mRNA（messenger RNA）信使RNA，是由編碼區(qū)（CDS）、上游的5’非編碼區(qū)和下游3’非編碼區(qū)組成，真核生物mRNA的5’端帶有7-甲基鳥苷-三磷酸帽子結(jié)構(gòu)，3’端有多腺苷酸尾巴，但NCBI中mRNA序列實際上是cDNA序列，即經(jīng)過反轉(zhuǎn)錄得到的與RNA序列互補(bǔ)的DNA序列，一般不包括3’多腺苷酸尾巴。一個cDNA序列被稱為一個轉(zhuǎn)錄子，第一個堿基所在的位置為轉(zhuǎn)錄起始位點（TSS），cDNA都是由外顯子組成，但編碼蛋白質(zhì)的外顯子只有一個，即CDS（coding sequence），這段序列也就是一個ORF區(qū)，也就是這個cDNA的ORF序列。參與特定基因轉(zhuǎn)錄及其調(diào)控的TSS上游序列稱為啟動子（Promoter），如原核生物在轉(zhuǎn)錄起始位點上游-10有一段TATAAT的保守序列，有助于局部解鏈，在-35有一段TTGACA序列提供RNA聚合酶識別信號，真核生物上游-25到-30TATA決定起始位點，-75位置CAAT與RNA聚合酶，這些都是啟動子，啟動子的范圍非常大，可以包含轉(zhuǎn)錄起始位點上游2000bp，有些特定基因的轉(zhuǎn)錄區(qū)內(nèi)部也存在著轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點，因此也屬于啟動子范圍。

    克隆可以簡單理解為復(fù)制品，例如假設(shè)通過提取mRNA，反轉(zhuǎn)錄后得到cDNA序列，然后將這段序列轉(zhuǎn)入載體，再通過劃線不斷的繁殖，就會得到許多裝有這段cDNA序列的克隆，實驗室為了方便，在給得到的這些克隆起名時，一般會取cDNA序列的名，但實際上在這個克隆里面不僅包括了這個cDNA，還包括了載體的DNA。

    STS（sequence-tagged site）序列標(biāo)記位點，是基因組上定位明確、作為界標(biāo)并能通過PCR擴(kuò)增被唯一操作的短的、單拷貝DNA序列，一般長度為200-500bp，一個DNA序列要成為STS，首先序列必須已知，能用PCR方法檢測，第二STS必須在基因組上具有唯一的定位點。通過STS可以判斷在不同條件下測序得到的DNA序列的準(zhǔn)確性。

    EST（expressed sequence tag）表達(dá)序列標(biāo)簽，是從一個隨機(jī)選擇的cDNA克隆，進(jìn)行5’端和3’端單一次測序挑選出來獲得的短的cDNA序列。全基因組測序發(fā)現(xiàn)基因即昂貴又費(fèi)時，因為基因組中只有2%序列編碼蛋白質(zhì)，因此可以對真正編碼蛋白質(zhì)的mRNA構(gòu)建cDNA文庫，對cDNA進(jìn)行測序，得到EST序列，從而發(fā)現(xiàn)新基因。

下面以大鼠CTGF基因為例子，小寫字母是轉(zhuǎn)錄子前后200bp啟動子相關(guān)序列，大寫字母表示的是cDNA序列，也就是轉(zhuǎn)錄子，其中藍(lán)色標(biāo)記的部分為CDS序列，湖藍(lán)色的為轉(zhuǎn)錄起始位點，即TSS，加粗帶下劃線的為起始密碼子

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