一、定義不同

村股份經(jīng)濟(jì)合作社：村股份經(jīng)濟(jì)合作社是以資產(chǎn)為紐帶、股東為成員的綜合性（社區(qū)性）農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織，基本職能是生產(chǎn)生活服務(wù)、資產(chǎn)經(jīng)營、資產(chǎn)管理、資產(chǎn)積累和收益分配等。

農(nóng)民專業(yè)合作社：農(nóng)民專業(yè)合作社以其成員為主要服務(wù)對象，提供農(nóng)業(yè)生產(chǎn)資料的購買，農(nóng)產(chǎn)品的銷售、加工、運(yùn)輸、貯藏以及與農(nóng)業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營有關(guān)的技術(shù)、信息直至網(wǎng)上交易等服務(wù)。

二、性質(zhì)不同

村股份經(jīng)濟(jì)合作社：姓“公”，性質(zhì)為行政村集體經(jīng)濟(jì)組織，名稱為“xx村股份經(jīng)濟(jì)合作社”(xx村股份經(jīng)濟(jì)聯(lián)合社），特點(diǎn)是社區(qū)性和集體性，在村黨支部領(lǐng)導(dǎo)下，按照對村級經(jīng)營性資產(chǎn)進(jìn)行量化，劃分為股權(quán)，一人一份權(quán)，不能繼承不能買賣、生有死滅，講究集體性和社區(qū)性，有關(guān)部門統(tǒng)計全國有五十多萬個村股份經(jīng)濟(jì)合作社（村股份經(jīng)濟(jì)聯(lián)合社）。

農(nóng)民專業(yè)合作社：姓“私”，特點(diǎn)是非社區(qū)性和個人性，5名以上農(nóng)民成員就可以注冊，大股東說了算、股份可以買賣繼承，據(jù)有關(guān)部門統(tǒng)計，全國注冊登記的農(nóng)民專業(yè)合作社有400多萬個，構(gòu)成了農(nóng)村市場主體的重要組成部分。

三、執(zhí)行法律不同

村股份經(jīng)濟(jì)合作社，根據(jù)《民法典》及《集體經(jīng)濟(jì)組織法》規(guī)定，“村股份經(jīng)濟(jì)合作社”是特殊法人，具有有鄉(xiāng)村政權(quán)性質(zhì)，兼具鄉(xiāng)村治理之責(zé)，不能破產(chǎn)。

農(nóng)民專業(yè)合作社，根據(jù)《民法典》及《中華人民共和國農(nóng)民專業(yè)合作社法》規(guī)定，農(nóng)民專業(yè)合作社符合營利法人，以營利為主要目的，賺錢與鄉(xiāng)村治理無關(guān)，與股東有關(guān)，虧錢隨時可以解散。

四、登記機(jī)關(guān)不同

村股份經(jīng)濟(jì)合作社，在縣（區(qū)）農(nóng)業(yè)農(nóng)村部門領(lǐng)取農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織登記證書。

農(nóng)民專業(yè)合作社，在縣（區(qū)）市場監(jiān)管部門或行政審批部門領(lǐng)取營業(yè)執(zhí)照。