360doc--楊寒火子的文章 360doc--楊寒火子的文章 http://www.hbhlny.cn/rssperson/50871131.aspx 360doc (http://www.hbhlny.cn) zh-cn 360doc--個人圖書館 ID的認識（ensembl、ncbi） http://www.hbhlny.cn/content/19/1206/14/46931810_877849393.shtml 2022/4/28 14:52:11
ID的認識（ensembl、ncbi）每一個核酸序列都是唯一的數(shù)字IDrefseq的ID.NM開頭的表示標準序列，XM表示預測的蛋白編碼序列，NR_表示非編碼蛋白的mRNA序列，AF開頭的表示克隆序列，BC開頭的表示模板序列，主要是全長轉(zhuǎn)錄氨基酸序列，但也有一些只有部分蛋白質(zhì)的部分氨基酸序列。mRNA來自基因組注釋，序列相當于基因組重疊群。非編碼區(qū)來自基因組注釋，序列相當于基因組重疊群。4557284 就是該序列的gi號ref :標示該序列是參考序列。
 R語言的最好資源，一個就夠！ http://www.hbhlny.cn/content/19/0116/13/42030643_809228341.shtml 2019/1/20 20:36:13
R語言的最好資源，一個就夠！回到R語言的學習，我沒有看過哪個人的R語言是別人教出來的，所有的都是自己學出來的，你遇到一個實際問題，去檢索，得到多個方案，自己該用包就用包，R 語言以及其他語言只是個交流的工具，工具的知識是有限的，而被使用后產(chǎn)生的功能是無限的。所以現(xiàn)在問題是，如何在2個小時內(nèi)把R語言的基礎(chǔ)知識給學員講清楚，用半個小時講一下R包的使用，再用半個小時講一下R語言進階的途徑。http://hadley.nz/
 Cytoscape的使用方法（帶圖片解析） http://www.hbhlny.cn/content/18/0115/10/49059453_722035630.shtml 2019/1/20 20:13:37
2、 導入屬性文件?figure 8?figure 9（來自網(wǎng)絡(luò)）（2）節(jié)點樣式?figure 13?figure 14?figure 15 （來自網(wǎng)絡(luò)）（3）邊樣式?figure 16?figure 17?figure 18 （來自網(wǎng)絡(luò)）Cytoscape還可以導入基因的表達值，將不同的表達值進行顏色的梯度展示，由于我的分析沒有這部分數(shù)據(jù)所以將網(wǎng)絡(luò)上學到的圖片做了幾個截圖：?figure 29?figure 30?figure 31 ?figure 32?figure 33?figure 34?figure 35?figure 36?figure 37?figure 38?figure 39.
 APT干貨||Cytoscape展示String互作數(shù)據(jù)實戰(zhàn)教程（二） http://www.hbhlny.cn/content/18/0115/16/49059453_722148757.shtml 2019/1/20 20:13:22
如只關(guān)心ctaC蛋白（即degree最高的那個node）以及與ctaC蛋白有互作關(guān)系的蛋白所形成的網(wǎng)絡(luò)圖：我們可以先鼠標左鍵選中ctaC蛋白，然后點擊如下圖所示按鈕：以上介紹的為展示String互作網(wǎng)絡(luò)圖的一種簡單的方法，我們?yōu)榱俗尰プ骶W(wǎng)絡(luò)展示更多的信息，還可以將每個蛋白的foldchange信息以及P.value信息加入其中，以形成一張更加美觀的網(wǎng)絡(luò)圖，這就需要更加深入了解Cytoscape的使用方法，各位多摸索練習就會啦！
 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(PPI)分析 http://www.hbhlny.cn/content/18/0115/16/49059453_722151372.shtml 2019/1/20 20:12:51
蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(PPI)分析。今天小編介紹為大家一個常用的PPI數(shù)據(jù)庫——STRING數(shù)據(jù)庫。STRING數(shù)據(jù)庫是一個搜索已知蛋白質(zhì)之間和預測蛋白質(zhì)之間相互作用的數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫可應(yīng)用于2031個物種，包含960萬種蛋白和1380萬中蛋白質(zhì)之間的相互作用。蛋白質(zhì)之間的相互作用包括了直接的物理相互作用和間接的功能相關(guān)性。可按照蛋白質(zhì)名稱，氨基酸序列等信息進行檢索某個特定的蛋白質(zhì)相互作用的其他蛋白質(zhì)。人類常用PPI數(shù)據(jù)庫。
 Cytoscape構(gòu)建miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)(番外篇)——生物醫(yī)學大數(shù)據(jù)解讀和分析 http://www.hbhlny.cn/content/18/0201/09/42030643_726866111.shtml 2019/1/20 20:12:24
Cytoscape構(gòu)建miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)(番外篇)——生物醫(yī)學大數(shù)據(jù)解讀和分析。一個高通量實驗數(shù)據(jù)CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解組測序數(shù)據(jù)支持的microRNA靶標數(shù)據(jù)庫,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的調(diào)控關(guān)系。基于microRNA或microRNA靶標聯(lián)合作用等特征開發(fā)的搜尋動物的microRNA靶基因。動物的microRNA基因及其靶標的數(shù)據(jù)庫。microRNA基因和microRNA靶標數(shù)據(jù)庫。
 常用生物信息學數(shù)據(jù)庫和分析工具網(wǎng)址 http://www.hbhlny.cn/content/15/0925/10/26456292_501403135.shtml 2018/12/26 21:55:54
核苷酸數(shù)據(jù)庫GenBank.酶、代謝和調(diào)控路徑數(shù)據(jù)庫 KEGG.Mouse Genome Informatics http://www.informatics.jax.org/bin/query_accession?Saccharomyces Genome Databasehttp://genome-www.stanford.edu/cgi-bin/dbrun/SacchDB?文獻數(shù)據(jù)庫。關(guān)鍵詞為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索。序列為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫檢索。多序列分析。系譜分析?；蚪Y(jié)構(gòu)預測分析。
 DAVID使用說明文檔（1） | Public Library of Bioinformatics http://www.hbhlny.cn/content/15/1023/18/95144_507856184.shtml 2018/12/26 21:54:43
這個基因列表可能是上游的生物信息分析產(chǎn)生的基因ID列表。DAVID對于基因列表的格式要求為每行一個基因ID或者是基因ID用逗號分隔開。這個工具能夠?qū)崿F(xiàn)將基因ID迅速翻譯成基因名稱，從而給研究者對于基因ID列表一個直觀的印象，初步判斷基因列表是否符合要求目的。該工具基于它們共同的注釋信息，而不是基因名稱，采用全新的模糊聚類算法，能夠?qū)崿F(xiàn)將功能相關(guān)的基因聚到一起作為一個單元，在生物學網(wǎng)絡(luò)水平上去研究這些基因群。
 生物醫(yī)學大數(shù)據(jù)解讀和分析——構(gòu)建生物網(wǎng)絡(luò)案例實踐Cytoscape（三） http://www.hbhlny.cn/content/17/0110/23/19913717_621652074.shtml 2018/12/26 21:50:16
生物醫(yī)學大數(shù)據(jù)解讀和分析——構(gòu)建生物網(wǎng)絡(luò)案例實踐Cytoscape（三） 生物醫(yī)學大數(shù)據(jù)解讀和分析——構(gòu)建生物網(wǎng)絡(luò)案例實踐Cytoscape（三） 原創(chuàng) 2016-07-25 freescience 弗雷賽斯 弗雷賽斯。上期介紹了一個簡單的String查找蛋白互作的工具（復習一下點這里），這期將用到我們的神器Cytoscape了，本期將介紹如何將String的蛋白互作數(shù)據(jù)下載到Cytoscape本地中。1.下載Cytoscape，http://www.cytoscape.org。
 四級聽 http://www.hbhlny.cn/content/17/1217/23/50871131_714065070.shtml 2017/12/17 23:18:37
變態(tài)的aboard A B O A R D ad.在船(車)上；缺乏的absolute ABSOLUTE a.絕對的；純粹的absolutely ABSOLUTELY ad.完全地；絕對地absorb ABSORB vt.吸收；使專心abstract ABSTRACT a.抽象的 n.摘要?art. ART一(個)；每一(個)abandon ABANDON vt.丟棄；能耐，本領(lǐng)able ABLE a.有能力的；變態(tài)的aboard ABOARD ad.在船(車)上；高于abroad ABROAD ad.(在)國外；
 搜索基因之間相互作用-一個既能裝逼又實用的工具！ http://www.hbhlny.cn/content/17/1217/21/50871131_714031060.shtml 2017/12/17 21:23:24
搜索基因之間相互作用-一個既能裝逼又實用的工具！當然，找資料得上pubmed，別人上pubmed都是百度搜索pubmed，小明當然不能和他們一樣，直接在瀏覽器下面輸入https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/，一個字符都不帶差的，然后再瀟灑用力地敲了下回車鍵，他覺得只有這樣才能顯示他的與眾不同、獨特的個性、恣意妄為的人生觀。首先我們要下載cytoscape這個軟件，打開http://www.cytoscape.org，有沒有被這個背景圖驚艷？
 隨想 http://www.hbhlny.cn/content/17/1216/13/50871131_713557405.shtml 2017/12/16 13:17:21
隨想?多久不見斜陽展著翅膀緩緩飛向落寞的昏黃，只是涂染一景一方。
 Nature：科學家發(fā)現(xiàn)能有效編程癌癥免疫療法的關(guān)鍵開關(guān)蛋白！ http://www.hbhlny.cn/content/17/1215/23/50871131_713457276.shtml 2017/12/15 23:56:10
隨后研究人員對黑色素瘤小鼠模型進行研究，評估了Runx3是否能夠直接調(diào)節(jié)白細胞對實體瘤的攻擊作用，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，對過表達Runx3的癌癥特異性T細胞進行過繼細胞轉(zhuǎn)移或許能夠減緩腫瘤的生長并延長緩和的生存期，同時利用缺失Runx3的療法治療的小鼠模型或許會比正常治療情況糟糕地多。如今研究者們知道，調(diào)節(jié)T細胞中Runx3的活性能夠影響T細胞在實體瘤中的積累，因此這或許有望幫助研究人員改善當前的癌癥免疫療法。
 基因編輯系統(tǒng)CRISPR-Cpf1最新研究進展 http://www.hbhlny.cn/content/17/1214/21/50871131_713142463.shtml 2017/12/14 21:22:32
基因編輯系統(tǒng)CRISPR-Cpf1最新研究進展。與CRISPR-Cas9不同的是，Cpf1能夠獨自地對crRNA前體（pre-crRNA，編者注：CRISPR DNA片段經(jīng)轉(zhuǎn)錄而形成的CRISPR RNA前體）進行加工，然后利用加工后產(chǎn)生的crRNA特異性地靶向和切割DNA，因而也就不需要來自宿主細胞的核糖核酸酶（RNase）和tracrRNA，這是人們迄今為止發(fā)現(xiàn)的一種最簡單的CRISPR免疫系統(tǒng)。CRISPR-Cpf1是一種更為廣泛使用的基因編輯工具CRISPR-Cas9的替代性方法。
 44年前的一個數(shù)學猜想終被破解 http://www.hbhlny.cn/content/17/1214/21/50871131_713142204.shtml 2017/12/14 21:21:43
或者可以不用木板，而在測地線的度量空間里定義區(qū)域：一個在單位球表面的寬度為ω的區(qū)域，是距離大圓（球面上半徑等于球體半徑的圓弧）不超過±ω/2的點的集合，測量點與點間距離的是連接它們的最短弧。數(shù)學家必須找到能覆蓋單位球體上這些區(qū)域的最小寬度的和。在 FejesTóth 猜想的情況下，數(shù)學家假設(shè)完全覆蓋球體的區(qū)域的合并寬度小于π，并試圖達到矛盾點——即找到一個位于球體上的點，但又不在任何這些區(qū)域里。