大家好，我是鄧飛，今天介紹一下TwoSampleMR包如何設(shè)置token，從而可以使用數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)進行孟德爾隨機化的分析。
1，安裝TwoSampleMR包
這個包在github上面，之前流行用devtools包安裝github上的R包，但是devtools本身就特別難安裝，好在現(xiàn)在有了 remotes包，這個包比較好安裝，進而github上面的包也比較好安裝了。
# install.packages("remotes")library(remotes)install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")
將上面的代碼貼到Rstudio中執(zhí)行，就可以了。如果顯示沒有 remote包，就把注釋去掉，再運行就行了。
2， 運行MR示例數(shù)據(jù)
library(TwoSampleMR)
# List available GWASsao <- available_outcomes()
# Get instrumentsexposure_dat <- extract_instruments("ieu-a-2")
# Get effects of instruments on outcomeoutcome_dat <- extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP, outcomes = "ieu-a-7")
# Harmonise the exposure and outcome datadat <- harmonise_data(exposure_dat, outcome_dat)
# Perform MR
然后發(fā)現(xiàn)報錯了：
> library(TwoSampleMR)TwoSampleMR version 0.6.8
載入程輯包：'TwoSampleMR’
The following object is masked from 'package:remotes’:
add_metadata
> # List available GWASs> ao <- available_outcomes()Error in `dplyr::bind_rows()`:! Argument 1 must be a data frame or a named atomic vector.
報錯的信息是：Error in dplyr::bind_rows():
! Argument 1 must be a data frame or a named atomic vector.
Run rlang::last_trace() to see where the error occurred.
看起來是dplyr的錯，其實不是，繼續(xù)運行看看能不能讀取ieu的數(shù)據(jù)：
> bmi_exp_dat <- extract_instruments(outcomes = 'ieu-a-2')
現(xiàn)在的報錯信息是：> bmi_exp_dat <- extract_instruments(outcomes = 'ieu-a-2')
Error in if (nrow(d) == 0) return(NULL) : 參數(shù)長度為零
憂傷，如果你以為自己是R語言大神，想從R語言包安裝的角度，包沖突的角度去解決問題，最后很大可能是 砸電腦?。?！
正確的解決方法，是查看官網(wǎng)，如果你把報錯信息貼到網(wǎng)上面，大概率也是找不到答案，因為之前TwoSampleMR還沒有這個問題，網(wǎng)上的東西是互相抄，垃圾信息滿天飛，第一手資料永遠是官網(wǎng)。
https://mrcieu./ieugwasr/articles/guide.html
里面有一句話：
From 1st May 2024, most queries to the OpenGWAS API will require user authentication. For more information on why this is necessary, see this [blog post](https://blog./posts/user-auth-spring-2024/).
從2024年5月1號，TwoSampleMR包需要設(shè)置token之后，才可以訪問數(shù)據(jù)庫，所以，下面就是如何設(shè)置token的問題了。
3，TwoSampleMR設(shè)置token
官方推薦方案：
A：更新你的R包
Please update your TwoSampleMR and ieugwasr packages - you can use the following command to do this.
install.packages("TwoSampleMR", repos = c("https://mrcieu.v", "https://cran."))
B：設(shè)置token
Then you need to obtain an OPENGWAS_JWT token - see the ieugwasr documentation https://mrcieu./ieugwasr/articles/guide.html - and store it in your .Renviron file - then restart R.
Login to https://api./profile/
Generate a new token
Add OPENGWAS_JWT=<token> to your .Renviron file. This file could be either in your home directory or in the working directory of your R session. You can check the location of your .Renviron file by running Sys.getenv("R_ENVIRON_USER") in R.
Restart your R session
To check that your token is being recognised, run [ieugwasr::get_opengwas_jwt()](https://mrcieu./ieugwasr/reference/get_opengwas_jwt.html). If it returns a long random string then you are authenticated.
To check that your token is working, run [user()](https://mrcieu./ieugwasr/reference/user.html). It will make a request to the API for your user information using your token. It should return a list with your user information. If it returns an error, then your token is not working.
下面，我將上面的步驟，結(jié)合我自己的成功操作過程，介紹一下，跟著我的步驟，你也肯定能搞定啦！
3.1 登錄opengwas，注冊一下
登錄注冊，用github賬號，https://api./profile/
3.2 創(chuàng)建token
按照下面的截圖就能搞定。
把token復(fù)制一下。
3.3 在R語言中檢測是否有token
如果之前沒有設(shè)置過，肯定是沒有的。
Sys.getenv("R_ENVIRON_USER")
我的返回結(jié)果：
> Sys.getenv("R_ENVIRON_USER")[1] ""
可以看到，沒有設(shè)置。
那就需要在文檔文件夾中，新建一個.Renviron文件
3.4 把token放到新建的.Renviron文件中
OPENGWAS_JWT="這里粘貼你的token"
3.5 重啟R語言（必須）
重啟R語言，然后鍵入下面代碼，測試token是否設(shè)置成功：
## 測試token是否有效library(ieugwasr)user()
可以看到個人的信息，就設(shè)置成功了。
4. 測試MR示例數(shù)據(jù)
library(TwoSampleMR)
# List available GWASsao <- available_outcomes()
# Get instrumentsexposure_dat <- extract_instruments("ieu-a-2")
# Get effects of instruments on outcomeoutcome_dat <- extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP, outcomes = "ieu-a-7")
# Harmonise the exposure and outcome datadat <- harmonise_data(exposure_dat, outcome_dat)
# Perform MRres <- mr(dat)
運行結(jié)果：
作圖結(jié)果：
這就搞定了。
