1928年10月3日，國(guó)民黨召開(kāi)中央政治會(huì)議，對(duì)國(guó)民政府組織法加以修改，決定國(guó)民政府開(kāi)始實(shí)行五院制度，即行政、立法、監(jiān)察、司法、考試五院。
    1931年，國(guó)民政府組織法再次公布：國(guó)民政府主席不負(fù)實(shí)際政治責(zé)任，行政責(zé)任集中于行政院，遂為國(guó)家最高行政機(jī)構(gòu)。
    根據(jù)國(guó)民政府組織法規(guī)定：“行政院”由“行政院長(zhǎng)”、“副院長(zhǎng)”各一人，各“部會(huì)”首長(zhǎng)若干，各“部會(huì)”之“政務(wù)委員”若干人組成?！靶姓洪L(zhǎng)”由“總統(tǒng)”提名，經(jīng)“立法院”同意，然后再由“總統(tǒng)”任命。因此“行政院長(zhǎng)”需對(duì)“總統(tǒng)”和“立法院”負(fù)責(zé)。第四次“修憲”后，“總統(tǒng)”無(wú)須經(jīng)“立法院”同意即可任命“行政院長(zhǎng)”?！靶姓洪L(zhǎng)”的職權(quán)是綜理“院務(wù)”，并監(jiān)督所屬機(jī)關(guān)。在“總統(tǒng)”和“副總統(tǒng)”均缺位時(shí)，由“行政院長(zhǎng)”代行“總統(tǒng)”職權(quán)；“總統(tǒng)”任職期滿解職，次任“總統(tǒng)”如尚未選出， 或選出的“總統(tǒng)”和“副總統(tǒng)”均未就職時(shí)， 也由該“院長(zhǎng)” 代行“總統(tǒng)”職權(quán)，但該“院長(zhǎng)”代行“總統(tǒng)”職權(quán)的期限不得超過(guò)3個(gè)月。
    “副院長(zhǎng)”由“院長(zhǎng)”提請(qǐng)“總統(tǒng)”任命，其職為輔助“院長(zhǎng)”處理院務(wù)；在“院長(zhǎng)”辭職或出缺期間由其代理?！靶姓骸痹O(shè)秘書(shū)處，包括秘書(shū)長(zhǎng)一人，副秘書(shū)長(zhǎng)一人，秘書(shū)16至20人組成。正副秘書(shū)長(zhǎng)承院長(zhǎng)之命，處理該院事務(wù)并指揮、監(jiān)督所屬職員。與秘書(shū)處相同的幕僚機(jī)構(gòu)有參事室、會(huì)計(jì)室、統(tǒng)計(jì)室、人事室。
    行政院下設(shè)國(guó)家總動(dòng)員會(huì)議、行政院會(huì)議；之下有政務(wù)處、秘書(shū)處、內(nèi)政部、外交部、財(cái)政部、社會(huì)部、經(jīng)濟(jì)部、教育部、交通部、農(nóng)林部、糧食部、又設(shè)蒙藏委員會(huì)、僑務(wù)委員會(huì)、振濟(jì)委員會(huì)、水利委員會(huì)、對(duì)外易貨委員會(huì)、液體燃料管理委員會(huì)、中央圖書(shū)雜志審查委員會(huì)、衛(wèi)生署、地政署、中央氣象局、國(guó)立北平故宮博物院、管理中英庚款董事會(huì)、蒙旗宣化使公署、綏運(yùn)省境內(nèi)蒙古各蒙旗地方自治指導(dǎo)長(zhǎng)官公署、綏運(yùn)省境內(nèi)蒙古各蒙旗地方自治政務(wù)委員會(huì)。在抗戰(zhàn)時(shí)期，行政院可謂是整個(gè)國(guó)家動(dòng)員總樞紐。
    行政院初建時(shí)，院長(zhǎng)為譚延闿。其早年追隨孫中山，為國(guó)民黨元老，雖是湖南軍閥，卻是民國(guó)時(shí)期僅健在的三個(gè)翰林之一（另兩位是蔡元培、徐謙）。譚延闿書(shū)法尚佳，因早逝于1931年，故后人論其宦海沉浮少，而贊其翰墨之事多。
    鑒于行政院在五院之中的特殊地位，所以譚延闿之后有宋子文、蔣介石（3次兼任）、孫科（兩次）、汪兆銘、孔祥熙、張群、翁文灝、何應(yīng)欽等都當(dāng)過(guò)行政院院長(zhǎng)。行政院遷重慶后，正值國(guó)民政府改組，蔣介石辭去行政院院長(zhǎng)兼職，由孔祥熙任院長(zhǎng)，張群為副院長(zhǎng)。
    行政院舊址，算是陪都遺址中保護(hù)得較為完好的一處。它是一座仿巴洛克式建筑、磚木結(jié)構(gòu)，座北朝南，二樓一底，樓寬23.3米，進(jìn)深24.7米，樓高19.4米，共有房屋9間，原是重慶德國(guó)天主教堂?，F(xiàn)為中共重慶市紀(jì)律檢察委員會(huì)辦公樓，今重慶市渝中區(qū)中山四路36號(hào)。2000年9月由重慶市人民政府公布為重慶市級(jí)文物保護(hù)單位。
    國(guó)民政府行政院（渝中區(qū)中山四路36號(hào) 重慶市委大院內(nèi)）：仿巴洛克式建筑，原為德國(guó)天主教堂。地處曾家?guī)r小山之巔，可眺望兩江，一覽半島。國(guó)民政府西遷來(lái)渝后把此地作為行政院辦公地點(diǎn)。