1.我國栽培的食用菌育成的品種少并且不配套。與發(fā)達(dá)國家如日本相比，我國每年選育的新品種太少，而且沒有根據(jù)不同的培養(yǎng)場、氣候條件、培養(yǎng)料以及栽培方式，選育出一大批相配套的系列品種。再加上銷售菌種單位品種的單一，就常常使菇農(nóng)不能購買到適宜的菌種，從而造成食用菌生產(chǎn)上的損失，甚至失敗。這也是我國有些地區(qū)食用菌業(yè)發(fā)展緩慢的一個(gè)重要原因。

       2.有些食用菌單產(chǎn)水平低和品質(zhì)差。如段木栽培香菇，我國平均單產(chǎn)為10 kg/m3左右，而日本平均單產(chǎn)為12～18 kg/m3；在國際市場上，日本香菇的價(jià)格（31.6 ＄/kg）比中國香菇的價(jià)格（11 ＄/kg）要高約3倍。又如雙孢蘑菇，在1980年，我國的平均單產(chǎn)約為4.5 kg/m2（其中臺灣為8.5 kg/m2），韓國18 kg/m2，荷蘭可高達(dá)25～27 kg/m2。

       3.菌種生產(chǎn)混亂，質(zhì)次價(jià)高。雖然剛剛建立食用菌菌種管理法，但是許多根本就沒有條件生產(chǎn)合格菌種的單位和個(gè)人，也都在制作和銷售不經(jīng)技術(shù)檢驗(yàn)的菌種，從而造成菌種的混亂。如多次轉(zhuǎn)接的退化種、有雜菌污染的種以及過期老化的菌種等。價(jià)格差別也十分懸殊，如每支母種從5元至50元，每瓶原種從2元到20元等。這些因素也是影響食用菌業(yè)發(fā)展，造成食用菌栽培失敗的重要原因。

      4.栽培者的素質(zhì)低，栽培管理技術(shù)落后。我國栽培食用菌的生產(chǎn)者，一般都沒有系統(tǒng)地學(xué)過食用菌學(xué)的基礎(chǔ)知識和技能，只是憑借著以往的經(jīng)驗(yàn)，簡單地摸索、模仿他人的栽培技術(shù)。所以一旦在生產(chǎn)中發(fā)生了問題，就很難科學(xué)地去解決。

       5.食用菌的研究力量薄弱，缺乏研究食用菌的高級人才。尤其是那些真正能夠理論聯(lián)系實(shí)際，以市場為導(dǎo)向，根據(jù)國情研究開發(fā)和推廣實(shí)用新技術(shù)的人才。此外，我國專業(yè)研究機(jī)構(gòu)少，研究經(jīng)費(fèi)嚴(yán)重不足，儀器裝備也十分落后。

       6.食用菌生產(chǎn)主要靠手工操作，機(jī)械化程度低，缺乏專業(yè)化和產(chǎn)業(yè)化生產(chǎn)，生產(chǎn)效率和規(guī)模受到影響。沒有大規(guī)模的生產(chǎn)，也就很難形成完善的大市場。不象日韓、歐美等國主要靠食用菌工廠化生產(chǎn)。

       7.食用菌保鮮加工的能力薄弱，沒有進(jìn)行更深層次的開發(fā)利用。缺乏推廣先進(jìn)的食用菌保鮮加工技術(shù)，在食用菌大量收獲的季節(jié)就會腐爛變質(zhì)，造成很大的經(jīng)濟(jì)損失。同時(shí)也不利產(chǎn)品的長途運(yùn)輸和流通。

        8.食用菌產(chǎn)品的商品流通渠道不暢、信息不靈，對國內(nèi)外市場信息研究不夠。這樣就會盲目生產(chǎn)，單品種一哄而起，使某些地區(qū)食用菌價(jià)格偏低，甚至造成產(chǎn)品大量積壓。