年前咱們生信控的讀者給小編推了一篇文章，問是否能完全實(shí)現(xiàn)？

當(dāng)然啦，小編不負(fù)眾望—望穿秋水—水到渠成的完成了文章的重復(fù)工作，所以屏幕前的你如果剛好有這方面或者其他個(gè)性化的分析需求，可以找小編搭訕啦！【小編的微信見文章末尾】

那么，本期小編就來跟大家嘮嘮這篇文章的分析思路，對(duì)課題還沒太多想法的童鞋可以參考借鑒，且看如何不做實(shí)驗(yàn)就能發(fā)PLOS ONE！

文章就是??這個(gè)啦：

High expression of lncRNA PVT1 independently predicts poor overall survival in patients with primary uveal melanoma

• Published: December 15, 2017       

• https:///10.1371/journal.pone.0189675

去年年底發(fā)表在PLOS ONE上，其主要研究目的是想說明高表達(dá)的lncNRA-PVT1能夠獨(dú)立且有效地預(yù)測(cè)葡萄膜黑色素瘤（uveal melanoma, UVM）患者的差預(yù)后。

一點(diǎn)科普：葡萄膜黑色素瘤是成人最常見的原發(fā)性眼內(nèi)惡性腫瘤，在國(guó)外其發(fā)病率占眼內(nèi)腫瘤的首位，在國(guó)內(nèi)則僅次于視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤，居眼內(nèi)腫瘤的第二位。主要經(jīng)血循環(huán)轉(zhuǎn)移，全身轉(zhuǎn)移主要見于肝臟，肝轉(zhuǎn)移所致死亡率高達(dá)50%。

更多知識(shí)點(diǎn)可參考：

http://www.haodf.com/zhuanjiaguandian/shengxinan_3912973198.htm

本研究基于TCGA中UVM患者基因表達(dá)數(shù)據(jù)和臨床信息，涉及到的分析（不包括更換癌型后的重復(fù)分析），對(duì)照文章中的圖表，如下：

1、基因表達(dá)與臨床因素的卡方檢驗(yàn)（Table1）

以PVT1表達(dá)中值作為分界點(diǎn)，將80個(gè)患者分為PVT1高表達(dá)組和低表達(dá)組，并分別統(tǒng)計(jì)每組中各臨床屬性對(duì)應(yīng)的患者數(shù)，進(jìn)行卡方檢驗(yàn)。分析結(jié)果表明，lncRNA PVT1的高表達(dá)與葡萄膜黑色素瘤的多種惡性特征有關(guān)：older age (66.80 ± 11.55 vs. 56.50 ± 14.36, p = 0.0007), a higher proportion of epithelioid cell dominant disease (22/40 vs. 12/40, p = 0.024), more cases of distant metastasis (4/28 vs. 0/27, p = 0.043) ,  extrascleral extension (6/37 vs. 1/38, p = 0.043) and a higher death rate (20/40 vs. 3/40, p<>

2、基因表達(dá)與CNV/Methylation之間的相關(guān)性分析（Fig1）

從熱圖A中結(jié)果可大致看出，PVT1基因表達(dá)（PVT1 expression RNASeq）隨著拷貝數(shù)（Copy number gistic2 thresholded）的增加而增加，而與DNA甲基化程度（PVT1 DNA methylation）則存在負(fù)向相關(guān)性。圖B、C中則從統(tǒng)計(jì)上給予了佐證，分別表示高拷貝組基因表達(dá)顯著高于低拷貝組（圖B），而PVT1甲基化程度與基因表達(dá)之間則存在較強(qiáng)的負(fù)相關(guān)關(guān)系（圖C）。該結(jié)果提示，拷貝數(shù)和甲基化程度可能導(dǎo)致了基因表達(dá)水平的改變。

3、PVT1表達(dá)與生存分析（Fig2.A）

以PVT1表達(dá)中值將患者分為PVT1高表達(dá)組和低表達(dá)組，K-M生存曲線結(jié)果提示PVT1低表達(dá)患者（上圖藍(lán)色線）整體生存OS顯著優(yōu)于高表達(dá)患者（p<>

4、甲基化與生存分析（Fig2.B）

有趣的是，作為PVT1表達(dá)失調(diào)的機(jī)制，低水平的PVT1 DNA甲基化也與不利的OS顯著相關(guān)（p<>

5、單因素和多因素生存分析（Table2）

單因素結(jié)果顯示，9個(gè)納入分析的因素中有4個(gè)：epithelioid cell dominant uveal melanoma, extrascleral extension, PVT1 expression, PVT1 DNA methylation 與UVM患者OS顯著相關(guān)（p<0.05,>

在多因素分析中，作者把年齡因素也加入到分析中，結(jié)果提示，年齡超過60歲(HR: 2.599, 95%CI: 1.049–6.437, p = 0.039), 上皮樣細(xì)胞為主 (HR: 4.385, 95%CI: 1.514–12.703, p = 0.006) ，PVT1高表達(dá)(HR: 12.015, 95%CI: 1.854–77.876, p = 0.009)均可獨(dú)立的預(yù)測(cè)UVM患者的差預(yù)后（p<0.05,>

至此，關(guān)于lncRNA PVT1在UVM中的分析內(nèi)容就完成了，其后，作者將同一套分析內(nèi)容放在皮膚黑色素瘤（skin cutaneous melanoma, SKCM）上復(fù)制了一遍，證明了PVT1與SKCM患者預(yù)后并無顯著關(guān)聯(lián)。

綜上，作者經(jīng)過一系列分析（不知道你有沒有一種滿滿的套路的感覺...），最終證實(shí)了lncRNA PVT1在預(yù)測(cè)葡萄膜黑色素瘤患者預(yù)后中的意義！

怎么樣，是不是覺得這個(gè)思路...還是可以借鑒的？或者如果你有更符合自己預(yù)想的文章或者思路，歡迎交流討論！