有何AI與醫(yī)學(xué)：開始補(bǔ)充一些文章解析，以及之前沒有寫過，但是有朋友咨詢的內(nèi)容

01 下載數(shù)據(jù)

02 安裝軟件

# 清空環(huán)境變量，如果環(huán)境有后面需要的變量，只要不報(bào)錯(cuò)不清楚也可以
rm(list=ls())
#設(shè)置工作目錄
setwd("~/vcfdata/")
#讀取文件
#下載vcfR包
install.packages("vcfR")

03 讀取數(shù)據(jù)

#讀取VCF文件，我這里下載了IEU數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)
data <- vcfR::read.vcfR("ieu-a-1055.vcf.gz")
#如注釋文件所示，ES代表beta值、SE代表se、LP代表-log10（P值）、AF代表eaf、“ID”代表SNP的ID
gt <- data.frame(data@gt)
dat <- as.character(unlist(strsplit(gt$ieu.a.1055, split = ":")))#strsplit切分；unlist解開
fix<-data.frame(data@fix)#為SNP位點(diǎn)的基本信息
#轉(zhuǎn)化為data.frame
matrix<-matrix(data=dat,ncol=5,byrow=T)
frame<-data.frame(matrix) 
# 獲取到的列命名
colnames(frame)<-c("ES","SE","LP","AF","ID")
exp<-cbind(fix,frame)