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      轉(zhuǎn)錄組文章思路和常用軟件介紹

       桃色饕餮 2016-08-04










      • 測序總量,質(zhì)量,預(yù)測基因總數(shù),N50,注釋基因總數(shù)等。描述性語言加表格。




      • 總的GO分類、KEGG和KOG分類。描述性語言,不用放圖,最多放一個(gè)。







      • 樣本之間的相關(guān)性和FPKM分布,描述性語言。



      • 火山圖可以放圖加描述表明樣本間差異以及上下調(diào)基因數(shù)量。



      • 維恩圖可以放圖加描述表明兩兩樣本間差異的共同部分和特有部分。




      • 差異基因聚類的圖可以放文章中,可以描述樣本間關(guān)系。



      • 趨勢圖可以用來查找在樣本間存在特定趨勢的一類基因。



      • 差異基因的GO富集分析,一般會放入文章中,需要GO分類圖,如果富集不到,可以做總體差異基因的GO分類。


      • 差異基因的KEGG富集分析,一般會放入文章中,需要KEGG富集分類圖和具體的KEGG通路圖。本轉(zhuǎn)錄組富集到了4個(gè)通路,涉及植物-菌互作,植物激素信號(茉莉酸信號),氮源代謝,多巴胺合成。


      • 具體的差異基因需要有針對性的單獨(dú)查找,分析。




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