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環(huán)狀RNA (circRNA) 是一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子，對多種細胞活動和多種人類疾病至關(guān)重要。既往研究中已經(jīng)在雙鏈DNA病毒(dsDNA)中鑒定了幾種與癌癥相關(guān)的病毒circRNA，但關(guān)于病毒circRNA的系統(tǒng)研究尚未見報道。VirusCircBase是第一個病毒circRNA數(shù)據(jù)庫，可以為研究者們提供探索和研究病毒circRNA的基礎(chǔ)圖譜。該數(shù)據(jù)庫可訪問地址：http://www./ViruscircBase/home.html 
該數(shù)據(jù)庫對來自23個病毒物種的11 924個circRNA進行了系統(tǒng)調(diào)查，其中包括雙鏈DNA病毒、單鏈RNA病毒和逆轉(zhuǎn)錄病毒中的大量circRNA。研究思路：①獲得病毒感染的RNA-seq數(shù)據(jù)集；②用三種計算方法（circRNA_finder、find_circ和CIRI2）識別病毒環(huán)狀RNA；③對病毒環(huán)狀RNA進行注釋和表征；④建立VirusCircBase數(shù)據(jù)庫，用來存儲和組織病毒環(huán)狀RNA。研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)大多數(shù)病毒circRNA在反向剪接位點的側(cè)翼序列具有反向互補序列或重復序列，大多數(shù)病毒circRNA僅在特定物種的特定細胞系或組織中表達。功能富集分析表明，來自dsDNA病毒的病毒circRNA參與了與癌癥相關(guān)的KEGG通路。
VirusCircBase頁面主要包括：統(tǒng)計，瀏覽，搜索，miRNA，下載及幫助。 
- 統(tǒng)計：該頁面展示了每種病毒中病毒環(huán)狀RNA的統(tǒng)計匯總，包括病毒環(huán)狀RNA的長度和豐度，以及不同方法檢測到的病毒環(huán)狀RNA數(shù)量；
瀏覽：該頁面按病毒種類、科和類群顯示病毒環(huán)狀RNA，對于每個病毒環(huán)狀RNA，頁面默認顯示病毒環(huán)狀RNA的位置、豐度、包含的基因、檢測方法、檢測到病毒環(huán)狀RNA的細胞系或組織等。更多關(guān)于病毒環(huán)狀RNA的信息，如使用的基因組的登錄號和NCBI SRA數(shù)據(jù)庫中的樣本，也可以通過選擇顯示出來; - 搜索：用戶可以通過病毒宿主、細胞系或組織、病毒、包含的基因、位置、檢測方法和豐度來搜索感興趣的病毒環(huán)狀RNA；
- MicroRNA：預測了病毒環(huán)狀RNA和所有宿主miRNAs之間的相互作用。對于每個病毒環(huán)狀RNA，其宿主miRNA與其相互作用，其miRNA的結(jié)合位點和相互作用概率在頁面中顯示。用戶可以通過搜索環(huán)狀RNA或miRNA的名稱，快速發(fā)現(xiàn)病毒環(huán)狀RNA與宿主miRNA之間的相互作用；
下載：可以免費下載所有的病毒環(huán)狀RNA，包括病毒環(huán)狀RNA序列和詳細的信息，以及它們與宿主miRNAs的相互作用。
參考文獻 VirusCircBase: a database of virus circular RNAs.Briefings in Bioinformatics,2021
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