), ????????????????????????????????1h。

      目的:轉進去質粒的細菌表達出抗性蛋白,使細菌耐對應的抗生素。

      步驟七

      涂板,這時候就是要用到玻璃珠或者接種環(huán)balabala的,加入適量菌液(我怕菌不算太多,加了 80μl ,一般 50μl 就夠,太多了菌落容易瘋長不好挑菌),玻璃珠就輕輕來回搖就可以了,你能看到培養(yǎng)基上菌液劃過的痕跡。接種環(huán)或者別的就自己想吧,反正涂開就行。

      Like this ~

      步驟八

      倒置平板, 37℃ 孵箱過夜。

      PS:今天的實驗要設置好對照,需要有加抗生素培養(yǎng)基的空白對照,加了菌種的陰性對照,和你的樣品。如果明天一看空白對照和陰性對照長了菌,恭喜你不用繼續(xù)往下做了,要不就是污染了,要不就是抗生素不好使。如果明天你的樣品沒長出來菌,恭喜你也做不下去了,要不就是抗生素加多了,要不就是質粒沒進去哈哈哈哈!(以上代表個人觀點,如有不對請告訴我!)

      Day3:又是新的一天!

      步驟一

      取出平皿,觀察菌落是否生長, 4℃ 倒置放(先保存一會, 37℃ 時間久了菌落會太多)

      步驟二

      將抗生素按說明書濃度加入 LB 培養(yǎng)基中,培養(yǎng)基 3~4ml ,挑出菌落,連槍頭一起打入(注意是單個菌落,我問了一個可愛的老師什么叫單個菌落,我們一致認為就是長得小的哈哈哈)

      為了以防萬一,第一次做這個實驗的我選擇挑了兩個看著順眼的小菌落~

      步驟三

      37℃ ,劇烈搖 150r 過夜。

      PS:挑菌的時候用槍頭,盡量不要扎破培養(yǎng)基,并且挑一半留一半,我覺得輕輕刮下來就好,畢竟只是為了把小菌菌挑出來繼續(xù)長。這步時間很少,找空隙做就好,晚上離開實驗室之前給它搖上就行,因為菌搖的時間不宜太長, 15~17h 比較好,太久的話菌會老化也會變得太多。

      前面忘記說了,因為大腸桿菌的特性,這種離心管搖的時候要擰松但是拔不下來。然后搖的時候離心管斜著插,保證能搖起來。

      大概圖中介個亞子:

      Day4:又又又是新的一天!

      今天我們就要用到 21 世紀科研工作者的福音:試劑盒,今天需要先小提一下先驗證一下擴增的質粒是否和原質粒一致,第二天再進行質粒大提。

      質粒小提不要把菌液都用了,否則大提就沒有菌啦!4ml我就用 1.5ml ,一個 EP 管的量就可以啦。

      步驟一: 質粒小提

      質粒小提:下面附上說明書(我和老師弟一致認為這玩意太好用了)。

      PS:小提的時候就不用在超凈臺里面啦!只要按照說明書操作就可以啦,注意試劑順序不要加反什么的。離心時間和加入液體的體積按自己菌液的情況加入,我,身為一個天秤,在保證實驗能進行下去的情況下都取了比較中間的值~

      質粒小提的這個試劑盒不是去內毒素的,價格很便宜,畢竟只是為了初步驗證質粒質量,如何驗證呢?蛋白用 WB ,核酸當然用瓊脂糖 ~

      步驟二: 瓊脂糖凝膠電泳

      瓊脂糖凝膠電泳:自己好好查一下配 LB 培養(yǎng)基的瓊脂和瓊脂糖!試劑上多數(shù)都是英語,用翻譯軟件的時候一定要看清楚不要弄反了,瓊脂糖好貴的呢!

      a)制備瓊脂糖凝膠:

      • 選擇足夠點樣口數(shù)量的塑料膠槽。 (點樣孔數(shù)量=你的樣品數(shù)量× 2+marker ,因為要對比一下提出來的樣品和原樣品是否是一樣的東西)
      • 配制 1×TAE/TBE電泳緩沖液放于三角燒瓶中, 1g瓊脂糖粉+ 50ml 1×TAE/TBE ( 1%~2% 均可,我就 50ml 大概稱了 0.7g ,濃度在 1%~2% 中間)
      • 微波爐大概冒泡泡三次就可以??刂苹鸷颍苊庖绯?。
      • 冷卻至 60℃ 左右后,按你自己買的 E B 終結者的說明書加進去 (什么 GEL GREEN/GEL RED/SYBR GREEN 的太多樣了)
      • 迅速插上合適大小的梳子,以形成點樣孔。 (我覺得倒膠之前放進去也可以)
      • 待凝膠完全凝固后 (約半小時以上) ,小心拔出梳子。
      • 將凝膠安放到電泳槽內。

      b)點樣上樣前預電泳3~5 min 。核酸樣品與上樣緩沖液混合后,點樣,先加入 Marker 。6×loading的話就可以:1μlloading , 3μl去離子水, 2μl核酸樣品(感覺這個實驗整個就很隨意,根據(jù)自己條件調節(jié)吧)。

      c)電泳加樣后的凝膠板立即通電進行電泳,電壓 60-100V,樣品由負極(黑色)向正極(紅色)方向移動。電壓升高,瓊脂糖凝膠的有效分離范圍降低,當溴酚藍移動到距離膠板下沿約 1cm處時,停止電泳。

      d)電泳后的凝膠照相:將染色后的凝膠置于紫外燈下進行照相。攝影用的紫外模式。選擇合適曝光時間,一般為5 秒左右。

      大致分子量位置相同則你的質粒就是成功的啦,拿 Day3 所得菌液剩下的繼續(xù)搖菌,等著明天大提就可以啦~

      這里要說一下我又問的傻乎乎的問題,大提我就是用小提 剩下的菌+100ml 加抗生素 LB , 150r 劇烈搖,過夜 。為了空間夠我用的是錐形瓶,然后把蓋子弄松以后打開機器開始 shake,蓋子,居然,飛了出去!還好我眼疾手快扶住了!急忙問了大神,大神表示,你們那個錐形瓶蓋子是透氣的吧。

      ……感覺自己是個 simpleton!神奇的透氣蓋子如圖

      Day5:質粒大提

      • 說明書懶得找了,你也可以用別的牌子的哈哈哈哈,估計都很好用。
      • 大提也不用在超凈臺里面。
      • 大提以后也是要電泳看一下質量的。
      • 等電泳的時間,可以測濃度& OD 值,調空白的時候看你大提最后用的什么洗脫液,用什么洗脫就用什么調零。濃度肯定就看菌的多少啦, O D 值在 1 .8~2 之間一般就可以啦,我看網上說啥的都有,大概就是這個范圍了,多于少于都代表有 R NA 或者其他什么的污染,自己問度娘吧。
      • 最后:確定質粒質量和濃度→稀釋成方便使用的濃度→得到一堆質?!鸀V器過濾→完成啦!

      以上就是我做質粒擴增及提純的全部經驗啦,啰啰嗦嗦說了一大堆,在這里感謝,在這一個簡單實驗期間為我提供各種支持的老師們和小伙伴們~

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