大家好，我是鄧飛，現(xiàn)在寫博客越來越繁瑣了，每個平臺對圖片都有自己的規(guī)則，不能通用，各種找不到圖片，本著充值是我變強的原則，買了Markdown Nice的VIP（https://product./），據(jù)說實現(xiàn)了一鍵發(fā)布多個平臺，而且有自己的圖庫，今天先水一篇，試試效果。

星球上有老師問：snpEFF和bedtools都可以注釋基因，他們有什么區(qū)別？

當我無法立即回答時，我都會說：“這是一個好問題”，然后就開始找答案或者總結(jié)答案，當時我的回答：

bedtools是針對少數(shù)的位點，snpEff是針對vcf的數(shù)據(jù)。bedtools一般是針對顯著性的snp，去查找候選基因。snpEff是下機的vcf，定位snp是屬于哪個位置，不會有上下游的設(shè)置

上面的回答基本解釋了兩者的差異，但是，因為要水一篇，所以要解釋一下寫篇博客！

1. bedtools和snpEFF軟件介紹

這兩款軟件，官網(wǎng)上詳細介紹都有：

bedtools：https://bedtools./en/latest/index.html

snpEFF：http://pcingola./SnpEff/

簡短的來說，bedtools可以處理基因型數(shù)據(jù)，各種復(fù)雜的功能，匹配、刪減、格式轉(zhuǎn)換等，稱為生信界的瑞士軍刀。

snpEFF好像專注于基因注釋。

2. 區(qū)別1：數(shù)據(jù)格式不一樣

vcftools需要gff文件和bed數(shù)據(jù)，才可以進行注釋。

snpEFF，輸入文件是vcf格式，另外，他需要基因組數(shù)據(jù)和gff創(chuàng)建數(shù)據(jù)庫（通用的物種官網(wǎng)有現(xiàn)成的，但是推薦自定義構(gòu)建，不容易出錯。

3. 區(qū)別2：能否指定上下游區(qū)間

snpEFF不能指定上下游區(qū)間，精確的給出位點在基因組上的區(qū)域（內(nèi)含子、外顯子、哪個基因等等）

bedtools，可以指定上下游區(qū)間，對于GWAS分析得到的顯著性位點，因為存在LD，所以更靈活，應(yīng)用更多。

4. 區(qū)別3：應(yīng)用領(lǐng)域

snpEFF，主要是下機數(shù)據(jù)，vcf數(shù)據(jù)，運算速度快，給出每個SNP的信息

bedtools，主要是需要設(shè)置上下游區(qū)間的位點，比如GWAS得到的顯著性位點。

上面就是兩者的區(qū)別，bedtools注釋基因的寫過好幾篇博客了，下一篇介紹snpEFF注釋vcf的教程。

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