潑點(diǎn)兒冷水

雖然最終的答案比較殘酷，但小編還是得跟大家說(shuō)一句，單單只做轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，你可能只有不到1/10的概率發(fā)高分文章（IF>5分），一般最多只能到1-3分。

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序如何發(fā)高分文章呢？其實(shí)只需要走好這三步。

三步走

    1）首先，你必須對(duì)你的研究方向有充分的了解，這樣你才能設(shè)計(jì)出一個(gè)比較科學(xué)相對(duì)比較創(chuàng)新的實(shí)驗(yàn)方案，所以好的科學(xué)設(shè)計(jì)是第一步；

    2）然后，你得認(rèn)識(shí)到轉(zhuǎn)錄組測(cè)序只是一種工具，它只是你實(shí)驗(yàn)方案中的一個(gè)方面，你需要結(jié)合多層次的數(shù)據(jù)，如小RNA，lncRNA，甲基化等等，從多維度立體闡述你的科學(xué)問(wèn)題，這是第二步。

    3）最后，你需要對(duì)你的各類組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行個(gè)性化挖掘，因?yàn)閱渭兊臄?shù)據(jù)羅列是無(wú)法滿足你對(duì)科學(xué)問(wèn)題追根溯源的目的的，因此在這里你可能需要一個(gè)好的生物信息分析伙伴進(jìn)行個(gè)性化數(shù)據(jù)挖掘，他能快速實(shí)現(xiàn)你的想法，這是第三步。

 也就是說(shuō)好的科學(xué)設(shè)計(jì)、多角度綜合分析還有給力的數(shù)據(jù)挖掘是高分文章的前提。問(wèn)題又來(lái)了什么叫做好的科學(xué)設(shè)計(jì)呢。

一、如何設(shè)計(jì)一個(gè)好的科學(xué)問(wèn)題？

這里其實(shí)不是小編的專長(zhǎng)，也無(wú)法一一舉例，我只能總結(jié)一下好的科學(xué)問(wèn)題都是從哪個(gè)維度去設(shè)計(jì)的。

第一類：你的科學(xué)問(wèn)題是你研究領(lǐng)域非常重要或熱點(diǎn)的問(wèn)題；

第二類：你的科學(xué)問(wèn)題具有重要的應(yīng)用價(jià)值；

第三類：你的科學(xué)問(wèn)題具有重要的創(chuàng)新與引領(lǐng)價(jià)值，它是未來(lái)的熱點(diǎn)；（這個(gè)高度一般人無(wú)法達(dá)到）

二、如何用好轉(zhuǎn)錄組測(cè)序這個(gè)工具？

一個(gè)好的科學(xué)故事必將是從各個(gè)角度綜合去闡述一個(gè)問(wèn)題，并且能夠做到相互驗(yàn)證的。再擁有其他數(shù)據(jù)的情況下，小編跟大家分享下如何利用好轉(zhuǎn)錄組測(cè)序這個(gè)工具。

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序一般是在你有了一部分生理生化的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，如表型差異、生理指標(biāo)發(fā)生明顯變化或有效物質(zhì)含量出現(xiàn)明顯差異等等，在這個(gè)基礎(chǔ)上你可能會(huì)問(wèn)自己，這些現(xiàn)象內(nèi)在的機(jī)制如何。所以，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序核心回答的是那些基因組存在表達(dá)差異，這些存在差異的基因都涉及什么功能，是如何發(fā)揮作用的。

下面是一張差異基因在KEGG代謝通路上的展示圖片，你可以查看你的每個(gè)差異基因組都涉及那個(gè)代謝通路，在這里說(shuō)不定你能找到你想要的機(jī)制：

下面是3張差異基因富集結(jié)果展示圖片，是針對(duì)GO與KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行分析的，從中你能發(fā)現(xiàn)你的各種處理間的差異基因主要涉及那些功能模塊或代謝通路。請(qǐng)注意，這里都是宏觀上的結(jié)果，你需要基于這些結(jié)果去對(duì)它們中涉及到的差異基因組進(jìn)行逐一查看與分析。

GO一級(jí)分類富集分析圖

各級(jí)GO模塊富集分析圖示

三、如何獲得給力的數(shù)據(jù)挖掘能力？

給力的數(shù)據(jù)挖掘能力這里其實(shí)還是有一定的門檻的，并不是隨便跑跑流程就可以習(xí)得的技能。建議這里可以去跟懂生信的小伙伴、單位、公司去合作，讓專業(yè)的人做專業(yè)的事，強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合，彼此共贏。

下面列了一些常見(jiàn)的個(gè)性化分析，但是需要注意的是，既然是定制化，那它就需要根據(jù)你的需求進(jìn)行反復(fù)調(diào)整，這才是真正的DIY定制。

DIY定制化分析展示

1、基因互作網(wǎng)絡(luò)圖

2、基因表達(dá)熱圖

3、轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)與甲基化水平關(guān)聯(lián)圖

4、基因共表達(dá)分析圖

5、差異基因共表達(dá)趨勢(shì)分析